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- PDB-8ad9: Crystal structure of ClpC2 C-terminal domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ad9
タイトルCrystal structure of ClpC2 C-terminal domain
要素
  • Cyclomarin A
  • Putative ATP-dependent protease ATP-binding subunit ClpC2
キーワードDNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / ClpC2 / CymA / C-terminal domain (C末端) / Transcription factor (転写因子)
機能・相同性Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp repeat (R) domain profile. / Clp, repeat (R) domain / Clp, N-terminal domain superfamily / 細胞質基質 / : / 酢酸塩 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein Rv2667
機能・相同性情報
生物種Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Taylor, G. / Cui, H.J. / Leodolter, J. / Giese, C. / Weber-Ban, E.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: ClpC2 protects mycobacteria against a natural antibiotic targeting ClpC1-dependent protein degradation.
著者: Taylor, G. / Cui, H. / Leodolter, J. / Giese, C. / Weber-Ban, E.
履歴
登録2022年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative ATP-dependent protease ATP-binding subunit ClpC2
B: Putative ATP-dependent protease ATP-binding subunit ClpC2
C: Cyclomarin A
D: Cyclomarin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,68416
ポリマ－36,6874
非ポリマー99712
水3,981221
1
A: Putative ATP-dependent protease ATP-binding subunit ClpC2
D: Cyclomarin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8598
ポリマ－18,3442
非ポリマー5156
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area7700 Å2
手法PISA
2
B: Putative ATP-dependent protease ATP-binding subunit ClpC2
C: Cyclomarin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8258
ポリマ－18,3442
非ポリマー4816
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area8880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.582, 40.455, 59.741
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.470, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質 Putative ATP-dependent protease ATP-binding subunit ClpC2 / ClpC2 / Rv2667


分子量: 17282.355 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The N-terminal SENLYF sequence is from the TEV recognition site.
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv2667, MTCY441.36 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P9WPC7
#2: タンパク質・ペプチド Cyclomarin A


タイプ: Peptide-likeペプチド / クラス: 抗生剤抗生物質, Antimicrobial / 分子量: 1061.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: BIRD: PRD_002419

-
非ポリマー , 5種, 233分子

#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル / ジエチレングリコール


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 221 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.96 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM C2H3NaO2 pH 4.5, 30 % (w/v) PEG 8K, 200 mM LiSO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→38.67 Å / Num. obs: 57672 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 21.96 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.024 / Rrim(I) all: 0.062 / Net I/σ(I): 14.9 / Num. measured all: 393155 / Scaling rejects: 44
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.43-1.456.60.9241878528430.7620.3841.0032.197.9
7.83-38.675.50.05821203850.990.0280.06533.898.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.19_4092精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3WDC

3wdc


解像度: 1.43→38.67 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2109 2842 4.93 %
Rwork0.1801 54813 -
obs0.1817 57655 98.47 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76.68 Å2 / Biso mean: 28.9576 Å2 / Biso min: 15.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.43→38.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2240 0 209 221 2670
Biso mean--26.54 37.38 -
残基数----299
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.43-1.450.32371460.30692716286298
1.45-1.480.25851370.26052594273195
1.48-1.510.26261180.23032645276396
1.51-1.540.22121270.22127882915100
1.54-1.570.23531470.210127572904100
1.57-1.610.22811330.195827742907100
1.61-1.650.21681360.19562736287299
1.65-1.70.22271390.190827692908100
1.7-1.750.2081420.19427492891100
1.75-1.80.22641630.200627602923100
1.8-1.870.19131520.181127392891100
1.87-1.940.16751490.18242707285698
1.94-2.030.19711260.18222615274194
2.03-2.140.21661380.19242777291599
2.14-2.270.23171300.17827992929100
2.27-2.450.22761520.18227632915100
2.45-2.690.20111430.19342774291799
2.69-3.080.18271350.18522784291999
3.08-3.880.18541350.16382711284696
3.88-38.670.22921940.161528563050100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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