PDB-8ad6: Structure of DarB bound to c-di-AMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ad6

タイトル

Structure of DarB bound to c-di-AMP

要素

CBS domain-containing protein

キーワード

SIGNALING PROTEIN / c-di-AMP / potassium stress / ppGpp / Rel / stringent factor / CbpB

機能・相同性

CBS domain superfamily / Chem-2BA / CBS domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Garcia-Pino, A. / Talavera, A.

資金援助

ベルギー, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of DarB bound to c-di-AMP
著者: Garcia-Pino, A. / Talavera, A.

履歴

登録	2022年7月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ad6.cif.gz	77.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ad6.ent.gz	55.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ad6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ad6_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ad6_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8ad6_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	8ad6_validation.cif.gz	21.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/8ad6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/8ad6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6yj8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CBS domain-containing protein

B: CBS domain-containing protein

ヘテロ分子

34.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.617, 42.293, 64.974
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	CBS domain-containing protein / Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase 分子量: 16653.346 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) 遺伝子: B4417_3749, Bateq7PJ16_1575, C6Y43_13715, FAL52_03995 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A164SLA6
#2: 化合物	ChemComp-2BA / (2R,3R,3aS,5R,7aR,9R,10R,10aS,12R,14aR)-2,9-bis(6-amino-9H-purin-9-yl)octahydro-2H,7H-difuro[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9,2,8 ]tetraoxadiphosphacyclododecine-3,5,10,12-tetrol 5,12-dioxide / bis-(3',5')-cyclic-dimeric-Adenosine-monophosphate / c-di-AMP 分子量: 658.412 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₂₄N₁₀O₁₂P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.54 %
結晶化	温度: 293.16 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.2 M Lithium sulfate 0.1 M MES 6.0 20 % w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年4月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→52.81 Å / Num. obs: 40317 / % possible obs: 88 % / 冗長度: 7.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.021 / Net I/σ(I): 19.2
反射シェル	解像度: 1.52→1.57 Å / Num. unique obs: 998 / CC_1/2: 0.826 / R_pim(I) all: 0.251

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1-4487	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6YJ8

6yj8

解像度: 1.52→52.81 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.194	-	-
R_work	0.174	-	-
obs	-	40317	88 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.73 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→52.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2156	0	88	271	2515

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0063	2332
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9215	3185
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0636	377
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0055	451
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.7727	918

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)