PDB-8ag1: Crystal structure of a novel OX40 antibody

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ag1

タイトル

Crystal structure of a novel OX40 antibody

要素

Novel OX40 antibody heavy chain
Novel OX40 antibody light chain
Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4

キーワード

IMMUNE SYSTEM / OX40 / antibody / activation

機能・相同性

機能・相同性情報

tumor necrosis factor receptor activity / TNFs bind their physiological receptors / positive regulation of immunoglobulin production / T cell proliferation / positive regulation of B cell proliferation / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / virus receptor activity / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.303 Å

データ登録者

Gao, H. / Zhou, A.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2022
タイトル: Structural Basis of a Novel Agonistic Anti-OX40 Antibody.
著者: Zhang, J. / Jiang, X. / Gao, H. / Zhang, F. / Zhang, X. / Zhou, A. / Xu, T. / Cai, H.

履歴

登録	2022年7月19日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ag1.cif.gz	544.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ag1.ent.gz	350.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ag1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ag1_validation.pdf.gz	476.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ag1_full_validation.pdf.gz	483.9 KB	表示
XML形式データ	8ag1_validation.xml.gz	35.3 KB	表示
CIF形式データ	8ag1_validation.cif.gz	48.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8ag1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ag/8ag1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7yk4C 2ehy PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (5)

登録構造単位

L: Novel OX40 antibody light chain

H: Novel OX40 antibody heavy chain

h: Novel OX40 antibody heavy chain

l: Novel OX40 antibody light chain

A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4

a: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4

ヘテロ分子

134 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

L: Novel OX40 antibody light chain

H: Novel OX40 antibody heavy chain

A: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
67 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

h: Novel OX40 antibody heavy chain

l: Novel OX40 antibody light chain

a: Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4

登録者が定義した集合体
66.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	162.356, 162.356, 232.145
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	180
Space group name H-M	P6₂22

#1: 抗体

Novel OX40 antibody light chain

分子量: 23610.170 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#2: 抗体

Novel OX40 antibody heavy chain

分子量: 26180.090 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト)

#3: タンパク質

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4 / ACT35 antigen / OX40L receptor / TAX transcriptionally-activated glycoprotein 1 receptor

分子量: 17027.002 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TNFRSF4, TXGP1L / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P43489

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5 / 詳細: 0.1m CITRATE, PH5.6, 2% TACSIMATE, 16% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97853 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→77.502 Å / Num. obs: 27927 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.6 % / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.168 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 3.3→3.5 Å / R_merge(I) obs: 1.945 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4370 / CC_1/2: 0.67

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	8.0.002	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2EHY

2ehy
PDB 未公開エントリ

解像度: 3.303→77.502 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.873 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.856 / SU B: 47.584 / SU ML: 0.355 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.598 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2681	1132	5.084 %
R_work	0.1943	21133	-
all	0.198	-	-
obs	-	22265	80.148 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 91.616 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.726 Å²	-1.363 Å²	-0 Å²
2-	-	-2.726 Å²	-0 Å²
3-	-	-	8.842 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.303→77.502 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8016	0	14	2	8032

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.011	8258
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	7066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.593	1.644	11305
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.226	1.548	16577
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.873	5	1068
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	5.72	10	33
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	9.223	10	1201
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	9.566	10	320
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.027	0.2	1277
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	9416
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1577
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.16	0.2	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.162	0.2	7087
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	4118
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	4035
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.11	0.2	178
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.017	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.058	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.07	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.09	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.523	9.802	4293
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.523	9.802	4293
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.38	14.687	5348
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.38	14.688	5349
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.84	9.861	3965
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.839	9.862	3966
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.308	14.762	5955
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.308	14.762	5956
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.563	182.316	30712
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.564	182.32	30712
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	0.683	3	15324

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.303-3.389	0.316	14	0.189	267	0.195	2004	0.965	0.985	14.022	0.189
3.389-3.482	0.282	32	0.24	790	0.242	1941	0.953	0.966	42.3493	0.24
3.482-3.582	0.288	59	0.239	946	0.242	1899	0.947	0.966	52.9226	0.239
3.582-3.692	0.356	65	0.241	1114	0.247	1873	0.903	0.964	62.9471	0.241
3.692-3.813	0.328	67	0.234	1167	0.239	1780	0.928	0.965	69.3258	0.234
3.813-3.947	0.306	61	0.213	1296	0.218	1740	0.937	0.97	77.9885	0.213
3.947-4.095	0.264	85	0.193	1468	0.197	1691	0.952	0.977	91.8391	0.193
4.095-4.262	0.274	89	0.196	1535	0.2	1628	0.953	0.976	99.7543	0.196
4.262-4.451	0.279	75	0.193	1488	0.197	1564	0.952	0.976	99.9361	0.193
4.451-4.667	0.291	78	0.174	1413	0.18	1492	0.943	0.979	99.933	0.174
4.667-4.919	0.209	74	0.157	1366	0.16	1441	0.974	0.984	99.9306	0.157
4.919-5.216	0.221	75	0.145	1281	0.149	1356	0.968	0.987	100	0.145
5.216-5.574	0.248	68	0.147	1219	0.153	1287	0.96	0.984	100	0.147
5.574-6.018	0.241	49	0.177	1156	0.18	1205	0.963	0.979	100	0.177
6.018-6.589	0.328	44	0.176	1067	0.182	1113	0.96	0.978	99.8203	0.176
6.589-7.36	0.225	52	0.16	967	0.163	1019	0.963	0.983	100	0.16
7.36-8.486	0.174	42	0.15	868	0.151	910	0.983	0.986	100	0.15
8.486-10.362	0.162	35	0.148	755	0.149	790	0.984	0.986	100	0.148
10.362-14.524	0.289	45	0.215	588	0.22	633	0.923	0.966	100	0.215
14.524-77.502	0.498	23	0.484	382	0.485	410	0.843	0.767	98.7805	0.484

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1575	0.0523	-0.437	0.3806	0.0066	2.4675	0.0445	0.0126	-0.0824	-0.0075	0.0747	-0.0815	-0.0035	0.1398	-0.1192	0.1243	0.019	-0.0064	0.3442	-0.0705	0.1654	222.9934	-47.9162	30.2886
2	0.4362	0.1134	0.7789	0.841	0.5401	2.2817	0.002	-0.1677	0.0508	-0.0715	0.0458	0.0416	-0.0825	-0.0637	-0.0479	0.1226	-0.0342	0.052	0.2253	0.0377	0.1673	206.1078	-43.6999	25.4957
3	1.036	0.1857	0.2755	2.0958	0.1608	1.5113	-0.057	0.0448	-0.1139	0.13	0.0993	-0.0062	0.1393	0.112	-0.0423	0.1166	0.0642	0.0504	0.1274	0.005	0.1189	206.308	-15.4542	7.9715
4	1.3407	0.6182	0.5817	1.6736	-0.0161	0.318	0.1051	-0.2465	-0.0116	0.2564	-0.0656	0.2105	-0.0102	-0.1534	-0.0395	0.1699	0.0058	0.0707	0.429	-0.0566	0.0749	197.4425	-3.3353	19.4245
5	1.5557	0.2447	0.3136	0.5289	0.0988	0.1073	-0.106	0.4293	0.0048	-0.4301	0.0961	-0.0724	0.0023	0.1219	0.0099	0.4808	-0.0366	0.0423	0.3808	0.0265	0.2212	224.6154	-49.9835	-13.4869
6	2.3191	-0.6396	-0.8261	3.3902	0.4472	0.3235	-0.4017	-0.1028	0.2655	0.6995	0.428	0.2755	0.1568	0.0972	-0.0263	0.3192	-0.0557	-0.0191	0.2153	0.0786	0.1995	171.8439	-28.9775	-0.2883

精密化 TLSグループ

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新型コロナ情報

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