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万見
- PDB-8aif: TapA acts as specific chaperone in TasA non-amyloid filament formation -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aif
タイトルTapA acts as specific chaperone in TasA non-amyloid filament formation
要素YqxM protein required for localization of TasA to extracellular matrix
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Bacillus subtilis / Biofilm / TasA / TapA/YqxM
機能・相同性bacterial biofilm matrix / TasA anchoring/assembly protein / Signal peptide, camelysin / NITRATE ION / YqxM protein required for localization of TasA to extracellular matrix
機能・相同性情報
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.07 Å
データ登録者Roske, Y. / Heinemann, U.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Not funded ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2023
タイトル: TapA acts as specific chaperone in TasA filament formation by strand complementation.
著者: Roske, Y. / Lindemann, F. / Diehl, A. / Cremer, N. / Higman, V.A. / Schlegel, B. / Leidert, M. / Driller, K. / Turgay, K. / Schmieder, P. / Heinemann, U. / Oschkinat, H.
履歴
登録2022年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YqxM protein required for localization of TasA to extracellular matrix
B: YqxM protein required for localization of TasA to extracellular matrix
C: YqxM protein required for localization of TasA to extracellular matrix
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,77310
ポリマ－41,3393
非ポリマー4347
水13,385743
1
A: YqxM protein required for localization of TasA to extracellular matrix
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8422
ポリマ－13,7801
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: YqxM protein required for localization of TasA to extracellular matrix
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0285
ポリマ－13,7801
非ポリマー2484
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: YqxM protein required for localization of TasA to extracellular matrix
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9043
ポリマ－13,7801
非ポリマー1242
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.199, 52.936, 167.763
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A72 - 189
2114C72 - 189

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.204959, -0.951521, -0.229345), (-0.953645, -0.246889, 0.172067), (-0.220348, 0.183447, -0.958016)13.36309, 22.0506, -23.886869

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要素

#1: タンパク質 YqxM protein required for localization of TasA to extracellular matrix


分子量: 13779.772 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: B4417_0967 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A164X7F2
#2: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 743 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 24% PEG3350, 0.35M LiNO3

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.07→38.44 Å / Num. obs: 153127 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.53 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 9.77
反射 シェル解像度: 1.07→1.13 Å / Num. unique obs: 24261 / CC1/2: 0.3 / Rrim(I) all: 0.154

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HQC

6hqc


解像度: 1.07→38.44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.983 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 2.003 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.028 / ESU R Free: 0.03 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1766 2100 1.4 %RANDOM
Rwork0.1482 ---
obs0.1486 151026 98.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.49 Å2 / Biso mean: 18.961 Å2 / Biso min: 8.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.04 Å20 Å20 Å2
2--1.94 Å2-0 Å2
3----2.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.07→38.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2859 0 28 743 3630
Biso mean--35.7 38.02 -
残基数----356
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0133067
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0162945
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6551.654149
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.421.5986887
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0115392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.90623.971136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.13715598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.163159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02662
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.46736012
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1735 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
MEDIUM POSITIONAL0.950.5
MEDIUM THERMAL7.072
LS精密化 シェル解像度: 1.07→1.097 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 151 -
Rwork0.372 10833 -
all-10984 -
obs--96.72 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0039-0.00440.00710.03020.00250.0202-0.00050.00080.00150.00020.00070.00040.00350.0023-0.00030.0089-0.0001-0.00060.0004-0.00130.03138.578-3.0798-6.309
20.0099-0.00390.01180.0058-0.01060.02340.0009-0-0.00080.0010.0015-0.0009-0.0001-0.0029-0.00240.00680.00020.00060.002-0.00160.03147.2988-13.2472-38.064
30.0019-0.0002-0.00250.0399-0.00940.0080.0007-0.00030.00220.0028-0.0041-0.0007-0.00010.00180.00340.007-0.00030.00020.001-0.00160.033818.967614.3498-19.9219
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A72 - 301
2X-RAY DIFFRACTION2B71 - 201
3X-RAY DIFFRACTION3C71 - 188

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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