PDB-8ahf: PAC-FragmentDEL: Photoactivated covalent capture of DNA encoded f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ahf

タイトル

PAC-FragmentDEL: Photoactivated covalent capture of DNA encoded fragments for hit discovery

要素

UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

キーワード

ISOMERASE / INHIBITOR / COMPLEX / EPIMERASE / TECHNOLOGY

機能・相同性

UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing) / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase WecB-like / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase domain / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase activity / nucleotide binding / Chem-M3U / UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolyzing)

機能・相同性情報

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.271 Å

データ登録者

Baker, L.M. / Murray, J.B. / Hubbard, R.E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Rsc Med Chem / 年: 2022
タイトル: PAC-FragmentDEL - photoactivated covalent capture of DNA-encoded fragments for hit discovery.
著者: Ma, H. / Murray, J.B. / Luo, H. / Cheng, X. / Chen, Q. / Song, C. / Duan, C. / Tan, P. / Zhang, L. / Liu, J. / Morgan, B.A. / Li, J. / Wan, J. / Baker, L.M. / Finnie, W. / Guetzoyan, L. / ...

履歴

登録	2022年7月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ahf.cif.gz	302.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ahf.ent.gz	240.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ahf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ahf_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ahf_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	8ahf_validation.xml.gz	30.2 KB	表示
CIF形式データ	8ahf_validation.cif.gz	43.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ahf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ahf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8aheC 8ahgC 8ahhC 8ahiC 3beoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

B: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

85.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

B: UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
85.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.315, 109.315, 135.866
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-541- HOH
2	1	B-589- HOH
3	1	B-619- HOH

#1: タンパク質	UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase 分子量: 42062.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: GBAA_5509 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS 参照: UniProt: A0A348ACF3, UDP-N-acetylglucosamine 2-epimerase (non-hydrolysing)
#2: 化合物	ChemComp-M3U / (2~{R},4~{S})-4-[bis(fluoranyl)methoxy]-~{N}-methyl-1-(2~{H}-pyrazolo[4,3-b]pyridin-6-ylcarbonyl)pyrrolidine-2-carboxamide 分子量: 339.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₅F₂N₅O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.6 % / 解説: Needles
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.2 M Ammonium sulfate 50 mM BIS-TRIS pH 5.6 28% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月27日
放射	モノクロメーター: Laue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.271→85.17 Å / Num. obs: 36587 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 26.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.201 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 2.271→2.353 Å / 冗長度: 27.7 % / R_merge(I) obs: 3.536 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1828 / CC_1/2: 0.59 / % possible all: 52.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
XDS	Feb 5, 2021	データ削減
Aimless	V0.7.7	データスケーリング
REFMAC	5	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BEO

3beo

解像度: 2.271→85.17 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 7.088 / SU ML: 0.169 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.235 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2376	1828	4.996 %
R_work	0.1772	34759	-
all	0.18	-	-
obs	-	36587	94.626 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.125 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.086 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.086 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.172 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.271→85.17 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5792	0	88	248	6128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	5978
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	5564
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.639	1.646	8108
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.559	1.557	12986
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.794	5	736
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.97	10	44
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.92	10	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.387	10	264
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	946
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6696
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	5210
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	2838
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	3207
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	242
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.005	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.189	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.167	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.533	4.752	2950
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.533	4.752	2950
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.153	7.138	3684
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.152	7.138	3685
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.706	5.478	3028
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	7.45	5.426	2997
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.331	7.938	4424
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.005	7.86	4377
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	12.478	95.42	25328
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	12.474	95.336	25207

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.271-2.329	0.362	37	0.281	968	0.284	2811	0.925	0.942	35.7524	0.282
2.329-2.393	0.316	128	0.267	2340	0.269	2736	0.933	0.947	90.2047	0.264
2.393-2.463	0.285	137	0.237	2516	0.24	2655	0.951	0.961	99.9247	0.229
2.463-2.538	0.293	129	0.217	2461	0.221	2590	0.954	0.969	100	0.205
2.538-2.621	0.278	121	0.198	2380	0.201	2501	0.952	0.974	100	0.18
2.621-2.713	0.308	114	0.191	2342	0.196	2456	0.937	0.975	100	0.17
2.713-2.816	0.272	116	0.2	2248	0.203	2364	0.948	0.973	100	0.177
2.816-2.931	0.238	118	0.17	2124	0.174	2242	0.964	0.982	100	0.148
2.931-3.061	0.233	103	0.182	2086	0.184	2189	0.966	0.979	100	0.159
3.061-3.21	0.265	94	0.184	2006	0.187	2100	0.956	0.978	100	0.16
3.21-3.383	0.237	109	0.176	1869	0.18	1978	0.965	0.98	100	0.16
3.383-3.588	0.247	106	0.182	1796	0.186	1902	0.959	0.98	100	0.166
3.588-3.835	0.231	86	0.166	1693	0.169	1779	0.963	0.984	100	0.152
3.835-4.142	0.211	81	0.158	1595	0.161	1676	0.976	0.984	100	0.15
4.142-4.536	0.184	70	0.145	1480	0.147	1550	0.978	0.987	100	0.144
4.536-5.07	0.169	63	0.135	1343	0.137	1406	0.986	0.989	100	0.139
5.07-5.851	0.257	76	0.17	1183	0.175	1259	0.975	0.984	100	0.169
5.851-7.157	0.223	59	0.177	1027	0.18	1086	0.969	0.982	100	0.179
7.157-10.086	0.189	51	0.149	803	0.152	854	0.977	0.986	100	0.17
10.086-85.17	0.292	30	0.225	500	0.229	532	0.924	0.954	99.6241	0.251

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