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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8afv | |||||||||
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タイトル | DaArgC3 - Engineered Formyl Phosphate Reductase with 3 substitutions (S178V, G182V, L233I) | |||||||||
要素 | N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductaseN-アセチル-γ-グルタミルリン酸レダクターゼ | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / formyl phosphate | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 N-アセチル-γ-グルタミルリン酸レダクターゼ / N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase activity / arginine biosynthetic process / NADP+ binding / NAD binding / protein dimerization activity / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Denitrovibrio acetiphilus DSM 12809 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.19 Å | |||||||||
データ登録者 | Pfister, P. / Nattermann, M. / Zarzycki, J. / Erb, T.J. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: N-acetyl-gamma-glutamyl-phosphate reductase of Denitrovibrio acetiphilus 著者: Nattermann, M. / Wenk, S. / Pfister, P. / Guntermann, N. / Nickel, L. / Zarzycki, J. / Francio, G. / Leitner, W. / Bar-Even, A. / Erb, T.J. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8afv.cif.gz | 521.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8afv.ent.gz | 430.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8afv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/8afv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/af/8afv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3dr3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38001.469 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Denitrovibrio acetiphilus DSM 12809 (バクテリア) 株: DSM 12809 / NBRC 114555 / N2460 / 遺伝子: argC, Dacet_0460 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: D4H3H4, N-アセチル-γ-グルタミルリン酸レダクターゼ #2: 化合物 | ChemComp-NA / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.23 % |
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結晶化 | 温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Sodium chloride 0.1 M HEPES pH 7.5 25%(w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: cryostream / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月26日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.19→42.364 Å / Num. obs: 66917 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 29.75 Å2 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.068 / Rsym value: 0.057 / Net I/av σ(I): 8.8 / Net I/σ(I): 13.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3dr3 解像度: 2.19→42.36 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.49 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 134.56 Å2 / Biso mean: 38.5589 Å2 / Biso min: 14.74 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.19→42.36 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -38.4898 Å / Origin y: -1.2472 Å / Origin z: -0.0408 Å
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精密化 TLSグループ |
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