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万見
- PDB-8aaq: Crystal structure of the carotenoid-binding protein domain from s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aaq
タイトルCrystal structure of the carotenoid-binding protein domain from silkworm Bombyx mori (BmCBP), CRT-416 form
要素Carotenoid-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / carotenoid-binding protein / carotenoid transport / CBP / STARD / START domain / Bombyx mori
機能・相同性
機能・相同性情報


vesicle tethering to endoplasmic reticulum / endoplasmic reticulum-endosome membrane contact site / cholesterol transport / cholesterol binding / late endosome membrane / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
in StAR and phosphatidylcholine transfer protein / START domain / START domain / START domain profile. / START-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Carotenoid-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Varfolomeeva, L.A. / Slonimskiy, Y.B. / Egorkin, N.A. / Minyaev, M.E. / Faletrov, Y.V. / Boyko, K.M. / Sluchanko, N.N.
資金援助 ロシア, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation075-15-2021-1354 ロシア
Russian Foundation for Basic Research20-54-12018 ロシア
引用ジャーナル: Crystallography Reports / 年: 2022
タイトル: Preparation and Structural Studies of the Silkworm Carotenoid-Binding Protein Complexed with a New Pigment
著者: Varfolomeeva, L.A. / Slonimskiy, Y.B. / Egorkin, N.A. / Minyaev, M.E. / Faletrov, Y.V. / Boyko, K.M. / Sluchanko, N.N.
履歴
登録2022年7月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Carotenoid-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5311
ポリマ－28,5311
非ポリマー00
水2,918162
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.119, 66.445, 120.262
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-352-

HOH

21A-431-

HOH

31A-441-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Carotenoid-binding protein


分子量: 28530.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bombyx mori (カイコ) / 遺伝子: BmCBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8MYA9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.44 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.5 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M BIS-TRIS propane pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54184 Å
検出器タイプ: RIGAKU HyPix-6000HE / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→60.13 Å / Num. obs: 22589 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 7.6 % / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.09 / Net I/σ(I): 17.1 / Num. measured all: 170679 / Scaling rejects: 467
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.844.60.90944879810.5190.4511.0231.671.2
8.99-60.133.70.0277602030.9990.0150.03135.392.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.7データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7ZTQ

7ztq


解像度: 1.8→60.13 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 6.284 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2309 1104 4.9 %RANDOM
Rwork0.1925 ---
obs0.1944 21421 95.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.7 Å2 / Biso mean: 27.049 Å2 / Biso min: 13.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.64 Å20 Å2-0 Å2
2---0.45 Å20 Å2
3----0.19 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→60.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1814 0 0 162 1976
Biso mean---34.04 -
残基数----229
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0121855
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.5441.6382520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4965228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.54121.23797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.20415309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.7121515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1690.2241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.021406
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 51 -
Rwork0.311 1200 -
all-1251 -
obs--73.29 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 16.0941 Å / Origin y: 12.7887 Å / Origin z: -17.2916 Å
111213212223313233
T0.0075 Å20.004 Å20.0067 Å2-0.0055 Å20.0034 Å2--0.0097 Å2
L0.4533 °2-0.0172 °20.1024 °2-0.8796 °2-0.0309 °2--0.8847 °2
S-0.0037 Å °-0.0364 Å °-0.0033 Å °0.0004 Å °-0.0057 Å °0.0493 Å °0.0278 Å °0.0219 Å °0.0095 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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