PDB-8a9e: Lysozyme, 9-11 fs FEL pulses as determined by XTCAV

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a9e

タイトル

Lysozyme, 9-11 fs FEL pulses as determined by XTCAV

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / free electron laser

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

フーリエ合成 / 解像度: 1.665 Å

データ登録者

Barends, T. / Nass, K. / Gorel, A. / Schlichting, I.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Microcrystallization methods
著者: Gorel, A. / Nass, K. / Barends, T. / Schlichting, I.

履歴

登録	2022年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a9e.cif.gz	48.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a9e.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a9e.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8a9e_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a9e_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8a9e_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	8a9e_validation.cif.gz	10.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/8a9e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/8a9e	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n5rS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme

ヘテロ分子

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.750, 77.750, 38.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698
#2: 化合物	ChemComp-GD / GADOLINIUM ATOM / ガドリニウム分子量: 157.250 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Gd
#3: 化合物	ChemComp-DO3 / 10-((2R)-2-HYDROXYPROPYL)-1,4,7,10-TETRAAZACYCLODODECANE 1,4,7-TRIACETIC ACID 分子量: 404.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₃₂N₄O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 52 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 4 詳細: 10 % NaCl, 0.1 M sodium acetate buffer, pH 4.0, soaked in 100 mM gadoteridol 30 min. before data collection

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.393 Å
検出器	タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.393 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.64→22.45 Å / Num. obs: 15159 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 1 % / CC_1/2: 0.923 / CC star: 0.98 / R split: 0.237 / Net I/σ(I): 3.4
反射シェル	解像度: 1.64→1.68 Å / % possible obs: 100 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 736 / CC_1/2: 0.411 / CC star: 0.763 / R split: 0.83
Serial crystallography sample delivery	手法: injection

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
CrystFEL		データ削減
CrystFEL		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4N5R

4n5r

解像度: 1.665→22.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.944 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 2.624 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.12 / ESU R Free: 0.118 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2396	1512	10.001 %
R_work	0.2011	13607	-
all	0.205	-	-
obs	-	15119	99.697 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.706 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.003 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.003 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.665→22.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	992	0	58	52	1102

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	1072
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.018	949
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.57	1.651	1448
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.45	1.582	2198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.938	5	127
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.826	20.656	61
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.639	15	164
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.87	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	135
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	245
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	251
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	940
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.168	0.2	537
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	511
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.184	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.051	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.077	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.133	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.352	1.756	511
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.288	1.752	510
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.888	2.631	637
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.89	2.634	638
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.478	2.12	561
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.476	2.12	562
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.723	3.06	811
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.721	3.061	812
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.65	21.703	1269
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.625	21.686	1267

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.665-1.708	0.378	102	0.304	924	X-RAY DIFFRACTION	99.9026
1.708-1.755	0.248	101	0.253	916	X-RAY DIFFRACTION	100
1.755-1.806	0.258	100	0.238	888	X-RAY DIFFRACTION	100
1.806-1.861	0.252	96	0.229	868	X-RAY DIFFRACTION	100
1.861-1.921	0.257	93	0.199	833	X-RAY DIFFRACTION	100
1.921-1.988	0.245	89	0.205	804	X-RAY DIFFRACTION	100
1.988-2.063	0.264	88	0.209	807	X-RAY DIFFRACTION	100
2.063-2.146	0.237	85	0.185	763	X-RAY DIFFRACTION	100
2.146-2.241	0.211	83	0.189	734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.241-2.349	0.194	78	0.191	706	X-RAY DIFFRACTION	100
2.349-2.475	0.228	73	0.192	655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.475-2.623	0.266	72	0.206	649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.623-2.801	0.267	66	0.193	601	X-RAY DIFFRACTION	100
2.801-3.022	0.271	63	0.2	553	X-RAY DIFFRACTION	100
3.022-3.304	0.203	58	0.195	525	X-RAY DIFFRACTION	100
3.304-3.685	0.217	53	0.189	482	X-RAY DIFFRACTION	100
3.685-4.237	0.195	49	0.17	432	X-RAY DIFFRACTION	100
4.237-5.144	0.25	41	0.205	372	X-RAY DIFFRACTION	100
5.144-7.097	0.251	32	0.194	300	X-RAY DIFFRACTION	100
7.097-22.45	0.25	24	0.218	202	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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