PDB-8aai: Crystal structure of the PDZ tandem of syntenin in complex with f...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8aai

タイトル

Crystal structure of the PDZ tandem of syntenin in complex with fragment E5

要素

Syntenin-1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / signaling protein cell adhesion PDZ domain syntenin syndecan drug design

機能・相同性

機能・相同性情報

interleukin-5 receptor complex / interleukin-5 receptor binding / positive regulation of extracellular exosome assembly / syndecan binding / Neurofascin interactions / presynapse assembly / neurexin family protein binding / cytoskeletal anchor activity / substrate-dependent cell migration, cell extension / positive regulation of exosomal secretion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.76 Å

データ登録者

Feracci, M. / Barral, K.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery of a PDZ Domain Inhibitor Targeting the Syndecan/Syntenin Protein-Protein Interaction: A Semi-Automated "Hit Identification-to-Optimization" Approach.
著者: Hoffer, L. / Garcia, M. / Leblanc, R. / Feracci, M. / Betzi, S. / Ben Yaala, K. / Daulat, A.M. / Zimmermann, P. / Roche, P. / Barral, K. / Morelli, X.

履歴

登録	2022年7月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8aai.cif.gz	261.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8aai.ent.gz	206.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8aai.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8aai_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8aai_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	8aai_validation.xml.gz	27.9 KB	表示
CIF形式データ	8aai_validation.cif.gz	37.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/8aai ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aa/8aai	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8aakC 8aaoC 8aapC 1n99S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Syntenin-1

B: Syntenin-1

C: Syntenin-1

D: Syntenin-1

ヘテロ分子

73.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Syntenin-1

C: Syntenin-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: fluorescence resonance energy transfer, HTRF
36.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Syntenin-1

D: Syntenin-1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	29.114, 56.130, 102.867
Angle α, β, γ (deg.)	82.710, 83.462, 77.033
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	A
6	3	A
7	4	A
8	4	A
9	5	A
10	5	A
11	6	A
12	6	A

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / End auth comp-ID: ALA / End label comp-ID: ALA / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 111 - 272 / Label seq-ID: 4 - 165

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID
1	1	1
2	1	1
3	2	2
4	2	2
5	3	3
6	3	3
7	4	4
8	4	4
9	5	5
10	5	5
11	6	6
12	6	6

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Syntenin-1 / Melanoma differentiation-associated protein 9 / MDA-9 / Pro-TGF-alpha cytoplasmic domain- ...Melanoma differentiation-associated protein 9 / MDA-9 / Pro-TGF-alpha cytoplasmic domain-interacting protein 18 / TACIP18 / Scaffold protein Pbp1 / Syndecan-binding protein 1 分子量: 18018.688 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SDCBP, MDA9, SYCL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00560
#2: 化合物	ChemComp-LKV / (2~{S})-2-[[(2~{S})-3-methyl-2-(3-oxidanylidene-1~{H}-isoindol-2-yl)butanoyl]amino]propanoic acid 分子量: 304.341 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₀N₂O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.23 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100mM Sodium Acetate 200mM Ammonium acetate 20% PEG 3350 PH範囲: 4.4 - 4.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.76→27.63 Å / Num. obs: 15909 / % possible obs: 97.29 % / 冗長度: 5.27 % / R_merge(I) obs: 0.1388 / R_pim(I) all: 0.08908 / Net I/σ(I): 5.27
反射シェル	解像度: 2.76→2.859 Å / R_merge(I) obs: 0.4417 / Mean I/σ(I) obs: 2.26 / Num. unique obs: 1613 / R_pim(I) all: 0.288 / % possible all: 96.74

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0350	精密化
xia2	XIA2 0.5.337-g4c821dce-dials-1.6	データ削減
DIALS	DIALS 1.6.3-g2108d754-release	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1N99

1n99

解像度: 2.76→27.63 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.895 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.871 / SU B: 26.151 / SU ML: 0.507 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.528 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3171	782	4.942 %
R_work	0.2746	15041	-
all	0.277	-	-
obs	-	15823	98.006 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.548 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	7.622 Å²	-1.163 Å²	-0.676 Å²
2-	-	-2.241 Å²	2.756 Å²
3-	-	-	-5.081 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.76→27.63 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4928	0	88	188	5204

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.012	5092
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	4830
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.737	1.62	6870
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.294	1.583	11271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.24	5	646
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.986	10	28
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.276	10	937
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	11.576	10	209
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.036	0.2	809
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5912
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	912
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.18	0.2	1079
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.177	0.2	4711
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.155	0.2	2538
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	2852
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.103	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.171	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.159	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.104	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.432	5.34	2593
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.432	5.34	2593
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.538	8.005	3240
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.538	8.005	3240
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.142	5.499	2499
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.141	5.5	2498
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.07	8.174	3630
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.07	8.174	3630
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.777	76.721	5582
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.744	76.788	5564
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.114	0.05	4440
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.12	0.05	4494
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.117	0.05	4444
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.131	0.05	4453
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.123	0.05	4406
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.11	0.05	4512

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11424	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11424	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11961	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11961	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11662	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11662	0.0501
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13127	0.05009
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13127	0.05009
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12277	0.0501
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12277	0.0501
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11048	0.0501
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11048	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.76-2.832	0.346	72	0.37	1083	X-RAY DIFFRACTION	96.7337
2.832-2.909	0.299	64	0.34	1112	X-RAY DIFFRACTION	98.2456
2.909-2.993	0.287	49	0.295	1048	X-RAY DIFFRACTION	97.5979
2.993-3.085	0.319	48	0.282	995	X-RAY DIFFRACTION	98.2109
3.085-3.186	0.294	46	0.286	1035	X-RAY DIFFRACTION	98.2727
3.186-3.297	0.289	45	0.275	946	X-RAY DIFFRACTION	97.6355
3.297-3.421	0.389	44	0.243	910	X-RAY DIFFRACTION	98.7578
3.421-3.56	0.27	51	0.248	915	X-RAY DIFFRACTION	96.6
3.56-3.718	0.278	53	0.227	814	X-RAY DIFFRACTION	97.8555
3.718-3.898	0.284	35	0.225	811	X-RAY DIFFRACTION	98.4866
3.898-4.108	0.363	53	0.245	795	X-RAY DIFFRACTION	97.9215
4.108-4.356	0.306	25	0.224	725	X-RAY DIFFRACTION	97.9112
4.356-4.654	0.368	41	0.259	699	X-RAY DIFFRACTION	98.5353
4.654-5.024	0.296	45	0.229	633	X-RAY DIFFRACTION	99.2679
5.024-5.499	0.262	34	0.27	596	X-RAY DIFFRACTION	99.3691
5.499-6.14	0.301	16	0.291	553	X-RAY DIFFRACTION	98.4429
6.14-7.075	0.577	25	0.348	482	X-RAY DIFFRACTION	97.6879
7.075-8.629	0.259	15	0.273	392	X-RAY DIFFRACTION	98.5472
8.629-12.053	0.352	15	0.318	311	X-RAY DIFFRACTION	97.8979
12.053-27.63	0.536	6	0.457	186	X-RAY DIFFRACTION	96.9697

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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