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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8adc | |||||||||
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タイトル | Viral tegument-like DUBs | |||||||||
要素 | Deubiquitinating enzyme | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / DUBs / deubiquitinating enzymes / ubiquitin / tegument | |||||||||
機能・相同性 | Papain-like cysteine peptidase superfamily / membrane / PPM-type phosphatase domain-containing protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Waddlia chondrophila (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換 / 解像度: 1.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Erven, I. / Abraham, E.T. / Hermanns, T. / Baumann, U. / Hofmann, K. | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: A widely distributed family of eukaryotic and bacterial deubiquitinases related to herpesviral large tegument proteins. 著者: Erven, I. / Abraham, E. / Hermanns, T. / Baumann, U. / Hofmann, K. #1: ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: A structural basis for the diverse linkage specificities within the ZUFSP deubiquitinase family. 著者: Hermanns, T. / Pichlo, C. / Baumann, U. / Hofmann, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8adc.cif.gz | 298.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8adc.ent.gz | 207.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8adc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8adc_validation.pdf.gz | 437.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8adc_full_validation.pdf.gz | 443.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8adc_validation.xml.gz | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8adc_validation.cif.gz | 27.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/8adc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/8adc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8adbC 8addC C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.934260764915, 0.00337908583771, 0.356574543285), (0.00444118042566, -0.999987805235, -0.00215992982546), (0.356562896354, 0.00360154957283, -0.934264378955) ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.934260764915, 0.00337908583771, 0.356574543285), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24281.262 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Waddlia chondrophila (バクテリア) 株: ATCC VR-1470 / WSU 86-1044 / 遺伝子: wcw_1294 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) pLysS / 参照: UniProt: D6YWY5 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.48 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M BisTris pH 5.5, 25 % w/v PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月24日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→80 Å / Num. obs: 81659 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 25.86 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Rrim(I) all: 0.08 / Net I/σ(I): 8.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 1.18 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 13147 / CC1/2: 0.535 / Rrim(I) all: 1.41 / % possible all: 98.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単一同系置換 / 解像度: 1.7→51.06 Å / SU ML: 0.2741 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.2442 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→51.06 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.622424792894 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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