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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ae5 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of human legumain in complex with macrocypin 1a | |||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / cysteine protease / ligase / asparaginyl endopeptidase / AEP / inhibitor / exosite / active site / substrate | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of ERBB signaling pathway / legumain / vacuolar protein processing / renal system process / Vitamin D (calciferol) metabolism / receptor catabolic process / vitamin D metabolic process / self proteolysis / endolysosome lumen / response to acidic pH ...negative regulation of ERBB signaling pathway / legumain / vacuolar protein processing / renal system process / Vitamin D (calciferol) metabolism / receptor catabolic process / vitamin D metabolic process / self proteolysis / endolysosome lumen / response to acidic pH / dendritic spine organization / activation of cysteine-type endopeptidase activity / positive regulation of monocyte chemotaxis / Trafficking and processing of endosomal TLR / positive regulation of endothelial cell chemotaxis / negative regulation of multicellular organism growth / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / cellular response to hepatocyte growth factor stimulus / associative learning / protein maturation / endopeptidase activator activity / MHC class II antigen presentation / cellular response to calcium ion / lysosomal lumen / positive regulation of mitotic cell cycle / proteolysis involved in protein catabolic process / positive regulation of long-term synaptic potentiation / tau protein binding / memory / cellular response to amyloid-beta / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / late endosome / apical part of cell / peptidase activity / negative regulation of neuron apoptotic process / lysosome / cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of gene expression / positive regulation of cell population proliferation / perinuclear region of cytoplasm / proteolysis / extracellular exosome / extracellular region / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Macrolepiota procera (カラカサタケ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.29 Å | |||||||||
データ登録者 | Elamin, T. / Brandstetter, H. / Dall, E. | |||||||||
資金援助 | オーストリア, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022 タイトル: Structural and functional studies of legumain-mycocypin complexes revealed a competitive, exosite-regulated mode of interaction. 著者: Elamin, T. / Santos, N.P. / Briza, P. / Brandstetter, H. / Dall, E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ae5.cif.gz | 436.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ae5.ent.gz | 302.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ae5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8ae5_validation.pdf.gz | 820.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8ae5_full_validation.pdf.gz | 838.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8ae5_validation.xml.gz | 33.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8ae5_validation.cif.gz | 45.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/8ae5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ae/8ae5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ae4C 7o50S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCSアンサンブル:
NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 30133.838 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGMN, PRSC1 / 発現宿主: Leishmania tarentolae (真核生物) / 参照: UniProt: Q99538, legumain #2: タンパク質 | 分子量: 20283.607 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Macrolepiota procera (カラカサタケ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B9V973 |
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-糖 , 2種, 5分子
#3: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#4: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 2種, 85分子
#5: 化合物 | ChemComp-SO4 / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.36 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 1.6 M Ammonium Sulfate, 500 mM LiCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9677 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.28→47.39 Å / Num. obs: 70688 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 11.361 % / Biso Wilson estimate: 74.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rrim(I) all: 0.114 / Χ2: 1.248 / Net I/σ(I): 13.72 / Num. measured all: 803083 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7o50 解像度: 2.29→47.39 Å / SU ML: 0.5016 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 34.4693 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 93.69 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.29→47.39 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 3.23212958042 Å / Origin y: -53.7248821459 Å / Origin z: 3.40439353297 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |