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万見
- PDB-8acr: Structure of Pseudomonas aeruginosa aminopeptidase, PaAP -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8acr
タイトルStructure of Pseudomonas aeruginosa aminopeptidase, PaAP
要素Keratinase KP1
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / E340A mutant / Full-length
機能・相同性
機能・相同性情報


metalloexopeptidase activity / aminopeptidase activity / タンパク質分解
類似検索 - 分子機能
Peptidase M28, SGAP-like / Peptidase M28 family / PA domain superfamily / PA domain / PA domain / Peptidase M28 / Peptidase family M28
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Harding, C.J. / Czekster, C.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: An anti-biofilm cyclic peptide targets a secreted aminopeptidase from P. aeruginosa.
著者: Harding, C.J. / Bischoff, M. / Bergkessel, M. / Czekster, C.M.
履歴
登録2022年7月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / diffrn_source
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Keratinase KP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1025
ポリマ－54,8831
非ポリマー2194
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area420 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area19370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.017, 90.642, 129.718
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Keratinase KP1


分子量: 54882.883 Da / 分子数: 1 / 変異: E340A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Truncation construct / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E3ULB5
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.04 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MMT (DL-Malic acid, MES monohydrate, Tris) pH 6.0, 25 % w/v PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→52.75 Å / Num. obs: 32511 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.2 % / Biso Wilson estimate: 47.07 Å2 / Rpim(I) all: 0.016 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 21.7 / Num. measured all: 428078
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Mean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.1-2.141111681015230.1640.55396.9
5.7-52.7611.975.42140917940.0090.032100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia23.8.1データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8AC7

8ac7


解像度: 2.1→46.017 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 1579 4.87 %
Rwork0.1753 30854 -
obs0.1775 32433 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 116.99 Å2 / Biso mean: 55.3543 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1→46.017 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3681 0 4 194 3879
Biso mean--52.85 56.16 -
残基数----486
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1-2.16760.31621570.2545267998
2.1676-2.2450.26871410.22272721100
2.245-2.33490.26461520.21052792100
2.3349-2.44120.26261210.20672800100
2.4412-2.56990.26091410.21452772100
2.5699-2.73090.2951350.21662795100
2.7309-2.94170.2611560.20712779100
2.9417-3.23760.23511540.20682813100
3.2376-3.7060.25961460.18462810100
3.706-4.66840.16831410.1432882100
4.6684-46.0170.19031350.14763011100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4275-0.01230.00791.58530.45440.1169-0.0941-0.09950.2190.0356-0.05820.3469-0.1153-0.02450.00070.34760.08580.04250.4081-0.03990.4764-7.614311.374221.0858
21.2627-0.01840.4330.6886-0.62220.702-0.2675-0.56160.06430.26840.0589-0.2452-0.2422-0.0679-0.0010.69890.0803-0.06160.6238-0.02380.479619.0218-11.370144.8687
31.4654-0.2103-0.00140.29030.21341.3080.056-0.0081-0.01290.21220.06680.00930.28960.11240.00050.44840.11130.00270.3939-0.02270.41313.979-0.351520.9714
40.6122-0.3116-0.16050.3058-0.17690.3961-0.03960.1335-0.44730.08290.0545-0.06070.02790.3850.00010.71080.1209-0.0020.5487-0.03540.61057.214-12.593718.7304
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 36 through 106 )A36 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 107 through 260 )A107 - 260
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 261 through 496 )A261 - 496
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 497 through 536 )A497 - 536

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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