PDB-8a9x: Crystal structure of PulM C-ter domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a9x

タイトル

Crystal structure of PulM C-ter domain

要素

Type II secretion system protein M

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Type II Secretion System / Assembly platform / Klebsiella oxytoca / Ferredoxine-like domain

機能・相同性

General secretion pathway protein M, EpsM / Gyrase A; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / :

機能・相同性情報

生物種

Klebsiella oxytoca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.523 Å

データ登録者

Dazzoni, R. / Li, Y. / Lopez-Castilla, A. / Brier, S. / Mechaly, A. / Cordier, F. / Haouz, A. / Nilges, M. / Francetic, O. / Bardiaux, B. / Izadi-Pruneyre, N.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structure and dynamic association of an assembly platform subcomplex of the bacterial type II secretion system.
著者: Dazzoni, R. / Li, Y. / Lopez-Castilla, A. / Brier, S. / Mechaly, A. / Cordier, F. / Haouz, A. / Nilges, M. / Francetic, O. / Bardiaux, B. / Izadi-Pruneyre, N.

履歴

登録	2022年6月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年1月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年2月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.2	2023年4月12日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a9x.cif.gz	220.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a9x.ent.gz	179.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a9x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8a9x_validation.pdf.gz	465.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a9x_full_validation.pdf.gz	469.7 KB	表示
XML形式データ	8a9x_validation.xml.gz	26.7 KB	表示
CIF形式データ	8a9x_validation.cif.gz	39.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/8a9x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/8a9x	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ze0C 8a9wC 8ab1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#211 - 2017年7月線毛機械 (Pilus Machine) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Type II secretion system protein M

B: Type II secretion system protein M

C: Type II secretion system protein M

D: Type II secretion system protein M

E: Type II secretion system protein M

F: Type II secretion system protein M

G: Type II secretion system protein M

60 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Type II secretion system protein M

C: Type II secretion system protein M

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: NMR relaxation study
17.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Type II secretion system protein M

F: Type II secretion system protein M

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

D: Type II secretion system protein M

E: Type II secretion system protein M

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.1 kDa, 2 ポリマー
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4

G: Type II secretion system protein M

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	80.85, 135.529, 109.408
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 90
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Type II secretion system protein M / T2SS protein M / General secretion pathway protein M 分子量: 8564.783 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: DVB85_16620 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8B2TA77
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 556 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.74 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2 M CaCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→67.76 Å / Num. obs: 91712 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.999 / CC star: 1 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 1.52→1.549 Å / 冗長度: 13.7 % / R_merge(I) obs: 0.951 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique obs: 4530 / CC_1/2: 0.9 / CC star: 0.975 / R_pim(I) all: 0.264 / R_rim(I) all: 0.987 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.4 (8-JUN-2022)	精密化
PHASER		位相決定
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: NMR structure

解像度: 1.523→67.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU R Cruickshank DPI: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.088 / SU R_free Blow DPI: 0.082 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.079

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2305	4685	-	RANDOM
R_work	0.2167	-	-	-
obs	0.2174	91712	100 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.2976 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	4.8442 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.5466 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.523→67.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4124	0	0	556	4680

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.011	4187	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.04	5727	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		1416	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		704	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		4187	HARMONIC	10
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		591	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		4189	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.98
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	15.02

LS精密化シェル

解像度: 1.523→1.53 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2696	98	-
R_work	0.2468	-	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5909	-0.2108	0.0382	0.593	-0.0544	0.1576	-0.0195	-0.059	-0.0228	-0.059	0.0014	0.0059	-0.0228	0.0059	0.0181	-0.0041	0.0105	0.0155	-0.014	-0.0017	-0.0066	7.8282	43.5454	16.562
2	0.9156	-0.3703	0.1984	0	-0.0526	1.147	-0.0016	0.0359	0.0266	0.0359	-0.0336	0.0246	0.0266	0.0246	0.0351	-0.0133	-0.0035	-0.0154	-0.0048	-0.0113	-0.0147	-13.3574	44.2519	0.2762
3	1.1107	-0.6353	-0.0351	1.0142	0.1222	0.4872	-0.0263	0.0158	0.0259	0.0158	-0.0042	-0.0151	0.0259	-0.0151	0.0305	-0.0278	0.0098	0.0145	-0.0236	-0.0107	0.0141	12.3717	24.5395	18.3517
4	1.0396	-0.6489	-0.1945	1.6649	-0.3919	0.2993	-0.0695	0.0596	0.0008	0.0596	0.1281	-0.0319	0.0008	-0.0319	-0.0586	0.0119	0.0241	0.0039	-0.0368	0.0053	-0.0158	23.7251	6.7708	18.9157
5	0.0593	-0.3196	0.1134	0.7169	0.0536	0	0.0273	-0.1055	-0.0328	-0.1055	-0.015	0.0264	-0.0328	0.0264	-0.0124	0.0212	-0.0094	-0.0209	-0.0156	0.0187	-0.01	-2.8779	60.9431	15.3321
6	1.1651	-0.1419	0.3491	2.0144	-0.0663	0.6118	-0.0572	-0.0039	0.02	-0.0039	-0.0267	-0.0484	0.02	-0.0484	0.0839	-0.0356	0.0081	0.0081	0.0098	-0.0116	-0.0088	12.4045	17.5471	-11.693
7	1.8926	0.2551	-1.2683	0	0.1024	0.5382	0.2738	0.0647	0.1383	0.0647	-0.0123	0.1149	0.1383	0.1149	-0.2615	-0.1493	-0.0034	0.081	-0.0317	-0.0335	0.2547	-1.4736	40.486	-17.6112

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }	A	79 - 158
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }	B	81 - 157
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ C\|* }	C	80 - 157
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ D\|* }	D	80 - 158
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ E\|* }	E	80 - 158
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ F\|* }	F	80 - 157
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ G\|* }	G	81 - 158

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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