+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a90 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of FrsH | ||||||
![]() | Non-heme diiron monooxygenase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / NRPS | ||||||
機能・相同性 | Diiron non-heme beta-hydroxylase, N-terminal domain / Diiron non-heme beta-hydroxylase N-terminal domain / Beta-lactamase superfamily domain / monooxygenase activity / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / ACETATE ION / : / OXYGEN ATOM / Non-heme diiron monooxygenase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schneberger, N. / Wirtz, D.A. / Cruesemann, M. / Hagelueken, G. | ||||||
資金援助 | 1件
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Adenylation Domain-Guided Recruitment of Trans- Acting Nonheme Monooxygenases in Nonribosomal Peptide Biosynthesis. 著者: Wirtz, D.A. / Schneberger, N. / Kloppel, S. / Richarz, R. / Geyer, M. / Konig, G.M. / Hagelueken, G. / Crusemann, M. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 271.8 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 177.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 2.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4jo0S S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||
Components on special symmetry positions |
| ||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: ens_1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Auth seq-ID: 4 - 531 / Label seq-ID: 4 - 531
NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.346109814363, -0.82662189853, 0.443738924676), (-0.835612433918, 0.0565613263848, -0.546399740702), (0.426567528867, -0.559908075695, -0.710311966735)ベクター: ...NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.346109814363, -0.82662189853, 0.443738924676), ベクター: |
-
要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 60273.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: frsH / 発現宿主: ![]() ![]() |
---|
-非ポリマー , 5種, 66分子 ![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/O.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/O.gif)
![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-FE / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.46 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.10 M HEPES pH 7.8, 10.89% (w/v) PEG 20000, 0.08 M KAc, 1.36% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年7月6日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.999987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.574→48.02 Å / Num. obs: 87244 / % possible obs: 93.03 % / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 54.27 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 7.22 |
反射 シェル | 解像度: 2.574→2.665 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.01 / Num. unique obs: 4482 / CC1/2: 0.458 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4jo0 解像度: 2.574→48.02 Å / SU ML: 0.4679 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.2121 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 58.68 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.574→48.02 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 0.878145075047 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|