PDB-8ags: Cyclohexane epoxide soak of epoxide hydrolase from metagenomic so...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ags

タイトル

Cyclohexane epoxide soak of epoxide hydrolase from metagenomic source ch65 resulting in halogenated compound in the active site

要素

Alpha/beta epoxide hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Alpha/beta hydrolase fold / complex with substrate / limonene epoxide

機能・相同性

Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / 2-CHLOROPHENOL / TRIETHYLENE GLYCOL / Alpha/beta epoxide hydrolase

機能・相同性情報

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.61 Å

データ登録者

Isupov, M.N. / De Rose, S.A. / Mitchell, D. / Littlechild, J.A.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Complexes of epoxide hydrolase from metagenomic source ch65
著者: Isupov, M.N. / De Rose, S.A. / Mitchell, D. / Littlechild, J.A. / Parker, E. / Ferrandi, E. / Guazzelli, E. / Monti, D.

履歴

登録	2022年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ags.cif.gz	157.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ags.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ags.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ags_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ags_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8ags_validation.xml.gz	29.5 KB	表示
CIF形式データ	8ags_validation.cif.gz	41.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8ags ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8ags	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8agmC 8agnC 8agpC 5ng7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Alpha/beta epoxide hydrolase

BBB: Alpha/beta epoxide hydrolase

ヘテロ分子

71.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.210, 46.190, 92.140
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.000, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 3 - 289 / Label seq-ID: 3 - 289

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Alpha/beta epoxide hydrolase 分子量: 34940.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1U9WZ52

-
非ポリマー , 6種, 315分子

#2: 化合物	ChemComp-2CH / 2-CHLOROPHENOL / 2-クロロフェノ-ル分子量: 128.556 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅ClO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 300 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.06 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: Morpheus crystallisation kit C1; 40% v/v PEG 500* MME; 20% w/v PEG 20000, thecrystal was soaked with cyclohexane epoxide substrate at pH 6.5 for 2 hours to produce halogenated product.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.61→46.19 Å / Num. obs: 73190 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.2
反射シェル	解像度: 1.61→1.64 Å / Num. unique obs: 3660 / CC_1/2: 0.43

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築
BUSTER		精密化
PARROT		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ng7

5ng7

解像度: 1.61→45.663 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / SU B: 2.635 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.105 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2226	3603	4.924 %
R_work	0.1803	69572	-
all	0.182	-	-
obs	-	73175	97.448 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.552 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.032 Å²	0 Å²	-1.534 Å²
2-	-	0.244 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.173 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.61→45.663 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4839	0	83	300	5222

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	5566
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.727	1.638	7623
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.804	5	728
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.828	22.432	292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.664	15	1066
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.874	15	31
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.118	0.2	711
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	4191
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	2593
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.32	0.2	3691
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.174	0.2	289
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.28	0.2	98
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.896	7.803	2501
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.892	13.068	3163
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.969	9.296	3065
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.36	14.881	4383
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.018	58.272	23665
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.116	0.05	10345

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.116	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.116	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.61-1.652	0.372	243	0.35	5204	X-RAY DIFFRACTION	98.4813
1.652-1.697	0.369	243	0.334	5004	X-RAY DIFFRACTION	98.1298
1.697-1.746	0.311	242	0.302	4836	X-RAY DIFFRACTION	97.6351
1.746-1.8	0.299	260	0.262	4687	X-RAY DIFFRACTION	97.4202
1.8-1.859	0.277	221	0.234	4592	X-RAY DIFFRACTION	97.706
1.859-1.924	0.246	216	0.206	4480	X-RAY DIFFRACTION	97.6096
1.924-1.996	0.222	231	0.184	4232	X-RAY DIFFRACTION	97.8943
1.996-2.078	0.237	243	0.189	4146	X-RAY DIFFRACTION	98.6292
2.078-2.17	0.211	199	0.184	3961	X-RAY DIFFRACTION	98.3917
2.17-2.276	0.231	182	0.183	3783	X-RAY DIFFRACTION	97.8046
2.276-2.398	0.225	184	0.178	3641	X-RAY DIFFRACTION	98.1524
2.398-2.543	0.229	191	0.175	3398	X-RAY DIFFRACTION	97.7396
2.543-2.718	0.24	196	0.172	3222	X-RAY DIFFRACTION	98.1902
2.718-2.935	0.241	151	0.177	2932	X-RAY DIFFRACTION	96.6761
2.935-3.214	0.219	145	0.185	2701	X-RAY DIFFRACTION	95.4393
3.214-3.591	0.192	135	0.162	2430	X-RAY DIFFRACTION	95
3.591-4.143	0.18	111	0.139	2173	X-RAY DIFFRACTION	94.9688
4.143-5.064	0.183	98	0.131	1840	X-RAY DIFFRACTION	95.2802
5.064-7.118	0.219	72	0.183	1457	X-RAY DIFFRACTION	95.6223
7.118-45.663	0.217	40	0.186	853	X-RAY DIFFRACTION	94.6978

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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