PDB-8agp: Halogenated product of limonene epoxide turnover by epoxide hydro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8agp

タイトル

Halogenated product of limonene epoxide turnover by epoxide hydrolase from metagenomic source ch65

要素

Alpha/beta epoxide hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Alpha/beta hydrolase fold / complex with substrate / limonene epoxide

機能・相同性

Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / Chem-M1U / Alpha/beta epoxide hydrolase

機能・相同性情報

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.49 Å

データ登録者

Isupov, M.N. / De Rose, S.A. / Mitchell, D. / Littlechild, J.A.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Complexes of epoxide hydrolase from metagenomic source ch65
著者: Isupov, M.N. / De Rose, S.A. / Mitchell, D. / Littlechild, J.A. / Parker, E. / Ferrandi, E. / Guazzelli, E. / Monti, D.

履歴

登録	2022年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8agp.cif.gz	157.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8agp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8agp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8agp_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8agp_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	8agp_validation.xml.gz	28.5 KB	表示
CIF形式データ	8agp_validation.cif.gz	42.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8agp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8agp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8agmC 8agnC 8agsC 5ng7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Alpha/beta epoxide hydrolase

BBB: Alpha/beta epoxide hydrolase

ヘテロ分子

71.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.830, 46.110, 93.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 98.410, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 4 - 289 / Label seq-ID: 4 - 289

Dom-ID	Component-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	AAA	A
2	2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質	Alpha/beta epoxide hydrolase 分子量: 34940.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1U9WZ52

-
非ポリマー , 5種, 449分子

#2: 化合物	ChemComp-M1U / (1~{S},2~{S},4~{R})-2-chloranyl-1-methyl-4-prop-1-en-2-yl-cyclohexan-1-ol / (1S,2S,4R)-2-クロロ-p-メンタ-8-エン-1-オ-ル分子量: 188.694 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇ClO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 432 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.12 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: Morpheus crystallisation kit condition C1; 40% v/v PEG 500* MME; 20% w/v PEG 20000. The crystal was incubated with 1mM mixture of cis (1R,2S,4R) and trans (1S,2R,4R) isomers of (+)-limonene ...詳細: Morpheus crystallisation kit condition C1; 40% v/v PEG 500* MME; 20% w/v PEG 20000. The crystal was incubated with 1mM mixture of cis (1R,2S,4R) and trans (1S,2R,4R) isomers of (+)-limonene oxide for 1 hour 20 mins to produce a halogenated product in the active site.

結晶

マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.12 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: Morpheus crystallisation kit condition C1; 40% v/v PEG 500* MME; 20% w/v PEG 20000. The crystal was incubated with 1mM mixture of cis (1R,2S,4R) and trans (1S,2R,4R) isomers of (+)-limonene ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.49→51.263 Å / Num. obs: 93810 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 1.49→1.52 Å / Num. unique obs: 4644 / CC_1/2: 0.366

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
BUSTER		精密化
PARROT		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ng7

5ng7

解像度: 1.49→51.263 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.959 / SU B: 2.108 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2156	4702	5.013 %
R_work	0.1779	89093	-
all	0.18	-	-
obs	-	93795	99.067 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.938 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.91 Å²	0 Å²	-0.937 Å²
2-	-	0.014 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.123 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.49→51.263 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4822	0	79	432	5333

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	5393
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.655	1.647	7372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.999	5	682
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.286	22.431	288
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.396	15	1008
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.713	15	30
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	685
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	4078
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.225	0.2	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.321	0.2	3624
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	369
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.256	0.2	99
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.199	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.62	6.116	2440
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.688	10.243	3073
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	7.027	7.414	2953
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.754	11.83	4246
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.207	45.75	23136
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.123	0.05	9970

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12328	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12328	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.49-1.529	0.339	335	0.327	6584	0.328	6987	0.517	0.543	99.0268	0.312
1.529-1.571	0.315	309	0.313	6386	0.313	6738	0.652	0.663	99.3618	0.296
1.571-1.616	0.306	341	0.284	6171	0.285	6563	0.736	0.753	99.2229	0.261
1.616-1.666	0.307	336	0.274	6041	0.276	6428	0.801	0.811	99.2066	0.248
1.666-1.72	0.275	316	0.247	5879	0.248	6245	0.844	0.854	99.1994	0.218
1.72-1.781	0.28	303	0.223	5624	0.226	5975	0.881	0.894	99.1967	0.195
1.781-1.848	0.258	291	0.201	5506	0.204	5820	0.898	0.908	99.6048	0.174
1.848-1.923	0.232	260	0.19	5317	0.192	5606	0.915	0.928	99.4827	0.166
1.923-2.008	0.226	288	0.183	5045	0.186	5353	0.927	0.937	99.6264	0.164
2.008-2.106	0.203	272	0.169	4828	0.171	5122	0.941	0.956	99.5705	0.154
2.106-2.22	0.228	240	0.175	4617	0.178	4882	0.932	0.949	99.4879	0.162
2.22-2.354	0.212	220	0.169	4374	0.171	4619	0.937	0.951	99.4588	0.157
2.354-2.517	0.212	221	0.161	4120	0.164	4367	0.943	0.958	99.4046	0.152
2.517-2.718	0.187	196	0.155	3821	0.157	4059	0.958	0.961	98.9653	0.15
2.718-2.976	0.207	174	0.16	3524	0.162	3758	0.951	0.961	98.4034	0.158
2.976-3.326	0.196	178	0.159	3157	0.161	3407	0.956	0.961	97.8867	0.161
3.326-3.838	0.172	141	0.141	2808	0.143	3024	0.966	0.973	97.5198	0.154
3.838-4.694	0.162	128	0.125	2343	0.127	2546	0.969	0.976	97.0542	0.144
4.694-6.611	0.202	94	0.15	1867	0.152	2007	0.966	0.975	97.708	0.176
6.611-51.263	0.207	59	0.203	1081	0.203	1169	0.959	0.968	97.5192	0.246

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

-
非ポリマー , 5種, 449分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

-非ポリマー , 5種, 449分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

-
非ポリマー , 5種, 449分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)