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- PDB-8a9w: Crystal structure of PulL C-ter domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a9w
タイトルCrystal structure of PulL C-ter domain
要素Type II secretion system protein L
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Type II Secretion System / Assembly platform / Klebsiella oxytoca / Ferredoxin-like domain
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Klebsiella oxytoca (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.895 Å
データ登録者Dazzoni, R. / Li, Y. / Lopez-Castilla, A. / Brier, S. / Mechaly, A. / Cordier, F. / Haouz, A. / Nilges, M. / Francetic, O. / Bardiaux, B. / Izadi-Pruneyre, N.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)19-CE11-0020-01 フランス
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Structure and dynamic association of an assembly platform subcomplex of the bacterial type II secretion system.
著者: Dazzoni, R. / Li, Y. / Lopez-Castilla, A. / Brier, S. / Mechaly, A. / Cordier, F. / Haouz, A. / Nilges, M. / Francetic, O. / Bardiaux, B. / Izadi-Pruneyre, N.
履歴
登録2022年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.year
改定 1.22023年4月12日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type II secretion system protein L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,8813
ポリマ－8,6891
非ポリマー1922
水30617
1
A: Type II secretion system protein L
ヘテロ分子

A: Type II secretion system protein L
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7626
ポリマ－17,3782
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation15_555-x+1/2,y,-z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area8610 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)80.300, 80.300, 80.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 Type II secretion system protein L / T2SS protein L


分子量: 8688.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / 遺伝子: gspL, DVB85_16625 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A8B2T914
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.5 M LiSO4 and 15%w/v PEG 8K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.895→56.781 Å / Num. obs: 7013 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 39.5 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.074 / Net I/σ(I): 30.3
反射 シェル解像度: 1.895→1.927 Å / Rmerge(I) obs: 1.814 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique obs: 356 / CC1/2: 0.782 / Rpim(I) all: 0.291 / Rrim(I) all: 1.837

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PHASER位相決定
Aimlessデータスケーリング
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: NMR structure

解像度: 1.895→56.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 4.681 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.169 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27651 746 10.6 %RANDOM
Rwork0.24076 ---
obs0.24464 6267 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 1 Å / 減衰半径: 1 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 64.178 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.895→56.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数579 0 10 17 606
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.018589
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02588
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2911.894789
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0062.6691336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.734573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.04919.73738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.06715110
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.337159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0750.291
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02662
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it30.8745.564298
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other30.8125.536296
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it33.3918.147369
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other33.4168.145369
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it33.8987.199291
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other33.4877.194284
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other33.3949.913409
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined37.38966.873608
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other37.43366.907607
LS精密化 シェル解像度: 1.895→1.944 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.349 51 -
Rwork0.294 440 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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