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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8aho | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the transpeptidase LdtMt2 from Mycobacterium tuberculosis in complex with cyanamide analogue 31 | ||||||
![]() | Transpeptidase,Lipoprotein LppS | ||||||
![]() | ANTIMICROBIAL PROTEIN / L / D-transpeptidase / LdtMt2 / Inhibitor / Covalent | ||||||
機能・相同性 | NITRATE ION / : / : ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | de Munnik, M. / Lang, P.A. / Brem, J. / Schofield, C.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: High-throughput screen with the l,d-transpeptidase Ldt Mt2 of Mycobacterium tuberculosis reveals novel classes of covalently reacting inhibitors. 著者: de Munnik, M. / Lang, P.A. / De Dios Anton, F. / Cacho, M. / Bates, R.H. / Brem, J. / Rodriguez Miquel, B. / Schofield, C.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 282.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 230 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 38052.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: lppS, MTR2092_25980, lppS, ERS007683_02655 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 404分子 ![](data/chem/img/NO3.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/DMS.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-DMS / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.26 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Ammonium nitrate, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月31日 | ||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→61.18 Å / Num. obs: 74669 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.89 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 8.9 | ||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | ||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6RRM 解像度: 2.3→61.18 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.29 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 124.96 Å2 / Biso mean: 45.3178 Å2 / Biso min: 23.25 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→61.18 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 28
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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