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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ad7 | ||||||
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タイトル | Flavin-dependent tryptophan 6-halogenase Thal in complex with D-Trp | ||||||
要素 | Tryptophan 6-halogenase | ||||||
キーワード | FLAVOPROTEIN (フラボタンパク質) / halogenase / ThdH / D-amino acid / D-Trp unnatural substrate / tryptophan halogenase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces albogriseolus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å | ||||||
データ登録者 | Moritzer, A.C. / Niemann, H.H. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2023 タイトル: Enzymatic Late-Stage Halogenation of Peptides. 著者: Schnepel, C. / Moritzer, A.C. / Gafe, S. / Montua, N. / Minges, H. / Niess, A. / Niemann, H.H. / Sewald, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ad7.cif.gz | 226.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ad7.ent.gz | 180.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ad7.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/8ad7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/8ad7 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8ad8C 6h43S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
実験データセット #1 | データ参照: 10.15785/SBGRID/951 / データの種類: diffraction image data |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 60276.984 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: N-terminal residues GAMG remain after TEV cleavage of the N-terminal His6-tag 由来: (組換発現) Streptomyces albogriseolus (バクテリア) 遺伝子: thal, thdH / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A1E280 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 化合物 | ChemComp-DTR / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.78 % / 解説: HEXAGONAL PRISM |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2 詳細: RESERVOIR: 0.1 M BICINE PH 8.2, 1.6 M K2HPO4/KH2PO4; PROTEIN CONCENTRATION: ~ 15 MG/ML; PROTEIN BUFFER: 10 MM TRIS PH 7.4, 50 MM NACL, 1 MM TCEP; PROTEIN AND SUBSTRATE D-TRP PREINCUBATED ...詳細: RESERVOIR: 0.1 M BICINE PH 8.2, 1.6 M K2HPO4/KH2PO4; PROTEIN CONCENTRATION: ~ 15 MG/ML; PROTEIN BUFFER: 10 MM TRIS PH 7.4, 50 MM NACL, 1 MM TCEP; PROTEIN AND SUBSTRATE D-TRP PREINCUBATED BEFORE PLATE SET-UP; DROP RATIO: 1:1 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9164 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9164 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.33→50 Å / Num. obs: 66588 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.84 % / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.13 / Net I/σ(I): 14.09 |
反射 シェル | 解像度: 2.33→2.39 Å / 冗長度: 21.05 % / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 4908 / CC1/2: 0.746 / Rrim(I) all: 1.71 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6H43 CHAINA 解像度: 2.33→49.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 8.301 / SU ML: 0.188 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.251 / ESU R Free: 0.208 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THEIR RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 70.03 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.33→49.8 Å
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拘束条件 |
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