PDB-8acv: WelO5* bound to Zn(II), Cl, and 2-oxoglutarate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8acv

タイトル

WelO5* bound to Zn(II), Cl, and 2-oxoglutarate

要素

Oxidoreductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / WelO5* 2-oxoglutarate-dependent halogenase

機能・相同性

ACETATE ION / 2-OXOGLUTARIC ACID / Oxidoreductase

機能・相同性情報

生物種

Hapalosiphon welwitschii UH IC-52-3 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Buller, R. / Hueppi, S. / Voss, M. / Hayashi, T.

資金援助

スイス, 1件

引用

ジャーナル: Chemcatchem / 年: 2022
タイトル: Enzyme engineering enables inversion of substrate stereopreference of the halogenase WelO5*
著者: Voss, M. / Huppi, S. / Schaub, D. / Hayashi, T. / Ligibel, M. / Sager, E. / Schroer, K. / Snajdrova, R. / Buller, R.M.U.

履歴

登録	2022年7月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8acv.cif.gz	239.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8acv.ent.gz	193.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8acv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8acv_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8acv_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	8acv_validation.xml.gz	21.8 KB	表示
CIF形式データ	8acv_validation.cif.gz	29.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/8acv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/8acv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8autC 5iqsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #240 - 2019年12月低酸素誘導因子 (Hypoxia-Inducible Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Oxidoreductase

B: Oxidoreductase

ヘテロ分子

70.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Oxidoreductase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
35.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.321, 83.097, 144.318
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.73, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-432- HOH

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Oxidoreductase 分子量: 34611.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hapalosiphon welwitschii UH IC-52-3 (バクテリア) 遺伝子: welO15 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A075X7C6

-
非ポリマー , 6種, 77分子

#2: 化合物	ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.9 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 22.14% PEG-4000, 30 mM sodium acetate pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.000002 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.000002 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.26→47.77 Å / Num. obs: 25004 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 5.4 % / B_iso Wilson estimate: 58.09 Å² / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.1
反射シェル	解像度: 2.269→2.281 Å / Num. unique obs: 2283 / R_rim(I) all: 0.174

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5IQS

5iqs

解像度: 2.26→47.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU R Cruickshank DPI: 0.373 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.344 / SU R_free Blow DPI: 0.222 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.23

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.236	1229	5 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
obs	0.197	24576	98.3 %	-

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.4154 Å²	0 Å²	0.1144 Å²
2-	-	-21.0632 Å²	0 Å²
3-	-	-	27.4786 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.34 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.26→47.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4399	0	72	61	4532

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	4573	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.03	6183	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1569	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		789	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4573	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		1	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	2.51
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	19.01
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		578	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		5370	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.26→2.28 Å / Total num. of bins used: 50

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.5026	-	4.88 %
R_work	0.4279	468	-
all	0.4317	492	-
obs	-	-	88.16 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5033	0.5484	1.5138	1.2937	0.2279	7.6369	0.0932	0.0355	0.263	-0.0468	-0.1024	-0.1178	-0.2676	0.066	0.0092	-0.1703	-0.0315	0.0362	-0.319	-0.012	-0.1113	9.2706	-2.4269	18.0941
2	3.4487	0.4746	-0.0439	1.211	-0.4845	4.6651	-0.0756	-0.6599	-0.163	-0.0719	0.0812	-0.0154	0.3628	-0.2847	-0.0056	-0.1882	-0.1035	-0.0225	0.4454	0.0464	-0.3621	1.1581	-17.4664	54.0418

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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