PDB-8agm: Limonene epoxide low pH soak of epoxide hydrolase from metagenomi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8agm

タイトル

Limonene epoxide low pH soak of epoxide hydrolase from metagenomic source ch65

要素

Alpha/beta epoxide hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Alpha/beta hydrolase fold / complex with substrate / limonene epoxide

機能・相同性

Epoxide hydrolase-like / alpha/beta hydrolase fold / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / D-LIMONENE 1,2-EPOXIDE / Alpha/beta epoxide hydrolase

機能・相同性情報

生物種

metagenome (メタゲノム)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.966 Å

データ登録者

Isupov, M.N. / De Rose, S.A. / Mitchell, D. / Littlechild, J.A.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Complexes of epoxide hydrolase from metagenomic source ch65
著者: Isupov, M.N. / De Rose, S.A. / Mitchell, D. / Littlechild, J.A. / Parker, E. / Ferrandi, E. / Guazzelli, E. / Monti, D.

履歴

登録	2022年7月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8agm.cif.gz	261.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8agm.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8agm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8agm_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8agm_full_validation.pdf.gz	2.5 MB	表示
XML形式データ	8agm_validation.xml.gz	44.1 KB	表示
CIF形式データ	8agm_validation.cif.gz	61.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8agm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8agm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8agnC 8agpC 8agsC 5ng7S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (3) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Alpha/beta epoxide hydrolase

BBB: Alpha/beta epoxide hydrolase

CCC: Alpha/beta epoxide hydrolase

DDD: Alpha/beta epoxide hydrolase

ヘテロ分子

141 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Alpha/beta epoxide hydrolase

BBB: Alpha/beta epoxide hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
70.7 kDa, 2 ポリマー

2

CCC: Alpha/beta epoxide hydrolase

DDD: Alpha/beta epoxide hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
70.6 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.985, 47.416, 142.814
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.660, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	LEU	LEU	AAA	A	4 - 289	4 - 289
2	2	1	MET	MET	LEU	LEU	BBB	B	4 - 289	4 - 289
3	3	2	MET	MET	LEU	LEU	AAA	A	4 - 289	4 - 289
4	4	2	MET	MET	LEU	LEU	CCC	C	4 - 289	4 - 289
5	5	3	MET	MET	LEU	LEU	AAA	A	4 - 289	4 - 289
6	6	3	MET	MET	LEU	LEU	DDD	D	4 - 289	4 - 289
7	7	4	GLU	GLU	LYS	LYS	BBB	B	3 - 290	3 - 290
8	8	4	GLU	GLU	LYS	LYS	CCC	C	3 - 290	3 - 290
9	9	5	GLU	GLU	LYS	LYS	BBB	B	3 - 290	3 - 290
10	10	5	GLU	GLU	LYS	LYS	DDD	D	3 - 290	3 - 290
11	11	6	GLU	GLU	LYS	LYS	CCC	C	3 - 290	3 - 290
12	12	6	GLU	GLU	LYS	LYS	DDD	D	3 - 290	3 - 290

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Alpha/beta epoxide hydrolase 分子量: 34940.449 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) metagenome (メタゲノム) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A1U9WZ52
#2: 化合物	ChemComp-LEO / D-LIMONENE 1,2-EPOXIDE / trans-リモネンオキシド分子量: 152.233 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.08 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 詳細: Morpheus crystal screen condition C3, 40% v/v Glycerol; 20% w/v PEG 4000 . The crystal was soaked for two hours in cryoprotectant containing 1mM mixture of cis (1R,2S,4R) and trans (1S,2R,4R) ...詳細: Morpheus crystal screen condition C3, 40% v/v Glycerol; 20% w/v PEG 4000 . The crystal was soaked for two hours in cryoprotectant containing 1mM mixture of cis (1R,2S,4R) and trans (1S,2R,4R) isomers of (+)-limonene oxide at pH 4.5.

結晶

マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.08 %

結晶化

温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5
詳細: Morpheus crystal screen condition C3, 40% v/v Glycerol; 20% w/v PEG 4000 . The crystal was soaked for two hours in cryoprotectant containing 1mM mixture of cis (1R,2S,4R) and trans (1S,2R,4R) ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.966→96.129 Å / Num. obs: 91956 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.4 % / CC_1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 1.966→2 Å / Num. unique obs: 4525 / CC_1/2: 0.322

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定
BUSTER		精密化
Coot		モデル構築
PARROT		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ng7

5ng7

解像度: 1.966→96.129 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.185 / 詳細: Hydrogens have not been used

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2704	4467	4.858 %
R_work	0.2316	87488	-
all	0.233	-	-
obs	-	91955	99.594 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 63.288 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.799 Å²	-0 Å²	-0.553 Å²
2-	-	8.397 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.561 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.966→96.129 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9549	0	100	231	9880

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.012	10333
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.635	1.629	14107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	2.834	5	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.337	22.303	547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.069	15	1859
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22	15	58
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.115	0.2	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	7800
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.177	0.2	4714
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.285	0.2	6712
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.059	0.2	379
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.166	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.065	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.455	15.883	4752
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.467	26.595	5962
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.749	17.432	5581
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.892	28.406	8070
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.003	88.229	15644
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.096	0.05	9696
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.09	0.05	9791
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.085	0.05	9812
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.093	0.05	9813
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.089	0.05	9814
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.09	0.05	9957

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09604	0.05008
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09604	0.05008
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09045	0.05008
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09045	0.05008
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08475	0.05008
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08475	0.05008
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09331	0.05008
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09331	0.05008
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08947	0.05008
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08947	0.05008
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08969	0.05008
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08969	0.05008

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.966-2.017	0.47	361	0.454	6345	X-RAY DIFFRACTION	99.304
2.017-2.072	0.462	332	0.423	6295	X-RAY DIFFRACTION	99.7892
2.072-2.132	0.414	299	0.395	6079	X-RAY DIFFRACTION	99.7498
2.132-2.198	0.372	315	0.373	5891	X-RAY DIFFRACTION	99.6948
2.198-2.27	0.379	271	0.345	5783	X-RAY DIFFRACTION	99.8186
2.27-2.35	0.366	289	0.33	5568	X-RAY DIFFRACTION	99.8977
2.35-2.438	0.312	269	0.306	5326	X-RAY DIFFRACTION	99.5375
2.438-2.538	0.353	267	0.285	5175	X-RAY DIFFRACTION	99.7069
2.538-2.651	0.332	272	0.265	4977	X-RAY DIFFRACTION	99.6015
2.651-2.78	0.306	244	0.257	4738	X-RAY DIFFRACTION	99.6998
2.78-2.93	0.327	216	0.252	4514	X-RAY DIFFRACTION	99.7259
2.93-3.108	0.308	208	0.249	4286	X-RAY DIFFRACTION	99.6673
3.108-3.323	0.281	186	0.235	4055	X-RAY DIFFRACTION	99.6008
3.323-3.589	0.271	218	0.216	3726	X-RAY DIFFRACTION	99.3701
3.589-3.931	0.23	170	0.201	3474	X-RAY DIFFRACTION	99.3999
3.931-4.394	0.204	138	0.174	3158	X-RAY DIFFRACTION	99.2771
4.394-5.074	0.214	157	0.169	2760	X-RAY DIFFRACTION	99.2177
5.074-6.212	0.203	111	0.176	2382	X-RAY DIFFRACTION	99.4812
6.212-8.777	0.23	104	0.173	1856	X-RAY DIFFRACTION	99.2405
8.777-96.129	0.146	40	0.191	1100	X-RAY DIFFRACTION	99.1304

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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