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万見
- PDB-8ahz: Native VirD of Streptomyces virginiae -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ahz
タイトルNative VirD of Streptomyces virginiae
要素Enoyl-CoA hydratase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Enoyl-CoA hydratase / Beta-methylation / Antibiotic / ACP / Polyketide / PKS
機能・相同性Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / ClpP/crotonase-like domain superfamily / catalytic activity / IMIDAZOLE / Enoyl-CoA hydratase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces virginiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Collin, S. / Gruez, A.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-11-JSV8-003-01 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-16-CE92-0006-01 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-20-CE93-0002-01 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Decrypting the programming of beta-methylation in virginiamycin M biosynthesis.
著者: Collin, S. / Cox, R.J. / Paris, C. / Jacob, C. / Chagot, B. / Weissman, K.J. / Gruez, A.
履歴
登録2022年7月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase
B: Enoyl-CoA hydratase
C: Enoyl-CoA hydratase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,48043
ポリマ－79,0703
非ポリマー2,41040
水7,891438
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.310, 84.310, 230.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase


分子量: 26356.830 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces virginiae (バクテリア)
遺伝子: virD / プラスミド: pBG102 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A4PHM7
#2: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 20% PEG 400, 20% PEG 800, 100 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.953709 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月29日
放射モノクロメーター: crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953709 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→59.62 Å / Num. obs: 87602 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.76-1.8111.60.75351710.810.2260.78885.9
2-2.110.20.0311100.9990.0150.03299.9

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.29データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→57.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / WRfactor Rfree: 0.1798 / WRfactor Rwork: 0.1592 / FOM work R set: 0.9221 / SU B: 2.737 / SU ML: 0.045 / SU R Cruickshank DPI: 0.083 / SU Rfree: 0.0802 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.08 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1798 4525 4.9 %RANDOM
Rwork0.1592 ---
obs0.1602 87602 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.26 Å2 / Biso mean: 27.189 Å2 / Biso min: 17.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.67 Å20 Å20 Å2
2--0.67 Å20 Å2
3----1.34 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→57.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5090 0 152 438 5680
Biso mean--46.2 38.62 -
残基数----684
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0135459
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0175484
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5171.6657365
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4291.57712497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9215725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.04517.391322
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.28415839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6861592
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2691
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026214
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021334
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.285 307 -
Rwork0.247 6365 -
all-6672 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5950.0374-0.17580.3395-0.25010.93320.03370.0483-0.0178-0.01660.00780.05990.0266-0.1278-0.04150.03880.0043-0.0030.0231-0.00440.029321.018739.025615.965
20.68910.31130.06490.5121-0.02740.80720.0338-0.06790.01880.1039-0.02240.0368-0.0207-0.027-0.01140.0654-0.01660.01490.0131-0.00190.030424.295531.888347.738
30.36320.09410.14070.65-0.17431.24250.03910.0174-0.0224-0.0019-0.0443-0.0982-0.01260.23320.00520.0067-0.00690.00520.07-0.00660.037551.056242.574930.7295
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-3 - 240
2X-RAY DIFFRACTION2B-3 - 229
3X-RAY DIFFRACTION3C-3 - 233

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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