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- PDB-8ahq: VirD/holo-ACP5b of Streptomyces virginiae complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ahq
タイトルVirD/holo-ACP5b of Streptomyces virginiae complex
要素
  • Enoyl-CoA hydratase
  • Hybrid polyketide synthase-non ribosomal peptide synthetase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / Complex / Beta-methylation / Antibiotic / ACP / Polyketide / PKS
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin biosynthetic process / DIM/DIP cell wall layer assembly / fatty acid synthase activity / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / antibiotic biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH ...: / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / : / Polyketide synthase dehydratase N-terminal domain / Condensation domain / Condensation domain / Amino acid adenylation domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, C-terminal extension / PKS_PP_betabranch / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / : / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / Putative AMP-binding domain signature. / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / Beta-ketoacyl synthase / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / PKS_KR / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
4'-PHOSPHOPANTETHEINE / Enoyl-CoA hydratase / Hybrid polyketide synthase-non ribosomal peptide synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces virginiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Collin, S. / Gruez, A.
資金援助 フランス, 3件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-11-JSV8-003-01 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-16-CE92-0006-01 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-20-CE93-0002-01 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Decrypting the programming of beta-methylation in virginiamycin M biosynthesis.
著者: Collin, S. / Cox, R.J. / Paris, C. / Jacob, C. / Chagot, B. / Weissman, K.J. / Gruez, A.
履歴
登録2022年7月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase
C: Hybrid polyketide synthase-non ribosomal peptide synthetase
B: Enoyl-CoA hydratase
D: Hybrid polyketide synthase-non ribosomal peptide synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,33115
ポリマ－71,1484
非ポリマー1,18311
水5,801322
1
A: Enoyl-CoA hydratase
C: Hybrid polyketide synthase-non ribosomal peptide synthetase
B: Enoyl-CoA hydratase
D: Hybrid polyketide synthase-non ribosomal peptide synthetase
ヘテロ分子

A: Enoyl-CoA hydratase
C: Hybrid polyketide synthase-non ribosomal peptide synthetase
B: Enoyl-CoA hydratase
D: Hybrid polyketide synthase-non ribosomal peptide synthetase
ヘテロ分子

A: Enoyl-CoA hydratase
C: Hybrid polyketide synthase-non ribosomal peptide synthetase
B: Enoyl-CoA hydratase
D: Hybrid polyketide synthase-non ribosomal peptide synthetase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,99445
ポリマ－213,44512
非ポリマー3,54933
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area34670 Å2
ΔGint-166 kcal/mol
Surface area71820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.878, 144.878, 88.781
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-489-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Enoyl-CoA hydratase


分子量: 26356.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces virginiae (バクテリア)
遺伝子: virD / プラスミド: pBG102 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A4PHM7
#2: タンパク質 Hybrid polyketide synthase-non ribosomal peptide synthetase


分子量: 9217.263 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces virginiae (バクテリア)
遺伝子: virA / プラスミド: pBG102 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A4PHN0

-
非ポリマー , 5種, 333分子

#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-PNS / 4'-PHOSPHOPANTETHEINE / パンテテイン4′-りん酸


分子量: 358.348 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H23N2O7PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 322 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM chloride calcium, 30% PEG 1500, 10% 2-propanol, 100 mM imidazole-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月29日
放射モノクロメーター: crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→41.85 Å / Num. obs: 40503 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.1-2.1611.11.46733640.8970.4521100
8.91-36.23120.0495200.9960.0150.05198.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.495
最高解像度最低解像度
Rotation41.85 Å3.4 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: native

解像度: 2.1→41.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 9.539 / SU ML: 0.129 / SU R Cruickshank DPI: 0.2083 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.208 / ESU R Free: 0.185 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2376 2029 5 %RANDOM
Rwork0.1828 ---
obs0.1856 38540 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 89.52 Å2 / Biso mean: 36.379 Å2 / Biso min: 20.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.5 Å2-0.75 Å20 Å2
2---1.5 Å2-0 Å2
3---4.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→41.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4728 0 57 322 5107
Biso mean--52.76 41.98 -
残基数----630
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0134862
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0174745
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7891.6626583
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4271.58910816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4865631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg24.34718.638279
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.2615725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7691569
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2626
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025537
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021143
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.585 150 -
Rwork0.584 2860 -
all-3010 -
obs--99.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52880.07620.00371.3346-0.18220.37130.00790.15380.01-0.1230.00480.22890.0309-0.1195-0.01270.08340.0038-0.06410.12030.00990.1643-19.62591.5693-4.9936
20.89410.30260.31842.56680.37551.37580.0135-0.0815-0.1130.0284-0.00510.08950.0472-0.1129-0.00830.0295-0.0287-0.03250.0806-0.02770.23-22.0952-31.196512.9687
30.9584-0.1763-0.07970.8083-0.00830.2720.0175-0.0542-0.14490.12970.00260.11450.0294-0.0422-0.02010.1022-0.01430.0140.06550.04510.1809-11.2536-15.947236.9255
41.8495-0.11020.3713.0379-0.00262.3729-0.0728-0.2327-0.0919-0.16540.11240.46770.0626-0.3878-0.03960.0172-0.0177-0.01080.13930.02570.3037-38.03483.536719.0942
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 245
2X-RAY DIFFRACTION2C6834 - 6912
3X-RAY DIFFRACTION3B-1 - 245
4X-RAY DIFFRACTION4D6834 - 6912

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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