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- PDB-8ad2: Tobacco lectin Nictaba in complex with triacetylchitotriose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ad2
タイトルTobacco lectin Nictaba in complex with triacetylchitotriose
要素Nictaba
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin / jelly-roll / NAG-binding / secreted / nuclear
機能・相同性Phloem protein 2-like / Phloem protein 2 / metal ion binding / triacetyl-beta-chitotriose / Nictaba
機能・相同性情報
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bloch, Y. / Savvides, S.N.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Research Foundation - Flanders (FWO)12S0519N ベルギー
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: The crystal structure of the archetypical Nictaba plant lectin reveals the molecular basis for its carbohydrate-binding properties
著者: Bloch, Y. / Da Silva Osterne, V.J. / Savvides, S.N. / Van Damme, E.J.M.
履歴
登録2022年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年5月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nictaba
B: Nictaba
C: Nictaba
D: Nictaba
E: Nictaba
F: Nictaba
G: Nictaba
H: Nictaba
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,18536
ポリマ－153,1358
非ポリマー4,05028
水12,791710
1
A: Nictaba
B: Nictaba
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,96711
ポリマ－38,2842
非ポリマー1,6839
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Nictaba
D: Nictaba
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7429
ポリマ－38,2842
非ポリマー4587
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
E: Nictaba
F: Nictaba
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,36910
ポリマ－38,2842
非ポリマー1,0858
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
G: Nictaba
H: Nictaba
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,1086
ポリマ－38,2842
非ポリマー8244
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.660, 146.159, 81.908
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.874, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Nictaba / Sam1 / Sam2


分子量: 19141.893 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-terminal Met-Gly and are a cloning scar. / 由来: (組換発現) Nicotiana tabacum (タバコ) / 遺伝子: NT1 / プラスミド: pEt28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 pLysIq / 参照: UniProt: Q94EW1
#2: 多糖
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 阻害剤 / 分子量: 627.594 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: triacetyl-beta-chitotriose
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 710 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.55 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM ZnAc, 100 mM ZnCl2, 100 mM Bis-Tris pH 7.5, 20 % Medium smear. Soaked and cryoprotected in ML supplemented with 5% (v/v) glycerol, 5% (v/v) ethylene glycol , 5% (v/v) DMSO, 1 mM triacetylchitotriose.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年8月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→60.39 Å / Num. obs: 97998 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 4.06 % / Biso Wilson estimate: 32.4 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.132 / Net I/σ(I): 8.01
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 3.62 % / Mean I/σ(I) obs: 1.23 / Num. unique obs: 11697 / CC1/2: 0.51 / Rrim(I) all: 1.109 / % possible all: 69.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
PHASER2.8.3位相決定
XDS20200131データ削減
XDS20200131データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: apo

解像度: 2→54.22 Å / SU ML: 0.2318 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.0929
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2261 2000 2.04 %
Rwork0.1955 95974 -
obs0.1961 97974 93.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 38.86 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→54.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10688 0 196 711 11595
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013111219
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.251315207
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07121675
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00841922
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.33484159
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.3476950.31474589X-RAY DIFFRACTION62.6
2.05-2.110.31781110.2835305X-RAY DIFFRACTION72.69
2.11-2.170.30281300.26916216X-RAY DIFFRACTION85.19
2.17-2.240.30161500.24447215X-RAY DIFFRACTION98.17
2.24-2.320.26371510.23767252X-RAY DIFFRACTION98.76
2.32-2.410.26411520.23217243X-RAY DIFFRACTION98.98
2.41-2.520.27871500.23057232X-RAY DIFFRACTION98.94
2.52-2.650.24851500.21777167X-RAY DIFFRACTION97.64
2.65-2.820.25071520.21457296X-RAY DIFFRACTION99.1
2.82-3.040.24681520.21367307X-RAY DIFFRACTION99.36
3.04-3.340.23651510.18387286X-RAY DIFFRACTION99.28
3.34-3.830.22111520.17047272X-RAY DIFFRACTION99.4
3.83-4.820.16161510.14497295X-RAY DIFFRACTION98.69
4.82-54.220.19331530.18867299X-RAY DIFFRACTION98.18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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