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万見
- PDB-8acz: Solid-State NMR Atomic-Resolution Structure of the Protein Encode... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8acz
タイトルSolid-State NMR Atomic-Resolution Structure of the Protein Encoded by Gene V of fd Bacteriophage in Complex with Viral ssDNA
要素DNA-Binding protein G5P
キーワードDNA BINDING PROTEIN / nucleoprotein complex / ssDNA binding
機能・相同性Bacteriophage M13, G5P, DNA-binding / Helix-destabilising protein / rolling circle single-stranded viral DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA replication / Nucleic acid-binding, OB-fold / DNA-Binding protein G5P
機能・相同性情報
生物種Inoviridae (ウイルス)
手法個体NMR / simulated annealing
データ登録者Shamir, Y. / Goldbourt, A.
資金援助 イスラエル, 1件
組織認可番号国
Israel Science Foundation847/17 イスラエル
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2023
タイトル: Atomic-Resolution Structure of the Protein Encoded by Gene V of fd Bacteriophage in Complex with Viral ssDNA Determined by Magic-Angle Spinning Solid-State NMR.
著者: Shamir, Y. / Goldbourt, A.
履歴
登録2022年7月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月25日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-Binding protein G5P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0971
ポリマ－11,0971
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis, The binding ratio of 4 nucleotides per monomer used for sample preparation of the nucleoprotein complex was verified via gel electrophoresis.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)11 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 DNA-Binding protein G5P / G5P / Single-stranded DNA-binding protein


分子量: 11096.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: isotopically labeled gVp in complex with natural abundance viral ssDNA of fd bacteriophage
由来: (組換発現) Inoviridae (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P69544

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D DARR15ms
121isotropic12D DARR100ms
132isotropic12D DARR50ms
142isotropic12D DARR100ms
152isotropic12D DARR150ms
182isotropic12D CORD150ms
172isotropic12D DARR300ms
162isotropic12D CORD300ms
192isotropic12D DARR300ms #2
1102isotropic12D CHHC150u
1112isotropic12D CHHC300u
1121isotropic12D DARR5ms
1131isotropic12D DARR250ms
1141isotropic12D RFDR6
1151isotropic12D INADEQUATE
1161isotropic13D NCOCX25
1171isotropic13D NCACX25
1182isotropic12D DARR5ms
1192isotropic12D DARR15ms
1202isotropic12D NCA
1212isotropic12D NCO
1222isotropic13D NCOCX100
1232isotropic13D NCACX100

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solid1200 g/L [U-100% 13C; U-100% 15N] gVp of fd bacteriophage in complex with the viral ssDNA, 22 g/L ssDNA of fd phage, 200mM NaCl, 1mM EDTA and 10mM Tris-HClU-13C/15N gVp in complex with fd ssDNA200mM NaCl, 1mM EDTA and 10mM Tris-HCl
solid2200 g/L [1,3-13C]-glycerol gVp of fd bacteriophage in complex with the viral ssDNA, 22 g/L ssDNA of fd phage, 200mM NaCl, 1mM EDTA and 10mM Tris-HCl[1,3-13C]-glycerol-labeled gVp in complex with fd ssDNA200mM NaCl, 1mM EDTA and 10mM Tris-HCl
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
200 g/LgVp of fd bacteriophage in complex with the viral ssDNA[U-100% 13C; U-100% 15N]1
22 g/LssDNA of fd phagenatural abundance1
200 g/LgVp of fd bacteriophage in complex with the viral ssDNA[1,3-13C]-glycerol2
22 g/LssDNA of fd phagenatural abundance2
試料状態イオン強度: 200mM NaCl mM / Label: gvp_sample_conditions / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 263 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
NMRFAM-SPARKY1.47Lee W, Tonelli M, Markley JL.chemical shift assignment
NMRFAM-SPARKY1.47Lee W, Tonelli M, Markley JL.peak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 11

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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