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万見
- PDB-8acs: Crystal structure of FMO from Janthinobacterium svalbardensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8acs
タイトルCrystal structure of FMO from Janthinobacterium svalbardensis
要素FAD-dependent oxidoreductase
キーワードFLAVOPROTEIN / Flavin Monooxygenase / Type II Flavin Monooxygenase / Rossmann fold / FAD / NADH / NADPH
機能・相同性SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / NTF2-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / FAD-dependent oxidoreductase
機能・相同性情報
生物種Janthinobacterium svalbardensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Polidori, N. / Galuska, P. / Gruber, K.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号国
Austrian Science FundDOC-46 オーストリア
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2023
タイトル: A Cold-Active Flavin-Dependent Monooxygenase from Janthinobacterium svalbardensis Unlocks Applications of Baeyer-Villiger Monooxygenases at Low Temperature.
著者: Chanique, A.M. / Polidori, N. / Sovic, L. / Kracher, D. / Assil-Companioni, L. / Galuska, P. / Parra, L.P. / Gruber, K. / Kourist, R.
履歴
登録2022年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年4月5日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FAD-dependent oxidoreductase
B: FAD-dependent oxidoreductase
C: FAD-dependent oxidoreductase
D: FAD-dependent oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)278,49124
ポリマ－273,8054
非ポリマー4,68620
水4,089227
1
A: FAD-dependent oxidoreductase
C: FAD-dependent oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,33013
ポリマ－136,9022
非ポリマー2,42811
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: FAD-dependent oxidoreductase
D: FAD-dependent oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,16011
ポリマ－136,9022
非ポリマー2,2589
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)142.302, 316.361, 65.647
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 6 through 134 or resid 136...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 6 through 134 or resid 136...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 6 through 134 or resid 136...
d_4ens_1(chain "D" and (resid 6 through 134 or resid 136...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ASNGLYA2 - 130
d_12ens_1ARGALAA132 - 136
d_13ens_1SERLEUA145 - 211
d_14ens_1ASPLEUA213 - 251
d_15ens_1TYRLEUA253 - 370
d_16ens_1ASPLEUA372 - 443
d_17ens_1METSERA445 - 598
d_18ens_1FADFADB
d_21ens_1ASNGLYF1 - 129
d_22ens_1ARGLEUF131 - 202
d_23ens_1ASPLEUF204 - 242
d_24ens_1TYRLEUF244 - 361
d_25ens_1ASPLEUF363 - 434
d_26ens_1METSERF436 - 589
d_27ens_1FADFADG
d_31ens_1ASNGLYM1 - 129
d_32ens_1ARGALAM131 - 135
d_33ens_1SERLEUM138 - 204
d_34ens_1ASPLEUM206 - 244
d_35ens_1TYRLEUM246 - 363
d_36ens_1ASPLEUM365 - 436
d_37ens_1METSERM438 - 591
d_38ens_1FADFADN
d_41ens_1ASNGLYT1 - 129
d_42ens_1ARGALAT131 - 135
d_43ens_1SERLEUT144 - 210
d_44ens_1ASPLEUT212 - 250
d_45ens_1TYRLEUT252 - 369
d_46ens_1ASPLEUT371 - 442
d_47ens_1METSERT444 - 597
d_48ens_1FADFADU

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.491575078935, 0.658330887702, -0.570047703327), (0.656230636832, 0.710355191252, 0.254473679473), (0.572464228624, -0.248989848305, -0.781209806894)116.602138816, 41.4578619522, 39.6270446864
2given(0.512047815977, -0.621516782817, 0.592894529263), (-0.62538976756, -0.742916384001, -0.238668986285), (0.588807840288, -0.248580238675, -0.769098948222)-47.382998634, -46.7084654797, 71.7369436926
3given(-0.999415457284, -0.0340613560266, -0.00292707484417), (0.0340889769712, -0.999369064279, -0.00997070770099), (-0.00258561222325, -0.0100646603834, 0.999946007153)67.8819028756, -2.11860425411, -32.8996928288

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要素

#1: タンパク質
FAD-dependent oxidoreductase


分子量: 68451.203 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Janthinobacterium svalbardensis (バクテリア)
遺伝子: CNX70_19775 / プラスミド: pET-28a(+)-TEV / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A290WZ30
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.42 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Crystallophore LuXo4, 14% PEG 8000, 17.5% Glycerol, 100 mM BIS-TRIS buffer (pH 6.5).
Temp details: The crystals were grown inside a cold room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, DESY / ビームライン: P11 / 波長: 1.34024 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月5日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.34024 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 92245 / % possible obs: 88.98 % / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 45.8 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.09469 / Rpim(I) all: 0.02649 / Rrim(I) all: 0.09841 / Net I/σ(I): 20.01
反射 シェル解像度: 2.5→2.591 Å / 冗長度: 13.5 % / Rmerge(I) obs: 0.7708 / Num. unique obs: 10156 / CC1/2: 0.922 / CC star: 0.98 / Rpim(I) all: 0.2143 / Rrim(I) all: 0.8006 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
autoPROCdata processing
XDSデータ削減
PHENIX19精密化
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AF-Model

解像度: 2.5→49.44 Å / SU ML: 0.3672 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.3254
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2289 4607 5 %
Rwork0.182 87565 -
obs0.1844 92172 89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→49.44 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18467 0 313 227 19007
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009119292
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.055726151
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05722753
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00883358
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.88766979
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.678445978358
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.626037626729
ens_1d_4AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.889937044935
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.530.38181830.28713193X-RAY DIFFRACTION98.17
2.53-2.560.40521700.26313194X-RAY DIFFRACTION99.79
2.56-2.590.30171570.25923252X-RAY DIFFRACTION99.97
2.59-2.620.3651820.2473251X-RAY DIFFRACTION99.91
2.62-2.640.345860.25721663X-RAY DIFFRACTION96.1
2.7-2.730.29311210.2382661X-RAY DIFFRACTION98.97
2.73-2.770.31511620.22793182X-RAY DIFFRACTION99.49
2.77-2.820.30471550.23863203X-RAY DIFFRACTION98.56
2.82-2.860.29291570.23433178X-RAY DIFFRACTION96.5
2.86-2.910.29421700.23733129X-RAY DIFFRACTION97.4
2.91-2.970.33262000.25653240X-RAY DIFFRACTION99.71
2.97-3.020.33461690.24843220X-RAY DIFFRACTION99.76
3.02-3.080.32051470.23393256X-RAY DIFFRACTION99.68
3.08-3.150.27711710.21613264X-RAY DIFFRACTION99.71
3.15-3.220.24391650.20853230X-RAY DIFFRACTION99.65
3.22-3.30.25141850.20333252X-RAY DIFFRACTION99.97
3.31-3.390.29411710.22073254X-RAY DIFFRACTION99.48
3.39-3.490.2757660.22091225X-RAY DIFFRACTION37.62
3.49-3.610.25881620.21743275X-RAY DIFFRACTION99.88
3.61-3.740.2471970.20221770X-RAY DIFFRACTION53.99
3.74-3.870.21281460.16943008X-RAY DIFFRACTION99.43
3.93-4.060.22011380.15572347X-RAY DIFFRACTION99.24
4.06-4.280.18041860.14753266X-RAY DIFFRACTION100
4.28-4.540.17491860.13273284X-RAY DIFFRACTION99.94
4.54-4.890.16151690.12513354X-RAY DIFFRACTION100
4.89-5.390.16351690.13223173X-RAY DIFFRACTION95.49
5.39-6.160.18681920.15223289X-RAY DIFFRACTION98.84
6.16-7.760.19731500.16083428X-RAY DIFFRACTION99.94
7.76-49.440.15621950.14223524X-RAY DIFFRACTION98.62

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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