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万見
- PDB-8aep: Reductase domain of the carboxylate reductase of Neurospora crassa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aep
タイトルReductase domain of the carboxylate reductase of Neurospora crassa
要素Acetyl-CoA synthetase-like protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Oxidereductase / Carboxylate reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


Fatty acyl-coenzyme A reductase, NAD-binding domain / Male sterility protein / ANL, N-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site ...Fatty acyl-coenzyme A reductase, NAD-binding domain / Male sterility protein / ANL, N-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetyl-CoA synthetase-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Neurospora crassa (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Daniel, B. / Schrufer, A. / Marlene, L. / Sagmeister, T. / Pavkov-Keller, T.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science Fund オーストリア
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2022
タイトル: Structure of the Reductase Domain of a Fungal Carboxylic Acid Reductase and Its Substrate Scope in Thioester and Aldehyde Reduction.
著者: Daniel, B. / Hashem, C. / Leithold, M. / Sagmeister, T. / Tripp, A. / Stolterfoht-Stock, H. / Messenlehner, J. / Keegan, R. / Winkler, C.K. / Ling, J.G. / Younes, S.H.H. / Oberdorfer, G. / ...著者: Daniel, B. / Hashem, C. / Leithold, M. / Sagmeister, T. / Tripp, A. / Stolterfoht-Stock, H. / Messenlehner, J. / Keegan, R. / Winkler, C.K. / Ling, J.G. / Younes, S.H.H. / Oberdorfer, G. / Abu Bakar, F.D. / Gruber, K. / Pavkov-Keller, T. / Winkler, M.
履歴
登録2022年7月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA synthetase-like protein
B: Acetyl-CoA synthetase-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0686
ポリマ－89,8052
非ポリマー2634
水13,349741
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2960 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area33310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.235, 137.487, 66.513
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.333, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Auth seq-ID: 650 - 1052 / Label seq-ID: 1 - 403

Dom-IDComponent-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
22BB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

#1: タンパク質 Acetyl-CoA synthetase-like protein


分子量: 44902.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neurospora crassa (菌類) / 遺伝子: GE21DRAFT_9612 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0B0DIR3
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 741 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: Crystals were grown by mixing 0.5 microL 0.2 M ammonia sulphate, 0.1 M BisTRIS pH 5.5 and 25 percent PEG 3350 with 0.5 microL 18.00 mg per mL NcCAR R-domain in 50 mM MES buffer pH pH 7.0 ...詳細: Crystals were grown by mixing 0.5 microL 0.2 M ammonia sulphate, 0.1 M BisTRIS pH 5.5 and 25 percent PEG 3350 with 0.5 microL 18.00 mg per mL NcCAR R-domain in 50 mM MES buffer pH pH 7.0 containing 10 mM magnesium chloride, 150 mM sodium chloride and 1 mM DTT. Crystals appeared after 6-9 weeks under vapor batch conditions.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→48.651 Å / Num. obs: 41333 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.191 / Rpim(I) all: 0.171 / Rrim(I) all: 0.257 / Net I/σ(I): 5.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all
8.91-48.653.50.0557320.9950.050.075
2.3-2.383.90.70440590.6360.6310.949

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
REFMAC5.8.0267精密化
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5MSP

5msp


解像度: 2.3→48.651 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 9.074 / SU ML: 0.211 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.366 / ESU R Free: 0.255 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2586 2039 4.937 %
Rwork0.2002 39260 -
all0.203 --
obs-41299 99.614 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 26.121 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.551 Å2-0 Å2-1.231 Å2
2--0.075 Å2-0 Å2
3---0.288 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→48.651 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6206 0 12 741 6959
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0136356
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0155932
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4861.6398636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2671.5813712
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0185788
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.21622.625320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.175151074
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9381538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.027172
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021410
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.21339
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1780.25401
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1560.23059
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0760.22645
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1780.2471
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1530.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1960.211
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2460.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3270.224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4282.5653164
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.4272.5653163
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9153.8353948
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.9153.8353949
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7692.9363192
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7642.9323184
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.6084.264688
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6034.2534676
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.99730.6577382
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.86230.3927240
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0850.0512849
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.085180.05008
12BX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.085180.05008
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.3-2.360.3191540.26829130.2730720.7850.79699.83720.252
2.36-2.4240.3251260.25228200.25529540.80.8399.72920.236
2.424-2.4940.291280.24427340.24628700.8260.84699.72130.227
2.494-2.5710.3381290.22327000.22828340.8250.86899.82360.205
2.571-2.6550.2961360.22626040.2327490.8560.88199.67260.205
2.655-2.7480.2391180.21824960.21926210.8770.88399.73290.199
2.748-2.8510.3061200.20124100.20625410.8560.90299.56710.184
2.851-2.9670.2821420.19122870.19724380.8890.91699.63080.175
2.967-3.0990.2841370.20722010.21123440.8840.91299.7440.194
3.099-3.2490.271940.20421500.20722510.8930.92499.6890.193
3.249-3.4240.2871190.21120130.21521390.8940.9399.67270.203
3.424-3.6310.2651170.20419170.20820390.9260.93599.75480.197
3.631-3.880.2091190.17517510.17718790.9320.95299.5210.169
3.88-4.1880.218760.16117020.16317880.940.95699.44070.154
4.188-4.5850.192910.14915300.15216370.9480.95899.02260.144
4.585-5.120.186710.1614230.16115050.9480.95699.26910.154
5.12-5.9010.24510.18312390.18512960.9390.95499.5370.175
5.901-7.2010.266510.21210580.21411130.9090.93499.64060.203
7.201-10.0740.259320.1888370.198740.9340.95399.42790.188
10.074-48.6510.19280.2334750.2315100.9570.95198.62740.237

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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