[日本語] English
万見
- PDB-8a9n: Structure of DpA polyamine acetyltransferase in complex with 1,3-DAP -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a9n
タイトルStructure of DpA polyamine acetyltransferase in complex with 1,3-DAP
要素Acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / polyamine acetyltransferase / GNAT / bacterial biofilm formation / Acinetorbacter baumannii
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / membrane
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase, GNAT, predicted / Acetyltransferase (GNAT) family / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-DIAMINOPROPANE / COENZYME A / ~{N}-(3-azanylpropyl)ethanamide / Acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.854 Å
データ登録者Garcia-Pino, A. / Jurenas, D.
資金援助 ベルギー, 1件
組織認可番号国
Fonds National de la Recherche Scientifique (FNRS)T.0090.22 ベルギー
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: A polyamine acetyltransferase regulates the motility and biofilm formation of Acinetobacter baumannii.
著者: Armalyte, J. / Cepauskas, A. / Sakalyte, G. / Martinkus, J. / Skerniskyte, J. / Martens, C. / Suziedeliene, E. / Garcia-Pino, A. / Jurenas, D.
履歴
登録2022年6月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Acetyltransferase
B: Acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,5429
ポリマ－36,6762
非ポリマー1,8667
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8610 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area13800 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.870, 68.080, 55.740
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.12, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Acetyltransferase / Acetyltransferase (GNAT) family protein / Acetyltransferase domain protein / Acetyltransferase / ...Acetyltransferase (GNAT) family protein / Acetyltransferase domain protein / Acetyltransferase / GNAT family / GNAT family N-acetyltransferase / N-acetyltransferase / Putative acetyltransferase


分子量: 18337.783 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: Aba9201_01540, ABR2091_2278, ABUW_1603, ACX61_07190, APC21_20150, APD31_09770, AYR68_11090, B7L45_07990, BAA1790NC_2350, BAA1790NC_2370, BS065_06845, C2U32_07150, C6N18_11935, CBL15_06645, ...遺伝子: Aba9201_01540, ABR2091_2278, ABUW_1603, ACX61_07190, APC21_20150, APD31_09770, AYR68_11090, B7L45_07990, BAA1790NC_2350, BAA1790NC_2370, BS065_06845, C2U32_07150, C6N18_11935, CBL15_06645, CPI82_05975, CSB70_2184, CTZ19_07130, D8O08_013765, DLI71_04685, DLI72_12170, DVA69_08365, E1A87_13275, E2532_16715, E2533_09885, E2534_09490, E2535_09465, E2536_09480, E2538_08415, E2539_09380, E2540_11625, E2541_08395, EA686_20485, EA720_017220, EA722_17035, EGM95_07835, EKS29_07930, EWO96_04140, F2P40_03430, F4T85_15855, FDN00_08240, FE003_07065, FGL68_01250, FJU42_16945, FJU76_02830, GNY86_02530, GSE42_12350, H0529_02675, H1058_07095, HB367_07820, HBK86_10405, IAG11_07575, IMO23_11370, ITE13_15710, NCTC13305_03823, NCTC13421_01499, SAMEA104305318_03080, SAMEA104305340_02732, SAMEA104305385_00035, SI89_01875
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: V5VBK4

-
非ポリマー , 6種, 243分子

#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-LFU / ~{N}-(3-azanylpropyl)ethanamide / N-(3-アミノプロピル)アセトアミド


分子量: 116.162 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12N2O
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-13D / 1,3-DIAMINOPROPANE / 1,3-プロパンジアミン


分子量: 74.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H10N2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.34 %
結晶化温度: 293.16 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M TRIS hydrochloride pH 8.5, 30% w/v Polyethylene glycol 4,000, 0.1 mM acetyl-CoA

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→41.66 Å / Num. obs: 25133 / % possible obs: 97.37 % / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 38.49 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 8.43
反射 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Num. unique obs: 2407 / CC1/2: 0.418 / Rpim(I) all: 0.67

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (3-FEB-2022)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GTP

6gtp


解像度: 1.854→41.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.92 / SU R Cruickshank DPI: 0.177 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.183 / SU Rfree Blow DPI: 0.16 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.158
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2509 1257 5 %RANDOM
Rwork0.2059 ---
obs0.2082 25133 97.6 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.13 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.9274 Å20 Å22.4858 Å2
2---4.8166 Å20 Å2
3---11.744 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.25 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.854→41.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2466 0 117 236 2819
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0082717HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.953690HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d957SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes469HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2717HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.24
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.33
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion344SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2555SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.854→1.87 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.4292 -4.97 %
Rwork0.399 478 -
obs--83.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3649-0.07390.4050.62220.00742.11010.00790.02950.0423-0.0593-0.086-0.03970.09390.09590.0782-0.09320.0122-0.005-0.105-0.00230.0818-5.13445.295621.6224
20.88440.17650.03840.7772-0.24421.76460.0532-0.05680.04790.1198-0.07720.0307-0.0432-0.02360.024-0.0808-0.0145-0.0232-0.10850.00240.0659-5.12188.632647.386
3-0.23440.02890.15790.39930.95652.0845-0.0048-0.07780.0198-0.0189-0.054-0.11360.21640.26340.0588-0.04850.02330.0091-0.0167-0.00440.0944-1.6673-2.500235.8714
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る