PDB-8a97: ROOM TEMPERATURE CRYSTAL STRUCTURE OF THE COFACTOR-DEVOID 1-H-3-H...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a97

タイトル

ROOM TEMPERATURE CRYSTAL STRUCTURE OF THE COFACTOR-DEVOID 1-H-3-HYDROXY-4- OXOQUINALDINE 2,4-DIOXYGENASE (HOD) UNDER XENON PRESSURE (30 bar)

要素

1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / ALPHA-BETA HYDROLASE /

DIOXYGENASE / COFACTOR-DEVOID /

XENON (キセノン) / PRESSURIZATION

機能・相同性

機能・相同性情報

3-ヒドロキシ-2-メチルキノリン-4-オン-2,4-ジオキシゲナーゼ /

3-hydroxy-2-methylquinolin-4-one 2,4-dioxygenase activity / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / :
類似検索 - 分子機能

生物種

Paenarthrobacter nitroguajacolicus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.897 Å

データ登録者

Bui, S. / Prange, T. / Steiner, R.A.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2023
タイトル: Evolutionary adaptation from hydrolytic to oxygenolytic catalysis at the alpha / beta-hydrolase fold.
著者: Bui, S. / Gil-Guerrero, S. / van der Linden, P. / Carpentier, P. / Ceccarelli, M. / Jambrina, P.G. / Steiner, R.A.

履歴

登録	2022年6月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月17日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a97.cif.gz	242.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a97.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a97.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/8a97 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a9/8a97	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ojmC 7okzC 8oroC 8oxnC 8oxtC 2wj3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (1) #198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (1) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#222 - 2018年6月
タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles)
類似性 (1)
#198 - 2016年6月
β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase)
類似性 (1)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (2)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#220 - 2018年4月
脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases)
類似性 (2)

登録構造単位

AAA: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

BBB: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

CCC: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

DDD: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

ヘテロ分子

134 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33.6 kDa, 1 ポリマー

2

BBB: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.7 kDa, 1 ポリマー

3

CCC: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.6 kDa, 1 ポリマー

4

DDD: 1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
33.6 kDa, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.860, 169.460, 169.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	GLN	GLN	AAA	A	1 - 274	13 - 286
2	2	1	MET	MET	GLN	GLN	BBB	B	1 - 274	13 - 286
3	3	2	MET	MET	GLY	GLY	AAA	A	1 - 275	13 - 287
4	4	2	MET	MET	GLY	GLY	CCC	C	1 - 275	13 - 287
5	5	3	THR	THR	GLN	GLN	AAA	A	2 - 274	14 - 286
6	6	3	THR	THR	GLN	GLN	DDD	D	2 - 274	14 - 286
7	7	4	MET	MET	GLN	GLN	BBB	B	1 - 274	13 - 286
8	8	4	MET	MET	GLN	GLN	CCC	C	1 - 274	13 - 286
9	9	5	THR	THR	GLN	GLN	BBB	B	2 - 274	14 - 286
10	10	5	THR	THR	GLN	GLN	DDD	D	2 - 274	14 - 286
11	11	6	THR	THR	GLN	GLN	CCC	C	2 - 274	14 - 286
12	12	6	THR	THR	GLN	GLN	DDD	D	2 - 274	14 - 286

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	1H-3-hydroxy-4-oxoquinaldine 2,4-dioxygenase 分子量: 33289.391 Da / 分子数: 4 / 変異: C69S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paenarthrobacter nitroguajacolicus (バクテリア) 遺伝子: hod, meqE, ARUE_113p00080, pAL1.008 / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O31266, 3-ヒドロキシ-2-メチルキノリン-4-オン-2,4-ジオキシゲナーゼ
#2: 化合物	ChemComp-XE / XENON / キセノン / キセノン分子量: 131.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-TAR / D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸 / 酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.42	48.22
2		48.22

結晶化

温度 (K)	Crystal-ID	手法	pH	詳細
293	1	蒸気拡散法	7	PROTEIN AT 150 MG/ML IN STORAGE BUFFER 1.65M NA/K TARTRATE, 0.1M HEPES PH 7.0
293	2	蒸気拡散法	7	PROTEIN AT 150 MG/ML IN STORAGE BUFFER 1.65M NA/K TARTRATE, 0.1M HEPES PH 7.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9686 Å / 相対比: 1

Reflection twin

タイプ	Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
pseudo-merohedral	1	1	H, K, L	1	0.5241
pseudo-merohedral	2	2	-H, -L, -K	2	0.4759

反射

解像度: 2.897→53.583 Å / Num. obs: 29421 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.4 % / B_iso Wilson estimate: 59.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.198 / R_pim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 5.4

反射シェル

解像度: 2.897→2.95 Å / R_merge(I) obs: 1.12 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 1408 / R_pim(I) all: 0.623 / % possible all: 95.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2WJ3

2wj3

解像度: 2.897→53.583 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.943 / SU B: 8.659 / SU ML: 0.178 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.079 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2203	1483	5.047 %
R_work	0.1918	27898	-
all	0.193	-	-
obs	-	29381	98.806 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.756 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.482 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.271 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-3.753 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.897→53.583 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8966	0	54	49	9069

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	9329
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	8383
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.01	0.01	14604
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.312	1.643	12699
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.448	1.58	19351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.964	5	1102
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.004	21.699	559
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.172	15	1476
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.607	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	10598
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2222
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	1856
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.176	0.2	7758
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	4379
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	4266
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.127	0.2	158
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.208	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.269	0.2	59
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.059	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.672	6.607	4411
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.672	6.606	4409
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.336	9.909	5512
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.336	9.909	5512
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.375	6.779	4918
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.375	6.78	4917
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.91	10.085	7187
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.91	10.085	7187
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.364	134.093	20139
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.364	134.09	20140
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.035	0.05	9606
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.027	0.05	9632
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.022	0.05	9588
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.039	0.05	9584
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.029	0.05	9588
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.032	0.05	9559

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03533	0.05011
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03533	0.05011
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02685	0.05011
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02685	0.05011
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02159	0.05011
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02159	0.05011
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03942	0.05011
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03942	0.05011
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02922	0.05011
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.02922	0.05011
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03192	0.05011
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03192	0.05011

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.897-2.972	0.273	75	0.251	1972	X-RAY DIFFRACTION	93.4703
2.972-3.054	0.317	149	0.241	1917	X-RAY DIFFRACTION	99.7586
3.054-3.142	0.227	75	0.221	1952	X-RAY DIFFRACTION	99.9014
3.142-3.238	0.286	133	0.231	1883	X-RAY DIFFRACTION	100
3.238-3.344	0.247	90	0.233	1792	X-RAY DIFFRACTION	99.4189
3.344-3.461	0.213	76	0.207	1822	X-RAY DIFFRACTION	99.9473
3.461-3.591	0.275	76	0.204	1688	X-RAY DIFFRACTION	99.9433
3.591-3.737	0.272	75	0.187	1703	X-RAY DIFFRACTION	99.6078
3.737-3.902	0.198	149	0.156	1474	X-RAY DIFFRACTION	99.4485
3.902-4.092	0.156	75	0.167	1566	X-RAY DIFFRACTION	99.3943
4.092-4.312	0.21	74	0.172	1393	X-RAY DIFFRACTION	98.9211
4.312-4.571	0.174	75	0.17	1399	X-RAY DIFFRACTION	99.1258
4.571-4.884	0.209	76	0.169	1277	X-RAY DIFFRACTION	99.4853
4.884-5.272			0.165	1268	X-RAY DIFFRACTION	99.0625
5.272-5.77	0.211	71	0.194	1102	X-RAY DIFFRACTION	98.5714
5.77-6.441	0.269	74	0.215	1010	X-RAY DIFFRACTION	98.1884
6.441-7.42	0.269	72	0.218	876	X-RAY DIFFRACTION	97.8328
7.42-9.044		0	0.175	826	X-RAY DIFFRACTION	98.3333
9.044-12.612	0.172	68	0.176	578	X-RAY DIFFRACTION	97.4359
12.612-53.583			0.252	400	X-RAY DIFFRACTION	92.3788

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)