PDB-8a9c: Structure of truncated 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (D...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a9c

タイトル

Structure of truncated 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (DXS) from Klebsiella pneumoniae in complex with cofactor TPP

要素

1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Primary metabolism / synthase / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate biosynthetic process / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase activity / thiamine biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / terpenoid biosynthetic process / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Adam, S. / Hirsch, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of truncated 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (DXS) from Klebsiella pneumoniae in complex with cofactor TPP
著者: Adam, S. / Hirsch, A.

履歴

登録	2022年6月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年7月26日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a9c.cif.gz	428.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a9c.ent.gz	347.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a9c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/8a9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/8a9c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2o1sS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (8) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (2) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4)

登録構造単位

A: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

B: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

ヘテロ分子

127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.673, 72.559, 91.438
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.46, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate synthase / DXP synthase / DXPS 分子量: 63254.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: dxs_3, dxs, dxs_1, BN49_1346, FXN67_12755, GJJ18_13560, GJJ26_020415, NCTC11679_04435, NCTC13465_06397, NCTC3279_00555, NCTC5047_01280, NCTC5052_00313, NCTC9140_02292, NCTC9645_03343, ...遺伝子: dxs_3, dxs, dxs_1, BN49_1346, FXN67_12755, GJJ18_13560, GJJ26_020415, NCTC11679_04435, NCTC13465_06397, NCTC3279_00555, NCTC5047_01280, NCTC5052_00313, NCTC9140_02292, NCTC9645_03343, NCTC9661_05006, SAMEA3649733_02709, SAMEA4364603_02966, dxs_3, dxs, dxs_1, dxs_2, BN49_1346, DRB11_07540, FXN67_12755, NCTC11679_04435, NCTC13465_06397, NCTC3279_00555, NCTC5047_01280, NCTC5052_00313, NCTC9140_02292, NCTC9645_03343, NCTC9661_05006, SAMEA3512100_02923, SAMEA3649733_02709, SAMEA4364603_02966 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0S3F934, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
#2: 化合物	ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / チアミンピロりん酸分子量: 425.314 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₉N₄O₇P₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 786 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.23 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.85 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3000, HEPES

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→43.37 Å / Num. obs: 100675 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 25.3600941464 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 1.8→1.9 Å / R_merge(I) obs: 0.561 / Num. unique obs: 14606

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.20.1_4487: ???)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2o1s

2o1s

解像度: 1.8→43.37 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.23 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1906	4854	4.82 %
R_work	0.1544	-	-
obs	0.1561	100622	97.49 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8012	0	27	786	8825

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.016
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.253
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.928	1130
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.094	1255
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	1442

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.82	0.3313	159	0.2663	3205	X-RAY DIFFRACTION	98
1.82-1.84	0.278	160	0.2447	3185	X-RAY DIFFRACTION	98
1.84-1.86	0.2731	174	0.2255	3146	X-RAY DIFFRACTION	96
1.86-1.89	0.2509	153	0.2127	3128	X-RAY DIFFRACTION	96
1.89-1.91	0.2513	185	0.1958	3210	X-RAY DIFFRACTION	99
1.91-1.94	0.2529	161	0.1916	3189	X-RAY DIFFRACTION	99
1.94-1.97	0.2174	185	0.19	3223	X-RAY DIFFRACTION	99
1.97-2	0.2644	176	0.1935	3253	X-RAY DIFFRACTION	99
2-2.03	0.2107	193	0.1754	3190	X-RAY DIFFRACTION	99
2.03-2.06	0.2197	183	0.1642	3185	X-RAY DIFFRACTION	99
2.06-2.1	0.1999	172	0.1641	3237	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1-2.13	0.225	156	0.154	3238	X-RAY DIFFRACTION	99
2.13-2.18	0.181	151	0.1506	3224	X-RAY DIFFRACTION	99
2.18-2.22	0.1885	138	0.1447	3251	X-RAY DIFFRACTION	99
2.22-2.27	0.1858	158	0.1443	3219	X-RAY DIFFRACTION	99
2.27-2.32	0.195	152	0.1516	3223	X-RAY DIFFRACTION	99
2.32-2.38	0.1884	166	0.1592	3239	X-RAY DIFFRACTION	99
2.38-2.44	0.2138	133	0.1556	3211	X-RAY DIFFRACTION	98
2.44-2.51	0.1822	175	0.1553	3184	X-RAY DIFFRACTION	97
2.51-2.6	0.209	157	0.1618	3124	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6-2.69	0.2311	165	0.1602	3113	X-RAY DIFFRACTION	95
2.69-2.8	0.1884	169	0.1518	3222	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8-2.92	0.2031	148	0.1547	3220	X-RAY DIFFRACTION	98
2.92-3.08	0.2065	170	0.151	3211	X-RAY DIFFRACTION	98
3.08-3.27	0.1897	187	0.1492	3193	X-RAY DIFFRACTION	98
3.27-3.52	0.1656	132	0.1452	3217	X-RAY DIFFRACTION	97
3.52-3.88	0.1498	139	0.1401	3184	X-RAY DIFFRACTION	96
3.88-4.44	0.1579	181	0.1294	3109	X-RAY DIFFRACTION	95
4.44-5.59	0.1558	140	0.136	3038	X-RAY DIFFRACTION	91
5.59-43.37	0.1725	136	0.1567	3197	X-RAY DIFFRACTION	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1152	-1.1831	-1.1771	3.9475	-2.5488	3.8628	-0.1329	-0.3213	-0.2494	0.4137	-0.0786	0.2448	0.3464	-0.1238	0.209	0.3788	-0.0788	0.0515	0.3344	-0.0129	0.1828	41.2602	27.7781	107.6851
2	1.0142	0.7538	0.3238	1.679	0.4562	1.8051	-0.0083	-0.1102	0.0092	0.1098	-0.0626	0.0908	-0.0453	-0.0094	0.0655	0.1837	-0.0005	0.0147	0.1693	-0.0144	0.1468	43.8245	33.7675	90.6552
3	0.8597	0.1957	0.07	1.013	0.2409	0.6092	0.0277	0.0052	-0.0977	-0.1178	-0.0888	0.2178	0.057	-0.0853	0.0554	0.2031	0.0088	-0.0357	0.1575	-0.0241	0.2015	34.2115	8.168	68.1803
4	1.1458	0.1782	-1.0054	2.3743	-1.8531	3.9092	0.1685	0.4256	0.0837	-0.6491	-0.0083	0.1184	-0.7943	-0.0184	-0.1156	0.9773	-0.1255	0.223	0.4493	0.0213	0.2751	65.6081	38.0185	42.2287
5	1.5317	0.3008	-0.1103	0.9807	-0.4558	2.0433	-0.0107	0.2132	0.0449	-0.4855	0.0323	-0.0446	-0.1409	0.1001	0.0162	0.3914	-0.033	0.029	0.2179	0.0081	0.1528	56.5206	27.4452	54.7105
6	3.1735	0.8518	-1.0346	2.2036	-1.4718	2.7503	0.1166	-0.1357	0.2166	-0.1679	0.0826	-0.2973	-0.538	0.5256	-0.1515	0.3395	-0.1388	0.0976	0.4068	-0.0314	0.2582	68.0712	34.796	63.9166
7	0.7204	0.2072	0.0564	1.0649	0.3184	0.5636	-0.0785	0.1302	0.1812	-0.4067	-0.089	0.4651	-0.2767	-0.1285	0.1514	0.3932	0.0628	-0.1694	0.2307	-0.0301	0.35	26.119	34.8893	60.9455

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 66 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 67 through 286 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 287 through 585 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 3 through 66 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 67 through 170 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 171 through 237 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 238 through 585 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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