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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8aig | ||||||
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タイトル | NMR structure of holo-acp | ||||||
要素 | Hybrid non ribosomal peptide synthetase-polyketide synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Acyl carrier protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 polyketide biosynthetic process / : / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces virginiae (バクテリア) | ||||||
手法 | 溶液NMR / molecular dynamics | ||||||
データ登録者 | Collin, S. / Weissman, K.J. / Chagot, B. / Gruez, A. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Decrypting the programming of beta-methylation in virginiamycin M biosynthesis. 著者: Collin, S. / Cox, R.J. / Paris, C. / Jacob, C. / Chagot, B. / Weissman, K.J. / Gruez, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8aig.cif.gz | 496.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8aig.ent.gz | 418.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8aig.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/8aig ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/8aig | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8a7zC 8ahqC 8ahzC 8allC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8863.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces virginiae (バクテリア) 遺伝子: virG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A4PHM4 |
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#2: 化合物 | ChemComp-PNS / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution 内容: 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] virginiamycin ACP6, 100 mM sodium phosphate, 0.5 mM TCEP, 90% H2O/10% D2O Label: sample_1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 0.1 M / Label: conditions_1 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: fewest violations | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |