PDB-8acr: Structure of Pseudomonas aeruginosa aminopeptidase, PaAP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8acr

タイトル

Structure of Pseudomonas aeruginosa aminopeptidase, PaAP

要素

Keratinase KP1

キーワード

HYDROLASE / E340A mutant / Full-length

機能・相同性

機能・相同性情報

metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Harding, C.J. / Czekster, C.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: An anti-biofilm cyclic peptide targets a secreted aminopeptidase from P. aeruginosa.
著者: Harding, C.J. / Bischoff, M. / Bergkessel, M. / Czekster, C.M.

履歴

登録	2022年7月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / diffrn_source Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8acr.cif.gz	204.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8acr.ent.gz	160.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8acr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8acr_validation.pdf.gz	326.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8acr_full_validation.pdf.gz	327.1 KB	表示
XML形式データ	8acr_validation.xml.gz	13.8 KB	表示
CIF形式データ	8acr_validation.cif.gz	18.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/8acr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/8acr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ac7SC 8ac9C 8acgC 8ackC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Keratinase KP1

ヘテロ分子

55.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.017, 90.642, 129.718
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P22₁2₁

#1: タンパク質	Keratinase KP1 分子量: 54882.883 Da / 分子数: 1 / 変異: E340A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Truncation construct / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E3ULB5
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.04 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M MMT (DL-Malic acid, MES monohydrate, Tris) pH 6.0, 25 % w/v PEG 1500

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I04 / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→52.75 Å / Num. obs: 32511 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / B_iso Wilson estimate: 47.07 Å² / R_pim(I) all: 0.016 / R_rim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 21.7 / Num. measured all: 428078

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.14	11	1	16810	1523	0.164	0.553	96.9
5.7-52.76	11.9	75.4	21409	1794	0.009	0.032	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2	3.8.1	データスケーリング
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
xia2		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8AC7

8ac7

解像度: 2.1→46.017 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	1579	4.87 %
R_work	0.1753	30854	-
obs	0.1775	32433	99.71 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.99 Å² / B_iso mean: 55.3543 Å² / B_iso min: 30 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→46.017 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3681	0	4	194	3879
B_iso mean	-	-	52.85	56.16	-
残基数	-	-	-	-	486

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.1-2.1676	0.3162	157	0.2545	2679	98
2.1676-2.245	0.2687	141	0.2227	2721	100
2.245-2.3349	0.2646	152	0.2105	2792	100
2.3349-2.4412	0.2626	121	0.2067	2800	100
2.4412-2.5699	0.2609	141	0.2145	2772	100
2.5699-2.7309	0.295	135	0.2166	2795	100
2.7309-2.9417	0.261	156	0.2071	2779	100
2.9417-3.2376	0.2351	154	0.2068	2813	100
3.2376-3.706	0.2596	146	0.1846	2810	100
3.706-4.6684	0.1683	141	0.143	2882	100
4.6684-46.017	0.1903	135	0.1476	3011	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4275	-0.0123	0.0079	1.5853	0.4544	0.1169	-0.0941	-0.0995	0.219	0.0356	-0.0582	0.3469	-0.1153	-0.0245	0.0007	0.3476	0.0858	0.0425	0.4081	-0.0399	0.4764	-7.6143	11.3742	21.0858
2	1.2627	-0.0184	0.433	0.6886	-0.6222	0.702	-0.2675	-0.5616	0.0643	0.2684	0.0589	-0.2452	-0.2422	-0.0679	-0.001	0.6989	0.0803	-0.0616	0.6238	-0.0238	0.4796	19.0218	-11.3701	44.8687
3	1.4654	-0.2103	-0.0014	0.2903	0.2134	1.308	0.056	-0.0081	-0.0129	0.2122	0.0668	0.0093	0.2896	0.1124	0.0005	0.4484	0.1113	0.0027	0.3939	-0.0227	0.4131	3.979	-0.3515	20.9714
4	0.6122	-0.3116	-0.1605	0.3058	-0.1769	0.3961	-0.0396	0.1335	-0.4473	0.0829	0.0545	-0.0607	0.0279	0.385	0.0001	0.7108	0.1209	-0.002	0.5487	-0.0354	0.6105	7.214	-12.5937	18.7304

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 36 through 106 )	A	36 - 106
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 107 through 260 )	A	107 - 260
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 261 through 496 )	A	261 - 496
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 497 through 536 )	A	497 - 536

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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