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- PDB-8a90: Crystal structure of FrsH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a90
タイトルCrystal structure of FrsH
要素Non-heme diiron monooxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / NRPS
機能・相同性
機能・相同性情報


monooxygenase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Diiron non-heme beta-hydroxylase, N-terminal domain / Diiron non-heme beta-hydroxylase N-terminal domain / Beta-lactamase superfamily domain / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / : / OXYGEN ATOM / Non-heme diiron monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Chromobacterium vaccinii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.574 Å
データ登録者Schneberger, N. / Wirtz, D.A. / Cruesemann, M. / Hagelueken, G.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Adenylation Domain-Guided Recruitment of Trans- Acting Nonheme Monooxygenases in Nonribosomal Peptide Biosynthesis.
著者: Wirtz, D.A. / Schneberger, N. / Kloppel, S. / Richarz, R. / Geyer, M. / Konig, G.M. / Hagelueken, G. / Crusemann, M.
履歴
登録2022年6月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月30日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-heme diiron monooxygenase
B: Non-heme diiron monooxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)121,19613
ポリマ－120,5462
非ポリマー65011
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area35520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.715, 117.715, 234.261
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-725-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and resid 4 through 531)
d_2ens_1(chain "B" and resid 4 through 531)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 4 - 531 / Label seq-ID: 4 - 531

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
d_1AA
d_2BB

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.346109814363, -0.82662189853, 0.443738924676), (-0.835612433918, 0.0565613263848, -0.546399740702), (0.426567528867, -0.559908075695, -0.710311966735)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.346109814363, -0.82662189853, 0.443738924676), (-0.835612433918, 0.0565613263848, -0.546399740702), (0.426567528867, -0.559908075695, -0.710311966735)
ベクター: 74.4404423509, 176.781717289, 226.281231967)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Non-heme diiron monooxygenase


分子量: 60273.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromobacterium vaccinii (バクテリア)
遺伝子: frsH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7S9SWM2

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非ポリマー , 5種, 66分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-O / OXYGEN ATOM / オキシド


分子量: 15.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O
#5: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.46 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.10 M HEPES pH 7.8, 10.89% (w/v) PEG 20000, 0.08 M KAc, 1.36% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.999987 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.574→48.02 Å / Num. obs: 87244 / % possible obs: 93.03 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 54.27 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 7.22
反射 シェル解像度: 2.574→2.665 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 4482 / CC1/2: 0.458

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS1.20_4444データ削減
PHENIX1.20_4444精密化
PHENIX1.20_4444位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4jo0

4jo0


解像度: 2.574→48.02 Å / SU ML: 0.4679 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.2121
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2639 3459 3.96 %
Rwork0.2166 83785 -
obs0.2185 87244 87.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 58.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.574→48.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8448 0 32 55 8535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00418675
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.881611756
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0471263
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00671550
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.4191168
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.878145075047 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.574-2.610.4293890.42021901X-RAY DIFFRACTION49.68
2.61-2.650.40471280.38823132X-RAY DIFFRACTION82.45
2.65-2.690.38551330.35663288X-RAY DIFFRACTION84.85
2.69-2.730.41641290.33843292X-RAY DIFFRACTION86.24
2.73-2.770.30311420.32643286X-RAY DIFFRACTION86.52
2.77-2.820.3471410.30823382X-RAY DIFFRACTION87.62
2.82-2.870.3071370.29563363X-RAY DIFFRACTION87.37
2.87-2.930.39571360.29193323X-RAY DIFFRACTION87.33
2.93-2.990.33311310.29733328X-RAY DIFFRACTION86.63
2.99-3.050.32711350.3053296X-RAY DIFFRACTION86.05
3.05-3.120.31891400.27053279X-RAY DIFFRACTION86.06
3.12-3.20.34531350.25773288X-RAY DIFFRACTION85.68
3.2-3.290.30081270.25163291X-RAY DIFFRACTION85.69
3.29-3.380.33481390.24093476X-RAY DIFFRACTION90.53
3.38-3.490.30861460.23443550X-RAY DIFFRACTION92.86
3.49-3.620.26261440.21943528X-RAY DIFFRACTION92.47
3.62-3.760.26531500.22133580X-RAY DIFFRACTION93.34
3.76-3.930.31531450.2043544X-RAY DIFFRACTION92.39
3.93-4.140.24661470.18943480X-RAY DIFFRACTION91.11
4.14-4.40.19591450.17233403X-RAY DIFFRACTION88.83
4.4-4.740.24191450.16173443X-RAY DIFFRACTION90.13
4.74-5.220.2241520.17343601X-RAY DIFFRACTION94.15
5.22-5.970.24461570.18773696X-RAY DIFFRACTION95.77
5.97-7.510.2451450.19223522X-RAY DIFFRACTION92.34
7.52-48.020.14521410.1483513X-RAY DIFFRACTION91.56

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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