PDB-8ad3: X-ray structure of NqrF(129-408)of Vibrio cholerae variant F406A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ad3

タイトル

X-ray structure of NqrF(129-408)of Vibrio cholerae variant F406A

要素

Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F

キーワード

FLAVOPROTEIN / FAD / Na+-NQR / NADH ubiquinone oxido reducatase

機能・相同性

機能・相同性情報

NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting) / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / sodium ion transport / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Fritz, G.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2023
タイトル: Conformational coupling of redox-driven Na-translocation in Vibrio cholerae NADH:quinone oxidoreductase.
著者: Jann-Louis Hau / Susann Kaltwasser / Valentin Muras / Marco S Casutt / Georg Vohl / Björn Claußen / Wojtek Steffen / Alexander Leitner / Eckhard Bill / George E Cutsail / Serena DeBeer / ...
要旨: In the respiratory chain, NADH oxidation is coupled to ion translocation across the membrane to build up an electrochemical gradient. In the human pathogen Vibrio cholerae, the sodium-pumping NADH: ...

履歴

登録	2022年7月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

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PDB形式	pdb8ad3.ent.gz	198.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/8ad3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ad/8ad3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	15088C 15089C 15090C 15091C 15092C 15093C 8a1tC 8a1uC 8a1vC 8a1wC 8a1xC 8a1yC 8acwC 8acyC 8ad4C 8ad5C 4u9uS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (5)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (4)
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一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (2)
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類似性 (5)
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クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
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ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
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酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
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アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (4)

登録構造単位

A: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F

B: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F

ヘテロ分子

65.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
32.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.7 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	73.540, 89.490, 89.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Na(+)-translocating NADH-quinone reductase subunit F / NQR complex subunit F / NQR-1 subunit F 分子量: 31940.084 Da / 分子数: 2 / 変異: F406A / 由来タイプ: 組換発現詳細: Residues 129-408 of subunit NqrF. Residues GP are residual after cleavage of N-terminal His-tag. 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: nqrF, ERS013200_03807 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: A0A656ARB0, NADH:ubiquinone reductase (Na+-transporting)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 446 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.69 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M citrate, 0.2 M MgAcetate, 22-27% PEG5000MME

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.55→47.98 Å / Num. obs: 86118 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.682 % / B_iso Wilson estimate: 23.75 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.077 / R_rim(I) all: 0.083 / Χ²: 0.856 / Net I/σ(I): 12.87 / Num. measured all: 661586 / Scaling rejects: 126

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.55-1.65	7.535	1.61	1.3	108387	14557	14385	0.593	1.729	98.8
1.65-1.8	7.714	0.874	2.59	125717	16313	16297	0.846	0.937	99.9
1.8-2	7.933	0.337	6.34	117564	14840	14819	0.973	0.361	99.9
2-3	7.725	0.094	17.34	218408	28282	28273	0.997	0.101	100
3-4	7.602	0.046	34.49	53399	7026	7024	0.998	0.05	100
4-10	7.191	0.04	41.39	35497	4940	4936	0.998	0.043	99.9
10-12	7.355	0.037	46.48	1140	155	155	0.999	0.04	100
12-47.98	6.437	0.035	42.36	1474	232	229	0.998	0.038	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4U9U

4u9u

解像度: 1.55→47.98 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 22.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2037	4306	5 %
R_work	0.1741	81802	-
obs	0.1756	86108	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 80.28 Å² / B_iso mean: 29.6903 Å² / B_iso min: 14.48 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.55→47.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4461	0	108	446	5015
B_iso mean	-	-	24.41	37.07	-
残基数	-	-	-	-	556

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.55-1.57	0.3606	140	0.3469	2657	2797	97
1.57-1.59	0.292	139	0.2998	2648	2787	100
1.59-1.61	0.3128	143	0.2871	2705	2848	100
1.61-1.63	0.2981	142	0.2737	2715	2857	100
1.63-1.65	0.282	141	0.2669	2665	2806	100
1.65-1.67	0.2761	143	0.25	2712	2855	100
1.67-1.69	0.3241	141	0.2559	2685	2826	100
1.69-1.72	0.3153	143	0.2694	2725	2868	100
1.72-1.75	0.3356	141	0.2899	2674	2815	100
1.75-1.77	0.3017	143	0.2753	2710	2853	100
1.77-1.81	0.3002	143	0.2489	2719	2862	100
1.81-1.84	0.2858	142	0.2148	2709	2851	100
1.84-1.87	0.1968	143	0.2065	2704	2847	100
1.87-1.91	0.2715	142	0.195	2695	2837	100
1.91-1.95	0.2212	143	0.1798	2720	2863	100
1.95-2	0.2147	142	0.1757	2712	2854	100
2-2.05	0.2143	143	0.1793	2703	2846	100
2.05-2.1	0.2054	144	0.1726	2733	2877	100
2.1-2.17	0.1901	141	0.1822	2690	2831	100
2.17-2.24	0.2067	145	0.1735	2750	2895	100
2.24-2.32	0.2074	143	0.1721	2722	2865	100
2.32-2.41	0.2245	144	0.1819	2728	2872	100
2.41-2.52	0.204	144	0.1828	2741	2885	100
2.52-2.65	0.2427	145	0.1818	2754	2899	100
2.65-2.82	0.2142	145	0.1921	2752	2897	100
2.82-3.03	0.2269	145	0.1866	2752	2897	100
3.03-3.34	0.1986	146	0.1666	2781	2927	100
3.34-3.82	0.1787	146	0.1402	2772	2918	100
3.82-4.81	0.1172	148	0.1187	2818	2966	100
4.82-47.98	0.1757	156	0.1483	2951	3107	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4357	-0.1981	0.5531	0.2475	0.3803	0.6123	0.1726	-0.1919	-0.1239	0.0634	-0.1634	-0.0107	0.1104	-0.1444	-0	0.2289	-0.0392	-0.0177	0.2327	-0.0005	0.2027	-14.4738	0.0151	-12.6774
2	1.1418	-0.263	0.0567	0.9362	0.1222	0.3715	0.0664	-0.0411	0.1327	-0.0627	-0.0743	0.0194	-0.0296	-0.0054	0	0.2088	-0.0029	-0.0125	0.1974	-0.0358	0.2067	-20.7701	11.587	-19.2933
3	0.8075	0.2801	0.7314	0.8979	-0.3344	0.7674	0.1558	-0.1402	-0.132	-0.1332	-0.0745	0.0774	0.0468	-0.0563	-0.0007	0.2047	-0.022	-0.0288	0.152	-0.0122	0.1479	-13.4222	-0.436	-18.7615
4	1.3993	0.2969	-0.3231	1.2729	0.0572	0.7298	0.0378	-0.0862	0.1391	-0.0448	-0.0036	-0.0306	0.0327	0.1818	-0	0.1869	0.0177	-0.0003	0.2267	-0.0221	0.1879	2.0085	9.6878	-27.376
5	0.9705	-0.3768	0.0296	0.8412	-0.3902	0.4377	-0.1137	0.3187	-0.38	-0.2649	0.0099	0.3406	0.3573	-0.1609	0.0019	0.3617	0.014	-0.0393	0.3315	-0.0725	0.2177	-3.401	0.7874	-38.4391
6	0.3534	0.0375	0.2402	0.0381	0.0764	0.184	0.1975	-0.0996	0.1074	0.1504	-0.061	0.0727	-0.0421	0.3225	0.0003	0.294	0.0005	0.0278	0.2267	0.0104	0.2069	-4.9578	19.2833	24.8858
7	0.6597	0.0306	-0.5388	0.7758	0.2238	0.3161	0.0428	-0.0615	0.0699	0.2072	-0.0377	-0.1243	-0.122	0.0739	0	0.2319	0.0005	-0.005	0.1975	0.0113	0.2029	-1.0525	16.8086	19.9205
8	1.2289	-0.2911	-0.1756	0.7468	-0.0385	0.4578	0.1575	0.2388	0.1416	-0.0329	-0.0423	0.1351	-0.1876	-0.211	0.0408	0.2389	0.09	0.0527	0.2923	0.0752	0.2361	-15.8446	23.1103	9.9054
9	0.3619	-0.3106	-0.3811	0.6335	0.5303	0.6198	0.0439	0.0844	-0.1571	0.0004	-0.0185	-0.0223	-0.146	-0.0856	-0.0096	0.1686	0.0145	0.0056	0.2013	0.0136	0.1748	-8.3904	14.6322	14.0289
10	0.4382	-0.4412	-0.4335	-0.0058	0.1828	0.8105	0.0742	-0.042	-0.0281	0.019	-0.0146	0.0283	-0.0123	-0.0398	0.0004	0.1984	-0.0058	-0.0045	0.1807	0.0139	0.2244	-4.9073	11.9724	19.019
11	0.0863	-0.0682	-0.2522	0.0788	0.1872	0.6295	0.0461	-0.0179	-0.0422	-0.0094	0.0173	-0.0879	0.0083	0.0742	0	0.1929	0.0078	-0.0236	0.1841	-0.0021	0.2052	8.1842	5.9575	11.1875
12	0.1865	0.091	-0.2777	0.4215	-0.1972	0.298	-0.0363	-0.0412	0.2608	-0.0718	0.0284	-0.0206	-0.3265	-0.0522	0.0002	0.2137	0.0037	-0.0067	0.2278	0.009	0.2348	6.2926	16.1672	3.5281
13	0.4589	0.2937	-0.4041	0.1617	-0.0691	1.4825	0.0277	0.1478	0.0116	-0.1085	0.0514	-0.0542	0.0783	0.0803	-0.0001	0.1854	0.0047	-0.0111	0.1847	-0.0029	0.2042	6.4043	5.9627	-3.9541
14	0.4252	-0.0954	0.2572	0.1636	0.4041	0.6644	0.0117	-0.0393	-0.1794	0.2663	0.0021	0.1358	0.4597	-0.2937	0.0002	0.3393	-0.0502	-0.0228	0.2247	0.0211	0.2833	-0.2992	-5.1585	6.1074

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 128 through 174 )	A	128 - 174
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 175 through 243 )	A	175 - 243
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 244 through 275 )	A	244 - 275
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 276 through 369 )	A	276 - 369
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 370 through 404 )	A	370 - 404
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 128 through 142 )	B	128 - 142
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 143 through 166 )	B	143 - 166
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 167 through 207 )	B	167 - 207
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 208 through 243 )	B	208 - 243
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 244 through 275 )	B	244 - 275
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 276 through 311 )	B	276 - 311
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 312 through 329 )	B	312 - 329
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 330 through 369 )	B	330 - 369
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 370 through 406 )	B	370 - 406

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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