PDB-8ah9: De novo retro-aldolase RAbetaB-16.1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ah9

タイトル

De novo retro-aldolase RAbetaB-16.1

要素

RAbetaB-16.1

キーワード

DE NOVO PROTEIN / retro-aldolase / beta-barrel

機能・相同性

BENZOIC ACID

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.747 Å

データ登録者

Mittl, P. / Oualb Chaib, A. / Hilvert, D.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022
タイトル: Design and optimization of enzymatic activity in a de novo beta-barrel scaffold.
著者: Kipnis, Y. / Chaib, A.O. / Vorobieva, A.A. / Cai, G. / Reggiano, G. / Basanta, B. / Kumar, E. / Mittl, P.R.E. / Hilvert, D. / Baker, D.

履歴

登録	2022年7月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ah9.cif.gz	79.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ah9.ent.gz	45.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ah9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ah9_validation.pdf.gz	438.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ah9_full_validation.pdf.gz	440.1 KB	表示
XML形式データ	8ah9_validation.xml.gz	7.8 KB	表示
CIF形式データ	8ah9_validation.cif.gz	10.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ah9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/8ah9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6czgS 6czjS 6d0tS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RAbetaB-16.1

ヘテロ分子

14.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.482, 77.485, 60.652
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	RAbetaB-16.1 分子量: 13881.747 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸分子量: 122.121 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.61 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-TRIS, pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.737→45.11 Å / Num. obs: 13587 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 24.72 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.024 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.034 / Net I/σ(I): 17.82
反射シェル	解像度: 1.75→1.81 Å / Num. unique obs: 1326 / CC_1/2: 0.565 / R_pim(I) all: 0.565

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0349	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6czg,6czj, 6d0t

6czg

6czj

6d0t

解像度: 1.747→45.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 6.12 / SU ML: 0.089 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.116 / ESU R Free: 0.115 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2257	677	4.983 %
R_work	0.1865	12910	-
all	0.188	-	-
obs	-	13587	99.904 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.287 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.341 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.629 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.747→45.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	925	0	27	70	1022

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.012	1016
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	926
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.487	1.667	1369
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.493	1.566	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.988	5	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	13.38	10	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.93	10	186
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.403	10	45
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1197
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	219
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.204	0.2	136
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	830
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	441
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	563
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.303	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.185	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.159	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.109	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.663	2.228	484
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.272	2.227	484
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.453	3.328	612
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.453	3.333	613
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.683	3.302	532
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.678	3.304	533
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.265	4.613	757
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.26	4.615	758
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.631	36.545	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.625	36.539	1058

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.747-1.793	0.393	51	0.311	932	0.315	993	0.902	0.931	98.993	0.304
1.793-1.842	0.337	52	0.295	912	0.298	964	0.934	0.941	100	0.282
1.842-1.895	0.263	42	0.282	888	0.281	930	0.958	0.947	100	0.255
1.895-1.953	0.259	49	0.212	859	0.215	908	0.956	0.968	100	0.183
1.953-2.017	0.211	50	0.189	834	0.19	884	0.972	0.975	100	0.157
2.017-2.088	0.221	42	0.177	831	0.179	873	0.972	0.98	100	0.149
2.088-2.166	0.197	42	0.162	779	0.164	821	0.98	0.984	100	0.137
2.166-2.255	0.238	30	0.173	757	0.175	787	0.966	0.981	100	0.149
2.255-2.355	0.25	36	0.185	739	0.189	775	0.952	0.978	100	0.156
2.355-2.469	0.228	36	0.181	688	0.184	724	0.971	0.981	100	0.152
2.469-2.602	0.214	34	0.172	666	0.174	700	0.975	0.983	100	0.143
2.602-2.76	0.205	32	0.169	647	0.17	679	0.976	0.981	100	0.147
2.76-2.949	0.194	32	0.172	582	0.173	614	0.971	0.981	100	0.147
2.949-3.185	0.2	32	0.177	571	0.178	603	0.975	0.98	100	0.161
3.185-3.487	0.214	21	0.193	506	0.194	527	0.972	0.978	100	0.182
3.487-3.895	0.212	28	0.168	474	0.17	502	0.977	0.982	100	0.162
3.895-4.492	0.193	22	0.148	415	0.15	437	0.984	0.987	100	0.145
4.492-5.488	0.24	18	0.174	370	0.177	388	0.975	0.985	100	0.176
5.488-7.705	0.255	15	0.224	284	0.225	299	0.977	0.966	100	0.217
7.705-45.11	0.25	13	0.231	176	0.232	189	0.947	0.952	100	0.234

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 17.2908 Å / Origin y: 24.5561 Å / Origin z: 29.3497 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0222 Å²	-0.0016 Å²	-0.0048 Å²	-	0.024 Å²	0.0092 Å²	-	-	0.005 Å²
L	0.5629 °²	0.1245 °²	-0.2373 °²	-	0.4104 °²	0.2683 °²	-	-	0.3689 °²
S	-0.0006 Å °	-0.0197 Å °	0.0023 Å °	-0.0191 Å °	-0.0089 Å °	0.0172 Å °	-0.0194 Å °	0.0097 Å °	0.0095 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)