PDB-8a9f: Thaumatin, 9-11 fs FEL pulses as determined by XTCAV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a9f

タイトル

Thaumatin, 9-11 fs FEL pulses as determined by XTCAV

要素

Thaumatin-1

キーワード

ANTIFUNGAL PROTEIN / free electron laser / radiation damage / disulfide bond

機能・相同性

機能・相同性情報

cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能

生物種

Thaumatococcus daniellii (植物)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

フーリエ合成 / 解像度: 1.88 Å

データ登録者

Barends, T. / Nass, K. / Gorel, A. / Schlichting, I.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Microcrystallization paper
著者: Gorel, A. / Nass, K. / Barends, T. / Schlichting, I.

履歴

登録	2022年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a9f.cif.gz	65.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a9f.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a9f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/8a9f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/8a9f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5fgtS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#199 - 2016年7月モネリン (Monellin) 類似性 (8) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Thaumatin-1

ヘテロ分子

22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.250, 58.250, 150.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Thaumatin-1 分子量: 22227.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thaumatococcus daniellii (植物) / 参照: UniProt: P02883
#2: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.2 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 7 詳細: 0.8 M NA, K TARTRATE, 0.1 M NA HEPES PH 7.0, BATCH MODE, TEMPERATURE 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.338 Å
検出器	タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.338 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.88→23.12 Å / Num. obs: 21989 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1 % / CC_1/2: 0.955 / CC star: 0.989 / R split: 0.219 / Net I/σ(I): 3.5
反射シェル	解像度: 1.88→1.93 Å / % possible obs: 100 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1053 / CC_1/2: 0.426 / CC star: 0.773 / R split: 0.97
Serial crystallography sample delivery	手法: injection

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 5FGT

5fgt

解像度: 1.88→22.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 3.765 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.115 / ESU R Free: 0.111 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2038	1022	4.663 %
R_work	0.1727	20896	-
all	0.174	-	-
obs	-	21918	90.939 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.826 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.251 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.251 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.502 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.88→22.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1550	0	10	132	1692

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	1415
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.659	1.669	2197
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.42	1.585	3294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	20.12	5.394	216
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.911	21.053	76
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.825	15	240
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	7.723	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.587	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.068	0.2	215
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2059
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	361
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	283
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	1314
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	797
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	812
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.197	0.2	123
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.215	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.208	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.009	2.357	831
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.932	2.353	830
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.959	3.528	1038
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.958	3.534	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.355	2.751	783
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.36	2.754	780
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.209	3.946	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.211	3.947	1156
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.994	28.155	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.806	27.87	1767

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.926-1.981	0.371	74	0.286	1549	X-RAY DIFFRACTION	100
1.981-2.042	0.296	78	0.272	1501	X-RAY DIFFRACTION	100
2.042-2.108	0.288	66	0.248	1469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.108-2.181	0.286	74	0.231	1423	X-RAY DIFFRACTION	100
2.181-2.263	0.2	65	0.207	1383	X-RAY DIFFRACTION	100
2.263-2.354	0.226	59	0.201	1331	X-RAY DIFFRACTION	100
2.354-2.458	0.215	66	0.191	1264	X-RAY DIFFRACTION	99.9249
2.458-2.577	0.226	68	0.201	1207	X-RAY DIFFRACTION	100
2.577-2.714	0.215	56	0.19	1170	X-RAY DIFFRACTION	100
2.714-2.876	0.175	49	0.164	1115	X-RAY DIFFRACTION	100
2.876-3.071	0.184	52	0.156	1066	X-RAY DIFFRACTION	100
3.071-3.312	0.173	48	0.156	972	X-RAY DIFFRACTION	100
3.312-3.621	0.219	45	0.141	925	X-RAY DIFFRACTION	100
3.621-4.036	0.145	38	0.132	828	X-RAY DIFFRACTION	100
4.036-4.637	0.129	39	0.108	758	X-RAY DIFFRACTION	100
4.637-5.622	0.154	33	0.121	642	X-RAY DIFFRACTION	100
5.622-7.724	0.163	25	0.132	538	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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