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- PDB-8acm: Crystal structure of WT p38alpha -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8acm
タイトルCrystal structure of WT p38alpha
要素Mitogen-activated protein kinase 14
キーワードONCOPROTEIN / kinase / enzyme / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / Oxidative Stress Induced Senescence ...p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Myogenesis / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / cartilage condensation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / D-glucose import / p38MAPK cascade / fatty acid oxidation / cellular response to lipoteichoic acid / response to dietary excess / response to muramyl dipeptide / JUN kinase activity / regulation of ossification / MAP kinase activity / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / skeletal muscle tissue development / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / striated muscle cell differentiation / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to muscle stretch / positive regulation of interleukin-12 production / Neutrophil degranulation / placenta development / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of erythrocyte differentiation / DNA damage checkpoint signaling / cellular response to ionizing radiation / positive regulation of D-glucose import / stem cell differentiation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / response to insulin / cell morphogenesis / bone development / cellular response to virus / positive regulation of protein import into nucleus / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / spindle pole / osteoblast differentiation / peptidyl-serine phosphorylation / kinase activity / MAPK cascade / cellular response to tumor necrosis factor / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / protein phosphatase binding / response to lipopolysaccharide / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity / nuclear speck / intracellular signal transduction / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / DNA damage response / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / glutamatergic synapse / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. ...Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SB2 / Mitogen-activated protein kinase 14
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Pous, J. / Baginski, B. / Gonzalez, L. / Macias, M.J. / Nebreda, A.R.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPID2019-109521RB-100 スペイン
La Caixa FoundationBioMedTec VIII - Nebre スペイン
引用ジャーナル: Res Sq
タイトル: Crystal structure of WT p38alpha
著者: Pous, J. / Baginski, B. / Gonzalez, L. / Macias, M.J. / Nebreda, A.R.
履歴
登録2022年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: Mitogen-activated protein kinase 14
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7015
ポリマ－41,2511
非ポリマー4504
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area16700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.320, 75.160, 78.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAP kinase 14 / MAPK 14 / CRK1 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha


分子量: 41251.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mapk14, Crk1, Csbp1, Csbp2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47811, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-SB2 / 4-[5-(4-FLUORO-PHENYL)-2-(4-METHANESULFINYL-PHENYL)-3H-IMIDAZOL-4-YL]-PYRIDINE


分子量: 377.435 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H16FN3OS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1,M HEPES pH 7.5, 25,%w/v PEG 3350 / Temp details: 4 deg C

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Oxford Cryosystems 700 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979257 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月1日 / 詳細: Eliptically bent mirror
放射モノクロメーター: Si(111) channel-cut, cryocooled / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979257 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.14→78.67 Å / Num. obs: 20793 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.14→2.26 Å / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 2973 / % possible all: 93.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
iMOSFLM7.2.2データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
REFMAC5.8.0267精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LOO

4loo


解像度: 2.14→54.345 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 5.481 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.271 / ESU R Free: 0.209 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2441 1053 5.119 %0
Rwork0.2011 19518 --
all0.203 ---
obs-20571 93.556 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.846 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.586 Å2-0 Å2-0 Å2
2---1.654 Å20 Å2
3---2.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.14→54.345 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2724 0 30 142 2896
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0132819
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0152680
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2941.6373828
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1441.5786164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3685335
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.89622.267150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.26115487
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0561518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0570.2362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02650
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1930.2554
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1690.22545
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1580.21364
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0750.21340
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1930.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1770.214
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1750.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1710.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.9314.6581346
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.9324.6551345
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.5546.9761679
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.5536.981680
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.125.0331473
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1195.0321474
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0717.4112149
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.077.4112150
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it7.82154.2273144
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other7.78454.1283126
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.14-2.1960.261650.24515180.24515840.8670.89199.93690.232
2.196-2.2560.311410.26912250.27115750.8920.88780.3810.259
2.256-2.3210.282590.23710290.23915140.8860.91371.86260.227
2.321-2.3920.328540.22714300.23114850.8680.999.93270.214
2.392-2.470.228730.20613320.20714060.9140.92499.92890.196
2.47-2.5570.246720.20613060.20813780.9220.9271000.196
2.557-2.6530.221760.19812630.19913400.9280.93699.92540.192
2.653-2.7610.281640.2179450.22112980.9010.91977.7350.213
2.761-2.8840.252600.19611880.19912480.8970.9341000.196
2.884-3.0240.256600.20411360.20711980.9170.93499.83310.206
3.024-3.1870.27520.19910600.20211120.9050.9361000.203
3.187-3.380.266590.20610050.20910640.9190.9371000.216
3.38-3.6120.231540.28390.20210300.9310.94686.6990.212
3.612-3.90.211410.1927500.1939440.9380.94583.79240.216
3.9-4.270.239460.1827430.1868830.9260.94189.35450.207
4.27-4.770.209430.1627540.1647980.9570.96699.87470.185
4.77-5.5010.206390.1846850.1857240.9660.9651000.216
5.501-6.7210.265420.2255680.2286100.9390.9451000.255
6.721-9.4320.222320.1964610.1984950.9370.95299.5960.235
9.432-54.3450.312210.2172810.2213020.9110.9611000.336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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