PDB-8ahy: X-ray structure of human NCS-1 bound to Ric-8A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ahy

タイトル

X-ray structure of human NCS-1 bound to Ric-8A

要素

Neuronal calcium sensor 1
Synembryn-A

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / NCS-1 / Ric-8A / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

cell-cell adhesion involved in gastrulation / calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / cell migration involved in gastrulation / basement membrane organization / vasculature development / regulation of neuron projection development / G-protein alpha-subunit binding / response to light stimulus / voltage-gated calcium channel activity / gastrulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Munoz-Reyes, D. / Sanchez-Barrena, M.J.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: The neuronal calcium sensor NCS-1 regulates the phosphorylation state and activity of the G alpha chaperone and GEF Ric-8A.
著者: Munoz-Reyes, D. / McClelland, L.J. / Arroyo-Urea, S. / Sanchez-Yepes, S. / Sabin, J. / Perez-Suarez, S. / Menendez, M. / Mansilla, A. / Garcia-Nafria, J. / Sprang, S. / Sanchez-Barrena, M.J.

履歴

登録	2022年7月25日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年12月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ahy.cif.gz	137.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ahy.ent.gz	107.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ahy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ahy_validation.pdf.gz	457.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ahy_full_validation.pdf.gz	458.7 KB	表示
XML形式データ	8ahy_validation.xml.gz	11.9 KB	表示
CIF形式データ	8ahy_validation.cif.gz	16.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ahy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ahy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8alhC 8almC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

B: Neuronal calcium sensor 1

P: Synembryn-A

ヘテロ分子

24.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.635, 56.635, 135.297
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-204- MG
2	1	B-355- HOH
3	1	B-392- HOH

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BP

#1: タンパク質	Neuronal calcium sensor 1 / NCS-1 / Frequenin homolog / Frequenin-like protein / Frequenin-like ubiquitous protein 分子量: 20543.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCS1, FLUP, FREQ / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P62166
#2: タンパク質・ペプチド	Synembryn-A / Protein Ric-8A 分子量: 3371.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q80ZG1

-
非ポリマー , 7種, 152分子

#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#8: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#9: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 144 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.3 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 30 % PEG 4000, 100 mM sodium acetate pH 4.6, 100 mM magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979263 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979263 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→52.24 Å / Num. obs: 44184 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 25.5 % / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 13.6
反射シェル	解像度: 1.704→1.784 Å / Num. unique obs: 1101 / CC_1/2: 0.538 / % possible all: 66.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.19.2_4158: ???)	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
autoPROC	1.0.5	データ削減
Aimless	0.7.4	データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.7→52.24 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.92 / 位相誤差: 23.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2076	1958	4.83 %
R_work	0.1864	-	-
obs	0.1874	40563	88.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→52.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1605	0	21	144	1770

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1676
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.774	2254
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.626	230
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	235
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	295

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.75	0.45	26	0.3465	598	X-RAY DIFFRACTION	19
1.75-1.79	0.3022	97	0.3233	1809	X-RAY DIFFRACTION	59
1.79-1.85	0.3095	116	0.2983	2324	X-RAY DIFFRACTION	74
1.85-1.91	0.2412	147	0.2679	2743	X-RAY DIFFRACTION	88
1.91-1.97	0.2837	170	0.2468	3017	X-RAY DIFFRACTION	98
1.97-2.05	0.2367	148	0.2214	3113	X-RAY DIFFRACTION	100
2.05-2.15	0.1985	143	0.2222	3141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.15-2.26	0.1843	152	0.1723	3165	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.4	0.2289	169	0.1817	3072	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4-2.59	0.1517	140	0.1712	3172	X-RAY DIFFRACTION	100
2.59-2.85	0.2182	172	0.1813	3101	X-RAY DIFFRACTION	100
2.85-3.26	0.196	173	0.1798	3092	X-RAY DIFFRACTION	100
3.26-4.11	0.1795	160	0.1554	3122	X-RAY DIFFRACTION	100
4.11-52.24	0.2175	145	0.1802	3136	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.2091	2.1863	2.2744	3.4684	0.9571	4.7932	-0.0848	0.4802	1.9104	0.3679	0.0883	-1.1058	-0.5223	0.6586	0.1291	0.3542	-0.0562	-0.0515	0.2678	-0.0968	0.7707	0.0542	38.7529	21.2783
2	3.1387	0.3716	0.1531	1.1761	0.5586	2.17	-0.1006	-0.6191	-0.0091	0.3308	0.0348	-0.0925	0.2843	0.2059	0.0874	0.2195	0.0364	0.012	0.3263	-0.0032	0.1412	1.3557	22.7845	27.7063
3	2.1652	-0.2076	0.3023	2.199	1.4866	1.506	-0.0639	-0.0585	0.1525	0.0737	0.1349	-0.1531	0.1014	0.2167	-0.0568	0.1511	0.0122	0.0186	0.1923	0.0073	0.145	3.1861	20.1718	18.2735
4	1.8483	-0.1695	-0.0586	1.5422	0.6411	0.7024	-0.0064	-0.1172	-0.4389	0.1636	-0.0666	0.1633	0.14	0.0652	0.0541	0.1881	0.0035	0.0403	0.1508	0.0245	0.2101	-2.5737	5.8652	11.313
5	2.9407	0.6554	-1.0836	2.5958	0.4724	3.5323	-0.1006	0.2717	-0.2677	0.0622	-0.0733	0.7064	0.3468	-0.5619	0.153	0.1966	-0.0385	0.0006	0.2732	-0.045	0.3387	-8.7896	6.0555	2.2608
6	2.3204	1.8175	-2.3206	1.4037	-1.8091	2.329	-0.3287	-0.411	-0.3299	0.5932	-0.1457	0.4258	0.1466	-0.454	0.2028	1.0219	0.1294	-0.087	0.9279	0.0745	1.2475	-14.612	5.4127	22.6225
7	7.6835	0.2295	-1.2801	3.0003	1.547	1.5546	-0.2751	-0.5447	-0.3938	0.0906	0.0432	0.1639	0.4745	0.0687	0.1438	0.2246	-0.0018	0.079	0.1822	0.0021	0.2029	-11.0535	6.7171	13.7286
8	2.8916	1.8996	1.3531	7.1315	4.7415	7.7407	-0.0929	-0.557	0.1848	0.8673	-0.2346	0.5767	0.4936	-0.2062	0.2377	0.2578	0.0178	0.0696	0.2289	0.0076	0.2281	-4.8402	16.924	23.5815

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 6 through 19 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 20 through 58 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 59 through 96 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 97 through 144 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 145 through 176 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'P' and (resid 402 through 406 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'P' and (resid 407 through 413 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'P' and (resid 414 through 429 )

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