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万見
- PDB-8aa5: Cryo-EM structure of the strand transfer complex of the TnsB tran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aa5
タイトルCryo-EM structure of the strand transfer complex of the TnsB transposase (type V-K CRISPR-associated transposon)
要素
  • LE_PolyA
  • LE_Target
  • RE_PolyA
  • RE_Target
  • Target_1
  • Target_2
  • TnsB
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Transposase / complex / CRISPR / transposition / DNA cleavage / ligation
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Scytonema hofmannii (バクテリア)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Tenjo-Castano, F. / Sofos, N. / Lopez-Mendez, B. / Stutzke, L.S. / Fuglsang, A. / Stella, S. / Montoya, G.
資金援助 デンマーク, 4件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF0024386 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF14CC0001 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF17SA0030214 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0055061 デンマーク
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structure of the TnsB transposase-DNA complex of type V-K CRISPR-associated transposon.
著者: Francisco Tenjo-Castaño / Nicholas Sofos / Blanca López-Méndez / Luisa S Stutzke / Anders Fuglsang / Stefano Stella / Guillermo Montoya /
要旨: CRISPR-associated transposons (CASTs) are mobile genetic elements that co-opted CRISPR-Cas systems for RNA-guided transposition. Here we present the 2.4 Å cryo-EM structure of the Scytonema ...CRISPR-associated transposons (CASTs) are mobile genetic elements that co-opted CRISPR-Cas systems for RNA-guided transposition. Here we present the 2.4 Å cryo-EM structure of the Scytonema hofmannii (sh) TnsB transposase from Type V-K CAST, bound to the strand transfer DNA. The strand transfer complex displays an intertwined pseudo-symmetrical architecture. Two protomers involved in strand transfer display a catalytically competent active site composed by DDE residues, while other two, which play a key structural role, show active sites where the catalytic residues are not properly positioned for phosphodiester hydrolysis. Transposon end recognition is accomplished by the NTD1/2 helical domains. A singular in trans association of NTD1 domains of the catalytically competent subunits with the inactive DDE domains reinforces the assembly. Collectively, the structural features suggest that catalysis is coupled to protein-DNA assembly to secure proper DNA integration. DNA binding residue mutants reveal that lack of specificity decreases activity, but it could increase transposition in some cases. Our structure sheds light on the strand transfer reaction of DDE transposases and offers new insights into CAST transposition.
履歴
登録2022年6月30日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AP1: TnsB
BP1: TnsB
CP1: TnsB
DP1: TnsB
I: RE_Target
J: RE_PolyA
K: Target_1
L: LE_Target
M: LE_PolyA
N: Target_2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)376,63810
ポリマ－376,63810
非ポリマー00
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: light scattering, SEC-MALS, 電子顕微鏡法, isothermal titration calorimetry, native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA鎖 , 6種, 6分子 IJKLMN

#2: DNA鎖 RE_Target


分子量: 24402.717 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Scytonema hofmannii (バクテリア)
#3: DNA鎖 RE_PolyA


分子量: 22876.809 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Scytonema hofmannii (バクテリア)
#4: DNA鎖 Target_1


分子量: 4559.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Scytonema hofmannii (バクテリア)
#5: DNA鎖 LE_Target


分子量: 24634.830 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Scytonema hofmannii (バクテリア)
#6: DNA鎖 LE_PolyA


分子量: 23238.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Scytonema hofmannii (バクテリア)
#7: DNA鎖 Target_2


分子量: 4546.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Scytonema hofmannii (バクテリア)

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タンパク質 / 非ポリマー , 2種, 6分子 AP1BP1CP1DP1

#1: タンパク質
TnsB


分子量: 68094.609 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Scytonema hofmannii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Ternary complex of ShTnsB transposase with Strand Transfer Complex DNA.
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#7 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.359 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Scytonema hofmannii (バクテリア)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1300 mMsodium chlorideNaCl1
250 mM2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acidHEPES1
35 mMmagnesium chlorideMgCl21
41 mMTris(2-carboxyethyl)phosphineTCEP1
試料濃度: 3.8 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 96000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 40 sec. / 電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4728

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARC3.3.2粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARC3.3.2CTF補正
7UCSF ChimeraXモデルフィッティング
8Coot0.9.6モデルフィッティング
10PHENIXモデル精密化
11cryoSPARC3.3.2初期オイラー角割当
12cryoSPARC3.3.2最終オイラー角割当
13cryoSPARC3.3.2分類
14cryoSPARC3.3.2３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 9646000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 208000 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 50.8 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.003616164
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.573722599
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03762500
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00432328
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d24.19443370

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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