[日本語] English
万見
- PDB-8ahd: The apo structure of the Corramycin phosphotransferase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ahd
タイトルThe apo structure of the Corramycin phosphotransferase
要素Corramycin phosphotransferase
キーワードTRANSFERASE / Phosphotransferase / Complex / Resistance protein
機能・相同性Aminoglycoside 3'-phosphotransferase; Chain: A, domain 2 / Aminoglycoside phosphotransferase (APH), C-terminal lobe / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種Corallococcus coralloides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Adam, S. / Mueller, R. / Koehnke, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Helmholtz Association ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The apo structure of the Corramycin phosphotransferase
著者: Adam, S. / Mueller, R. / Koehnke, J.
履歴
登録2022年7月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Corramycin phosphotransferase
B: Corramycin phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,6874
ポリマ－82,5032
非ポリマー1842
水7,494416
1
A: Corramycin phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3442
ポリマ－41,2511
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Corramycin phosphotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3442
ポリマ－41,2511
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.088, 69.863, 117.536
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.110, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 14 through 33 or resid 40 through 56 or resid 66 through 364 or resid 401))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 14 through 364 or resid 401))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11PROPROLEULEUAA14 - 3314 - 33
d_12ALAALAPHEPHEAA39 - 5739 - 57
d_13GLYGLYPROPROAA66 - 36466 - 364
d_14GOLGOLGOLGOLAC401
d_21VALVALPROPROBB13 - 36413 - 364
d_22GOLGOLGOLGOLBD401

-
要素

#1: タンパク質 Corramycin phosphotransferase / ComG / Aminoglycoside phosphotransferase family protein


分子量: 41251.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ST201330 (DSM24989)
由来: (組換発現) Corallococcus coralloides (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Magnesium chloride, Tris, PEG 8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→116.4 Å / Num. obs: 45561 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 23.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / Rmerge(I) obs: 0.52 / Num. unique obs: 6647

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Cootモデル構築
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→59.9 Å / SU ML: 0.2335 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.3627
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2671 2155 4.74 %
Rwork0.2081 43273 -
obs0.2109 45428 96.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 32.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→59.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5383 0 12 416 5811
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01155536
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.21037500
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551790
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0178983
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.2296773
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.616562983324 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.150.31921690.25852860X-RAY DIFFRACTION97.68
2.15-2.20.29291540.25372879X-RAY DIFFRACTION97.62
2.2-2.260.36091430.28092903X-RAY DIFFRACTION97.1
2.26-2.330.35721420.2482878X-RAY DIFFRACTION97.26
2.33-2.40.28191330.22332894X-RAY DIFFRACTION97.21
2.4-2.490.25151410.20752863X-RAY DIFFRACTION96.16
2.49-2.590.26491460.19712792X-RAY DIFFRACTION94.41
2.59-2.710.25651340.20562923X-RAY DIFFRACTION97.98
2.71-2.850.24321720.21012904X-RAY DIFFRACTION97.93
2.85-3.030.23081200.20862938X-RAY DIFFRACTION97.54
3.03-3.260.2681380.21462831X-RAY DIFFRACTION94.86
3.26-3.590.2991460.19142920X-RAY DIFFRACTION96.6
3.59-4.110.21821420.18212919X-RAY DIFFRACTION97.45
4.11-5.180.22871290.17422850X-RAY DIFFRACTION94.6
5.18-59.90.28741460.21522919X-RAY DIFFRACTION94.31
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0936012421-2.76575622798-3.021476663574.986742775272.744150536738.02410664971-0.04731789488190.1952798906290.466666167756-0.5275276547490.103016801827-0.482298890262-0.6384975921550.776490802073-0.1180934101770.308016526676-0.0866553247616-0.01030528736360.342928853610.03037901024190.2358980253716.74886382753.8843040606100.341913858
22.034112931532.23804410252-0.5159770717153.02102808325-0.618821947722.21900440737-0.1829146699050.2812012029650.143293027807-0.1480073859420.129785131695-0.20617455089-0.1330011474120.06253878933970.011868169160.209680015192-0.009752678114010.01004775749070.167851782798-0.02675049817260.2754901624729.2223369843349.247429006105.531944832
34.216379070634.01750781953-4.247960002278.26732731415-3.778917808494.296020971450.08034529484040.2968542761490.4091029679730.1414735561770.1162170705310.447215743092-0.276385042959-0.150946175088-0.154973455280.121233883949-0.0286936683264-0.04802255000770.257357059333-0.007610715892180.3533218074612.3196810205351.4684865807110.147470398
42.790643642962.73655518581-0.07868458610176.36478582322-0.3168187361810.531804697858-0.0179471245144-0.208590053797-0.149391720291-0.165442531419-0.143044024843-0.1795887800260.1062116789340.1564426611020.1860658322890.1733904013550.03469837265990.03136460107710.2032992912220.02980426576560.3179298294559.5704212418834.3951515207108.211641647
56.17012634136-4.89320976158-0.09297565271514.425270126050.5951580697840.602384414342-0.0172941769527-0.1911920900840.06676414676630.154908158260.00323529629838-0.107842079651-0.02301726489710.03683676981520.03848455419370.148847685513-0.03237669595790.03303583901770.1342779880920.01778491780920.196291275616-3.6913285091534.0902629013117.767353987
62.644501913593.22469561873.444814315246.397450873976.152748110116.36749194077-0.2165438229860.02173993008380.162525674294-0.63871014502-0.02379498238240.602859763602-0.633362499477-0.05018245567120.2479339966290.2747647051180.0300907492421-0.04399310754060.1668095839170.04015969620470.273203545422-19.039710327838.591552575297.906744855
72.041667563521.677996454931.124569302051.997453255511.094033610081.564501734530.004353351810220.0696552481303-0.0421654962154-0.155270654486-0.07245895302360.08881698999410.0120722615602-0.07672428653730.06797986194060.1789720693740.0167716575687-0.002203615467730.133031804574-0.001361509520660.214705453671-11.038431759133.0961686723106.379946855
82.333931140080.545931533747-1.262297868053.7951148663.274026802914.72967669854-0.130701210917-0.165475561493-0.2954191653280.2527501315570.02337816232890.3725291429050.2629018851580.185649297750.1220177314680.1685571204740.02327484955450.02257589778260.1567536130280.06039122364640.308846197672-10.426802352428.0367691656119.934090479
91.12591735314-0.346623637916-1.154993779042.608857853361.128788003835.982652112620.0258352042018-0.004671496954480.130260135317-0.247133163577-0.0711111192358-0.103762311069-0.2000859845690.4847936250450.04384735730490.161654829081-0.00574815114805-0.04076263663340.203055641420.01390887519590.288128751715-11.589660567123.318978897799.4563784881
103.900542585290.7961776215322.250515246351.091161797110.3923838841521.437881494560.385809284270.410622273534-0.530237836903-0.287116139248-0.00326335745721-0.3768825404540.2305600571440.188131996983-0.3426944280570.3605349210080.037816240843-0.006642346674090.178554996468-0.03067071814690.300389017764-11.589970324715.184494084598.1535560989
112.29250710432-3.785515662863.643982363646.52245524198-5.739521671996.07577642631-0.572438679646-1.70787759276-0.4840626501051.176297044430.0886962461848-0.323296099136-0.826063685454-0.3069292081690.48983159170.5875692585460.268553593201-0.298008030090.8724140215750.07329571580890.710088297014-3.4768411079510.1070741455104.671705308
125.59625457784-1.81782675675-1.131774596082.45099236750.3706966233371.98392483964-0.305174342673-0.6175328225850.3984252267060.3349495796910.239181485153-0.250630056791-0.1537310595490.0194844065910.05925594616860.2594193965210.0687808897886-0.05229565950940.2734665301030.01035920211570.221664953844-9.4830828460137.173397007569.1739640824
130.868197145326-0.2733323609160.4593981328821.5012067048-0.4000655905821.07607010196-0.0828521443789-0.07436243913020.08372768239210.07406468847110.0419461912553-0.0145951438869-0.0170252690873-0.06450411540860.05003045150230.1309048580840.000858439878970.02051151329110.183382476898-0.0105982350490.2207391925018.8860043134419.20089551265.8228237959
143.710653938620.570365257886-1.7116174971.79494803679-0.2995124054784.59383139721-0.140894094784-0.182110834005-0.1507302856830.2524843682010.1131408740730.08503254825250.240843302998-0.1938999036180.03203150220250.221533776220.0391857545273-0.02244624096870.162526775928-0.007841791523550.25551334096511.43374999235.5926368677175.3285572885
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 14 through 39 )AA14 - 391 - 21
22chain 'A' and (resid 40 through 73 )AA40 - 7322 - 47
33chain 'A' and (resid 74 through 93 )AA74 - 9348 - 67
44chain 'A' and (resid 94 through 113 )AA94 - 11368 - 87
55chain 'A' and (resid 114 through 141 )AA114 - 14188 - 115
66chain 'A' and (resid 142 through 170 )AA142 - 170116 - 144
77chain 'A' and (resid 171 through 243 )AA171 - 243145 - 217
88chain 'A' and (resid 244 through 267 )AA244 - 267218 - 241
99chain 'A' and (resid 268 through 325 )AA268 - 325242 - 299
1010chain 'A' and (resid 326 through 361 )AA326 - 361300 - 335
1111chain 'A' and (resid 362 through 364 )AA362 - 364336 - 338
1212chain 'B' and (resid 13 through 93 )BC13 - 931 - 66
1313chain 'B' and (resid 94 through 267 )BC94 - 26767 - 240
1414chain 'B' and (resid 268 through 364 )BC268 - 364241 - 337

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る