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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a91 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a staphylococcal orthologue of CYP134A1 (CYPX) in complex with a heme-coordinated fragment | ||||||
![]() | Cytochrome P450 protein | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / CYPX / CYP134 / staphylococcus / fragment / heme / cyclic leucine / CLL / diketopiperazine / iron | ||||||
機能・相同性 | ![]() 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Snee, M. / Katariya, M. / Levy, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a staphylococcal orthologue of CYP134A1 (CYPX) in complex with a heme-coordinated fragment 著者: Snee, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 225.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 150 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8a8lC ![]() 8ae8C ![]() 7ow9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45974.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: cypX_1, NCTC5664_01270, cypX / プラスミド: pET47b / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-LC9 / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.46 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.15M Lithium sulfate, 0.05M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M HEPES pH 7.8, 20% v/v PEG Smear High Temp details: 4C |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.85→55.38 Å / Num. obs: 40202 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 30.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.032 / Rrim(I) all: 0.115 / Net I/σ(I): 12.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.85→1.89 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 2 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 2451 / CC1/2: 0.793 / Rpim(I) all: 0.785 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7OW9 解像度: 1.85→55.38 Å / SU ML: 0.2587 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.2682 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.85→55.38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -17.7483680921 Å / Origin y: -23.356345485 Å / Origin z: -6.03811596646 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |