[English] 日本語
Yorodumi- PDB-8agn: Cyclohexane epoxide low pH soak of epoxide hydrolase from metagen... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8agn | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Cyclohexane epoxide low pH soak of epoxide hydrolase from metagenomic source ch65 | ||||||
Components | Alpha/beta epoxide hydrolase | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Alpha/beta hydrolase fold / complex with substrate / limonene epoxide | ||||||
Function / homology | Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / (1R,6S)-7-oxabicyclo[4.1.0]heptane / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Alpha/beta epoxide hydrolase Function and homology information | ||||||
Biological species | metagenome (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.957 Å | ||||||
Authors | Isupov, M.N. / De Rose, S.A. / Mitchell, D. / Littlechild, J.A. | ||||||
Funding support | European Union, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Complexes of epoxide hydrolase from metagenomic source ch65 Authors: Isupov, M.N. / De Rose, S.A. / Mitchell, D. / Littlechild, J.A. / Parker, E. / Ferrandi, E. / Guazzelli, E. / Monti, D. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8agn.cif.gz | 268.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb8agn.ent.gz | Display | PDB format | |
PDBx/mmJSON format | 8agn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8agn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8agn | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | 8agmC 8agpC 8agsC 5ng7S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
2 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
NCS ensembles :
|
-Components
#1: Protein | Mass: 34940.449 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) metagenome (others) Production host: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (bacteria) References: UniProt: A0A1U9WZ52 #2: Chemical | ChemComp-7EX / ( #3: Chemical | ChemComp-PEG / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.83 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: microbatch / pH: 7.5 Details: Morpheus crystallisation kit condition H8, 25% v/v MPD; 25% PEG 1000; 25% w/v PEG 3350 . The crystal was soaked for 2 hours in cryoprotectant containing 1mM of cyclohexane oxide at pH 4.5. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04 / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Oct 20, 2018 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.957→142.548 Å / Num. obs: 102758 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 10 |
Reflection shell | Resolution: 1.957→1.991 Å / Redundancy: 3.4 % / Num. unique obs: 4581 / CC1/2: 0.303 / % possible all: 99.7 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 5ng7 Resolution: 1.957→142.548 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 9.229 / SU ML: 0.224 / Cross valid method: FREE R-VALUE / ESU R: 0.19 / ESU R Free: 0.175 / Details: Hydrogens have not been used
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL PLUS MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 54.15 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.957→142.548 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
|