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万見
- PDB-8a9q: Computational design of stable mammalian serum albumins for bacte... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a9q
タイトルComputational design of stable mammalian serum albumins for bacterial expression
要素Albuminアルブミン
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / Complex with Warfarin
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME ...cellular response to calcium ion starvation / exogenous protein binding / Ciprofloxacin ADME / enterobactin binding / ヘム / HDL remodeling / negative regulation of mitochondrial depolarization / Prednisone ADME / Heme degradation / Aspirin ADME / antioxidant activity / toxic substance binding / Scavenging of heme from plasma / Recycling of bile acids and salts / cellular response to starvation / platelet alpha granule lumen / fatty acid binding / Post-translational protein phosphorylation / Cytoprotection by HMOX1 / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / pyridoxal phosphate binding / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / blood microparticle / copper ion binding / 小胞体 / ゴルジ体 / 小胞体 / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Serum albumin/Alpha-fetoprotein/Afamin / ALB/AFP/VDB / Serum albumin, N-terminal / Serum albumin, conserved site / Serum albumin-like / Serum albumin family / Albumin domain signature. / Albumin domain profile. / serum albumin
類似検索 - ドメイン・相同性
ラウリン酸 / ミリスチン酸 / R-WARFARIN / アルブミン
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Khersonsky, O. / Dym, O. / Fleishman, J.S.
資金援助 イスラエル, European Union, 2件
組織認可番号国
Israel Science Foundation1844/19 イスラエル
European Research Council (ERC)815379European Union
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2023
タイトル: Stable Mammalian Serum Albumins Designed for Bacterial Expression.
著者: Khersonsky, O. / Goldsmith, M. / Zaretsky, I. / Hamer-Rogotner, S. / Dym, O. / Unger, T. / Yona, M. / Fridmann-Sirkis, Y. / Fleishman, S.J.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Stable mammalian serum albumins designed for bacterial expression
著者: Khersonsky, O. / Goldsmith, M. / Zaretsky, I. / Rogotner, S. / Dym, O. / Unger, T. / Yona, M. / Fleishman, S.J.
履歴
登録2022年6月29日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22023年7月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.title
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.42023年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model / Item: _pdbx_initial_refinement_model.type
改定 1.52024年2月14日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Albumin
B: Albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,87412
ポリマ－133,4592
非ポリマー2,41610
水1,63991
1
A: Albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9516
ポリマ－66,7291
非ポリマー1,2225
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Albumin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9236
ポリマ－66,7291
非ポリマー1,1945
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)38.260, 92.128, 95.553
Angle α, β, γ (deg.)74.35, 89.29, 79.98
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Albumin / アルブミン


分子量: 66729.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Few designed mutations / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ALB, GIG20, GIG42, PRO0903, PRO1708, PRO2044, PRO2619, PRO2675, UNQ696/PRO1341
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02768
#2: 化合物
ChemComp-MYR / MYRISTIC ACID / ミリスチン酸 / ミリスチン酸


分子量: 228.371 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O2
#3: 化合物 ChemComp-RWF / R-WARFARIN / (R)-ワルファリン


分子量: 308.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H16O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸 / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.57 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: .05M NaCl, 10% PEG 4000 and 0.05 Tris pH=8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→46.02 Å / Num. obs: 74409 / % possible obs: 89.1 % / 冗長度: 1.5 % / Biso Wilson estimate: 41.82 Å2 / CC1/2: 0.945 / CC star: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.05816 / Rpim(I) all: 0.05186 / Rrim(I) all: 0.08224 / Net I/σ(I): 18.11
反射 シェル解像度: 2→2.071 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 0.2589 / Num. unique obs: 7010 / CC1/2: 0.86 / Rpim(I) all: 0.2589 / Rrim(I) all: 0.3661 / % possible all: 84.48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6HSC

6hsc


解像度: 2→46.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / SU B: 14.224 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.242 / ESU R Free: 0.206 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27066 3634 4.9 %RANDOM
Rwork0.22031 ---
obs0.2228 70736 89.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.111 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0.03 Å2-0.08 Å2
2--0.69 Å2-0.7 Å2
3----0.97 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→46.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8896 0 172 91 9159
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0139286
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0168612
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9481.66412576
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5251.62219873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.77851164
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.69622.953430
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.088151505
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8071543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21228
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0210404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022002
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8564.0724657
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8534.0714655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.0036.0995820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.0036.0995820
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.4164.4774629
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.4114.4774627
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.1826.5686756
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.59149.25610309
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.59249.25210306
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 225 -
Rwork0.305 4893 -
obs--83.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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