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万見
- PDB-8acc: CryoEM structure of sweet potato mild mottle virus VLP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8acc
タイトルCryoEM structure of sweet potato mild mottle virus VLP
要素
  • Polyprotein
  • Single-stranded RNA
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / Plant virus / coat protein / VLP
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Potyvirus coat protein / Potyvirus coat protein / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sweet potato mild mottle virus (ウイルス)
Nicotiana tabacum (タバコ)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Javed, A. / Byrne, B.M. / Ranson, N. / Lomonosoff, G.
資金援助 スペイン, 英国, 4件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2019-105692RB-100 スペイン
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)CEX2019-000902-S スペイン
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R001669/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T004703/1 英国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2023
タイトル: CryoEM and stability analysis of virus-like particles of potyvirus and ipomovirus infecting a common host.
著者: Ornela Chase / Abid Javed / Matthew J Byrne / Eva C Thuenemann / George P Lomonossoff / Neil A Ranson / Juan José López-Moya /
要旨: Sweet potato feathery mottle virus (SPFMV) and Sweet potato mild mottle virus (SPMMV) are members of the genera Potyvirus and Ipomovirus, family Potyviridae, sharing Ipomoea batatas as common host, ...Sweet potato feathery mottle virus (SPFMV) and Sweet potato mild mottle virus (SPMMV) are members of the genera Potyvirus and Ipomovirus, family Potyviridae, sharing Ipomoea batatas as common host, but transmitted, respectively, by aphids and whiteflies. Virions of family members consist of flexuous rods with multiple copies of a single coat protein (CP) surrounding the RNA genome. Here we report the generation of virus-like particles (VLPs) by transient expression of the CPs of SPFMV and SPMMV in the presence of a replicating RNA in Nicotiana benthamiana. Analysis of the purified VLPs by cryo-electron microscopy, gave structures with resolutions of 2.6 and 3.0 Å, respectively, showing a similar left-handed helical arrangement of 8.8 CP subunits per turn with the C-terminus at the inner surface and a binding pocket for the encapsidated ssRNA. Despite their similar architecture, thermal stability studies reveal that SPMMV VLPs are more stable than those of SPFMV.
履歴
登録2022年7月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polyprotein
B: Single-stranded RNA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7692
ポリマ－35,7692
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Polyprotein


分子量: 34282.840 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sweet potato mild mottle virus (ウイルス)
発現宿主: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 参照: UniProt: Q599X9
#2: RNA鎖 Single-stranded RNA


分子量: 1485.872 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Sweet potato mild mottle virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 38 kDa/nm / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Sweet potato mild mottle virus (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE
天然宿主生物種: Ipomoea batatas
ウイルス殻直径: 130 nm
緩衝液pH: 7
緩衝液成分濃度: 50 mM / 名称: Sodium phosphate / 式: NaPO4
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 3ul of sample applied to each grid.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2260
画像スキャンサンプリングサイズ: 14 µm

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.19.2_4158精密化
PHENIX1.19.2_4158精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3.1粒子像選択
2EPU画像取得
4CTFFIND4.1CTF補正
7UCSF Chimeraモデルフィッティング
9RELION3.1初期オイラー角割当
10RELION3.1最終オイラー角割当
11RELION3.1分類
12RELION3.1３次元再構成
13PHENIX1.19モデル精密化
14Cootモデル精密化
15ISOLDEモデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
らせん対称回転角度/サブユニット: 41.29 ° / 軸方向距離/サブユニット: 3.97 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 329573
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 38705 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築B value: 123.7 / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL / Target criteria: Correlation Coefficient
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 55.25 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00191825
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.47792513
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0389303
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0023309
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d6.2353304

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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