PDB-8agn: Cyclohexane epoxide low pH soak of epoxide hydrolase from metagen...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8agn

タイトル

Cyclohexane epoxide low pH soak of epoxide hydrolase from metagenomic source ch65

要素

Alpha/beta epoxide hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Alpha/beta hydrolase fold / complex with substrate / limonene epoxide

機能・相同性

Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / (1R,6S)-7-oxabicyclo[4.1.0]heptane / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Alpha/beta epoxide hydrolase

機能・相同性情報

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.957 Å

データ登録者

Isupov, M.N. / De Rose, S.A. / Mitchell, D. / Littlechild, J.A.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Complexes of epoxide hydrolase from metagenomic source ch65
著者: Isupov, M.N. / De Rose, S.A. / Mitchell, D. / Littlechild, J.A. / Parker, E. / Ferrandi, E. / Guazzelli, E. / Monti, D.

履歴

登録	2022年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8agn.cif.gz	268.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8agn.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8agn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8agn_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8agn_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	8agn_validation.xml.gz	46.4 KB	表示
CIF形式データ	8agn_validation.cif.gz	64.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8agn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8agn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8agmC 8agpC 8agsC 5ng7S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Alpha/beta epoxide hydrolase

BBB: Alpha/beta epoxide hydrolase

CCC: Alpha/beta epoxide hydrolase

DDD: Alpha/beta epoxide hydrolase

ヘテロ分子

142 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Alpha/beta epoxide hydrolase

BBB: Alpha/beta epoxide hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
70.9 kDa, 2 ポリマー

2

CCC: Alpha/beta epoxide hydrolase

DDD: Alpha/beta epoxide hydrolase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
70.9 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.851, 47.330, 142.611
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.707, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	LEU	LEU	AAA	A	4 - 289	4 - 289
2	2	1	MET	MET	LEU	LEU	BBB	B	4 - 289	4 - 289
3	3	2	MET	MET	LEU	LEU	AAA	A	4 - 289	4 - 289
4	4	2	MET	MET	LEU	LEU	CCC	C	4 - 289	4 - 289
5	5	3	MET	MET	LEU	LEU	AAA	A	4 - 289	4 - 289
6	6	3	MET	MET	LEU	LEU	DDD	D	4 - 289	4 - 289
7	7	4	GLU	GLU	LEU	LEU	BBB	B	3 - 289	3 - 289
8	8	4	GLU	GLU	LEU	LEU	CCC	C	3 - 289	3 - 289
9	9	5	GLU	GLU	LEU	LEU	BBB	B	3 - 289	3 - 289
10	10	5	GLU	GLU	LEU	LEU	DDD	D	3 - 289	3 - 289
11	11	6	GLU	GLU	SER	SER	CCC	C	3 - 291	3 - 291
12	12	6	GLU	GLU	SER	SER	DDD	D	3 - 291	3 - 291

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Alpha/beta epoxide hydrolase 分子量: 34940.449 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1U9WZ52
#2: 化合物	ChemComp-7EX / (1R,6S)-7-oxabicyclo[4.1.0]heptane / (1α,6α)-7-オキサビシクロ[4.1.0]ヘプタン分子量: 98.143 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.83 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 詳細: Morpheus crystallisation kit condition H8, 25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350 . The crystal was soaked for 2 hours in cryoprotectant containing 1mM of cyclohexane oxide at pH 4.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.957→142.548 Å / Num. obs: 102758 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 1.957→1.991 Å / 冗長度: 3.4 % / Num. unique obs: 4581 / CC_1/2: 0.303 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
autoPROC		data processing
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築
PARROT		位相決定
BUSTER		精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ng7

5ng7

解像度: 1.957→142.548 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 9.229 / SU ML: 0.224 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.175 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2587	4502	4.849 %
R_work	0.2055	88351	-
all	0.208	-	-
obs	-	92853	99.681 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.15 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.405 Å²	-0 Å²	-0.919 Å²
2-	-	5.268 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.805 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.957→142.548 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9543	0	135	272	9950

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	10258
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.64	1.64	13933
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.608	5	1245
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.967	22.156	538
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.455	15	1850
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.336	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1292
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	7652
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	4627
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.304	0.2	6785
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.139	0.2	399
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.222	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.106	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	8.851	13.63	4723
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	10.434	22.891	5921
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	10.857	14.897	5535
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	12.855	24.216	7943
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	13.402	98.705	42648
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.082	0.05	9828
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.08	0.05	9886
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.081	0.05	9879
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.076	0.05	9950
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.078	0.05	9953
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.071	0.05	10050

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08244	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08244	0.05009
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08009	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08009	0.05009
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08081	0.05009
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08081	0.05009
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07566	0.05009
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07566	0.05009
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07788	0.05009
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07788	0.05009
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07088	0.05009
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07088	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.957-2.008	0.425	343	0.412	6431	0.412	6802	0.428	0.424	99.5884	0.421
2.008-2.063	0.414	343	0.392	6334	0.393	6691	0.29	0.294	99.7908	0.395
2.063-2.123	0.411	301	0.368	6123	0.37	6436	0.319	0.327	99.8136	0.365
2.123-2.188	0.391	321	0.35	5960	0.352	6295	0.422	0.436	99.7776	0.339
2.188-2.26	0.375	283	0.319	5842	0.322	6142	0.599	0.626	99.7232	0.3
2.26-2.339	0.328	281	0.294	5599	0.296	5892	0.738	0.753	99.7963	0.269
2.339-2.427	0.293	276	0.264	5405	0.265	5694	0.789	0.812	99.7717	0.234
2.427-2.526	0.313	273	0.251	5218	0.254	5507	0.814	0.848	99.7095	0.219
2.526-2.638	0.323	265	0.242	5004	0.246	5288	0.845	0.867	99.6407	0.212
2.638-2.767	0.312	250	0.231	4767	0.235	5038	0.863	0.888	99.5832	0.201
2.767-2.917	0.299	220	0.225	4585	0.228	4814	0.884	0.9	99.813	0.198
2.917-3.094	0.331	213	0.231	4331	0.236	4558	0.862	0.895	99.6928	0.21
3.094-3.307	0.282	184	0.216	4093	0.219	4288	0.891	0.92	99.7435	0.199
3.307-3.572	0.248	218	0.193	3781	0.196	4016	0.92	0.946	99.5767	0.182
3.572-3.913	0.234	179	0.181	3485	0.184	3678	0.939	0.954	99.6194	0.176
3.913-4.374	0.196	139	0.143	3205	0.145	3359	0.954	0.969	99.5534	0.145
4.374-5.05	0.172	159	0.128	2805	0.13	2977	0.967	0.976	99.5633	0.134
5.05-6.183	0.187	111	0.144	2405	0.146	2522	0.961	0.969	99.7621	0.15
6.183-8.736	0.229	104	0.156	1877	0.16	1993	0.953	0.969	99.3979	0.169
8.736-142.548	0.108	39	0.155	1100	0.153	1159	0.988	0.976	98.2744	0.188

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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