PDB-8aho: Crystal structure of the transpeptidase LdtMt2 from Mycobacterium...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8aho

タイトル

Crystal structure of the transpeptidase LdtMt2 from Mycobacterium tuberculosis in complex with cyanamide analogue 31

要素

Transpeptidase,Lipoprotein LppS

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / L / D-transpeptidase / LdtMt2 / Inhibitor / Covalent

機能・相同性

NITRATE ION / : / :

機能・相同性情報

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

de Munnik, M. / Lang, P.A. / Brem, J. / Schofield, C.J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: High-throughput screen with the l,d-transpeptidase Ldt Mt2 of Mycobacterium tuberculosis reveals novel classes of covalently reacting inhibitors.
著者: de Munnik, M. / Lang, P.A. / De Dios Anton, F. / Cacho, M. / Bates, R.H. / Brem, J. / Rodriguez Miquel, B. / Schofield, C.J.

履歴

登録	2022年7月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8aho.cif.gz	287.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8aho.ent.gz	230 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8aho.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8aho_validation.pdf.gz	460.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8aho_full_validation.pdf.gz	461.2 KB	表示
XML形式データ	8aho_validation.xml.gz	29.5 KB	表示
CIF形式データ	8aho_validation.cif.gz	43.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8aho ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8aho	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8a1jC 8a1kC 8a1lC 8a1mC 8a1nC 8a1oC 6rrmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transpeptidase,Lipoprotein LppS

B: Transpeptidase,Lipoprotein LppS

ヘテロ分子

76.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transpeptidase,Lipoprotein LppS

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry
38.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Transpeptidase,Lipoprotein LppS

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
38.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.250, 94.261, 75.667
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.690, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Transpeptidase,Lipoprotein LppS 分子量: 38052.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: lppS, MTR2092_25980, lppS, ERS007683_02655 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8D5X3I3, UniProt: A0A655I6I1

-
非ポリマー , 5種, 404分子

#2: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#3: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 393 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.26 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium nitrate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9763 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→61.18 Å / Num. obs: 74669 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 6.9 % / CC_1/2: 0.89 / R_merge(I) obs: 0.136 / R_pim(I) all: 0.057 / R_rim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 8.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.3-2.34	0.782	1.3	1865	0.865	0.319	0.846	98.36
6.23-61.2	0.046	26.5	1965	0.997	0.019	0.05	100

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	6.18 Å	61.18 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6RRM

6rrm

解像度: 2.3→61.18 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.248	3867	5.18 %
R_work	0.2087	70802	-
obs	0.2108	74669	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 124.96 Å² / B_iso mean: 45.3178 Å² / B_iso min: 23.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→61.18 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5209	0	41	393	5643
B_iso mean	-	-	66.22	44.4	-
残基数	-	-	-	-	699

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.33	0.325	115	0.298	2439	2554	96
2.33-2.36	0.3243	161	0.2856	2598	2759	100
2.36-2.39	0.3201	157	0.2994	2475	2632	100
2.39-2.42	0.3353	135	0.2701	2517	2652	100
2.42-2.46	0.274	114	0.2803	2581	2695	100
2.46-2.49	0.298	157	0.2688	2522	2679	100
2.49-2.53	0.2889	141	0.2719	2550	2691	100
2.53-2.57	0.3131	126	0.2505	2523	2649	100
2.57-2.62	0.3527	152	0.2583	2565	2717	100
2.62-2.66	0.3263	126	0.2944	2515	2641	100
2.67-2.72	0.3141	136	0.2917	2519	2655	100
2.72-2.77	0.2595	129	0.2501	2568	2697	100
2.77-2.83	0.3193	159	0.2515	2509	2668	100
2.83-2.9	0.3318	123	0.2406	2544	2667	100
2.9-2.97	0.2852	142	0.2276	2580	2722	100
2.97-3.05	0.3003	152	0.2242	2541	2693	100
3.05-3.14	0.2963	121	0.2194	2538	2659	100
3.14-3.24	0.2773	134	0.2037	2535	2669	100
3.24-3.36	0.259	138	0.2132	2562	2700	100
3.36-3.49	0.2584	129	0.207	2525	2654	100
3.49-3.65	0.2424	150	0.2084	2485	2635	98
3.65-3.84	0.2734	131	0.2198	2474	2605	97
3.84-4.08	0.2639	148	0.1935	2441	2589	97
4.08-4.4	0.1463	138	0.1424	2550	2688	100
4.4-4.84	0.1804	146	0.1386	2532	2678	100
4.84-5.54	0.1707	136	0.1558	2559	2695	100
5.54-6.98	0.2098	135	0.179	2542	2677	100
6.98-61.18	0.2047	136	0.198	2513	2649	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3245	-0.0054	-0.9055	0.3851	0.657	3.5274	0.0208	0.1071	0.0282	-0.0736	0.0677	0.0048	-0.1859	0.0174	-0.0847	0.3074	0.0521	-0.0249	0.3445	0.0052	0.3153	10.5139	-103.0114	17.5027
2	2.5111	-0.2235	0.2336	1.5568	-0.3724	2.2798	0.0935	-0.4001	0.1584	0.0633	-0.1688	-0.1384	-0.1985	0.0866	0.071	0.3473	-0.0282	0.0048	0.3037	0.0122	0.2874	13.43	-91.9632	54.4187
3	1.0416	-0.0768	1.5843	4.1597	-0.488	2.5423	-0.0418	-0.0073	0.1717	-0.0221	-0.0287	-0.1183	-0.1542	0.1383	0.0221	0.2827	-0.0203	0.0417	0.2887	0.0141	0.3344	-9.2234	-77.4067	-34.9629
4	0.8185	-0.0357	0.1681	2.499	-1.4348	3.3139	-0.0252	-0.297	0.0376	-0.1374	0.0334	0.1718	-0.0716	-0.0898	0.0044	0.2496	-0.0233	-0.0051	0.3973	-0.0289	0.2872	-14.4713	-83.0338	-30.3363
5	0.6276	0.4214	0.2093	0.2845	0.205	2.4134	-0.0047	0.0374	-0.0013	0.188	0.1284	-0.0712	-0.1139	0.0751	-0.1146	0.3719	0.1519	-0.0179	0.4271	-0.0291	0.3171	-10.0015	-90.9013	0.6557
6	2.0867	-0.342	-0.1944	1.7272	0.79	1.5613	0.226	0.0759	-0.2621	0.1586	-0.2102	0.0883	0.344	-0.1826	-0.0341	0.4891	0.0529	-0.0761	0.4226	-0.007	0.3018	-19.0385	-97.5098	17.4855

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 59 through 248 )	A	59 - 248
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 249 through 407 )	A	249 - 407
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 58 through 110 )	B	58 - 110
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 111 through 157 )	B	111 - 157
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 158 through 270 )	B	158 - 270
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 271 through 407 )	B	271 - 407

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 404分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-非ポリマー , 5種, 404分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

-
非ポリマー , 5種, 404分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)