PDB-8ag9: Thermogutta terrifontis endoglucanase of glycoside hydrolase fami...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ag9

タイトル

Thermogutta terrifontis endoglucanase of glycoside hydrolase family 5 (TtEnd5A)

要素

Endoglucanase

キーワード

HYDROLASE / Thermogutta terrifontis endoglucanase of HG5 family / Cellulase / apo structure

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulase / cellulase activity / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermogutta terrifontis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Hussain, N. / Mikolajek, H. / Naismith, J.H.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2024
タイトル: Structural and functional snapshots of a broad-specificity endoglucanase from Thermogutta terrifontis for biomass saccharification.
著者: Hussain, N. / Mikolajek, H. / Harrison, P.J. / Paterson, N. / Akhtar, M.W. / Sadaf, S. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2022年7月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.2	2025年1月15日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ag9.cif.gz	98.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ag9.ent.gz	68.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ag9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ag9_validation.pdf.gz	424.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ag9_full_validation.pdf.gz	424.7 KB	表示
XML形式データ	8ag9_validation.xml.gz	16.7 KB	表示
CIF形式データ	8ag9_validation.cif.gz	25.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8ag9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8ag9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8anxC 8b3yC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endoglucanase

ヘテロ分子

58.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.851, 69.442, 81.094
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Endoglucanase 分子量: 58481.797 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現詳細: This protein was crystalized in degraded form (192-526 amino acids) after nine months. It was never reproducible. 由来: (組換発現) Thermogutta terrifontis (バクテリア) 遺伝子: THTE_1171 / プラスミド: pEHISTEV 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: A0A286RCT9, cellulase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 318 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M (NH4)2SO4 , 0.1 M HEPES Buffer, 25 %w/v PEG 3350 as precipitant, and protein concentration was 0.18 mM

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→48.18 Å / Num. obs: 386442 / % possible obs: 70.24 % / 冗長度: 11.2 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.048 / R_pim(I) all: 0.014 / R_rim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 32.2
反射シェル	解像度: 1.56→1.59 Å / 冗長度: 1.4 % / R_merge(I) obs: 0.371 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 221 / CC_1/2: 0.8 / R_pim(I) all: 0.33 / R_rim(I) all: 0.499 / % possible all: 9.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.56→48.156 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.973 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 1.358 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.094 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1699	1712	4.991 %
R_work	0.1405	32591	-
all	0.142	-	-
obs	-	34303	70.244 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.724 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.453 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.515 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.969 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→48.156 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2732	0	15	318	3065

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.012	2904
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2515
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.186	1.637	3976
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.427	1.554	5861
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.628	5	352
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	9.477	10	30
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.97	10	446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.283	10	159
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	404
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	3414
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	642
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.227	0.2	553
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	2354
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.182	0.2	1389
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	1374
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	234
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.176	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.228	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.86	1.737	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.851	1.737	1357
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.652	2.596	1699
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.655	2.6	1700
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.338	2.071	1547
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.323	2.065	1536
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.899	2.977	2268
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.879	2.966	2251
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.137	29.633	3456
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.047	25.83	3365

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.644	0.281	39	0.193	721	X-RAY DIFFRACTION	21.8642
1.644-1.692	0.166	45	0.162	997	X-RAY DIFFRACTION	30.7556
1.692-1.744	0.217	52	0.157	1217	X-RAY DIFFRACTION	38.689
1.744-1.801	0.184	62	0.146	1467	X-RAY DIFFRACTION	47.7663
1.801-1.864	0.19	90	0.136	1669	X-RAY DIFFRACTION	57.4086
1.864-1.934	0.182	105	0.123	1955	X-RAY DIFFRACTION	69.058
1.934-2.013	0.151	120	0.126	2457	X-RAY DIFFRACTION	89.7909
2.013-2.103	0.162	134	0.131	2558	X-RAY DIFFRACTION	97.7842
2.103-2.205	0.182	152	0.133	2479	X-RAY DIFFRACTION	99.5083
2.205-2.324	0.177	123	0.133	2388	X-RAY DIFFRACTION	99.4062
2.324-2.465	0.185	117	0.136	2259	X-RAY DIFFRACTION	99.79
2.465-2.634	0.173	129	0.134	2106	X-RAY DIFFRACTION	99.6878
2.634-2.845	0.17	124	0.137	1983	X-RAY DIFFRACTION	99.8105
2.845-3.115	0.172	90	0.138	1843	X-RAY DIFFRACTION	99.8966
3.115-3.481	0.158	88	0.147	1694	X-RAY DIFFRACTION	99.9439
3.481-4.016	0.143	94	0.133	1484	X-RAY DIFFRACTION	99.9367
4.016-4.91	0.122	53	0.128	1290	X-RAY DIFFRACTION	100
4.91-6.908	0.246	56	0.18	1017	X-RAY DIFFRACTION	100
6.908-48.156	0.195	23	0.181	622	X-RAY DIFFRACTION	99.8452

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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