PDB-8a8y: Structure of truncated 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (D...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8a8y

タイトル

Structure of truncated 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (DXS) from Klebsiella pneumoniae

要素

1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

キーワード

TRANSFERASE / Primary metabolism / synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate biosynthetic process / 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase activity / thiamine biosynthetic process / terpenoid biosynthetic process / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, methylerythritol 4-phosphate pathway / thiamine pyrophosphate binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.10000431701 Å

データ登録者

Adam, S. / Hirsch, A.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of truncated 1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase (DXS) from Klebsiella pneumoniae
著者: Adam, S. / Hirsch, A.

履歴

登録	2022年6月24日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8a8y.cif.gz	651.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8a8y.ent.gz	452.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8a8y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	8a8y_validation.pdf.gz	437.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8a8y_full_validation.pdf.gz	442.9 KB	表示
XML形式データ	8a8y_validation.xml.gz	36.4 KB	表示
CIF形式データ	8a8y_validation.cif.gz	52.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/8a8y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/8a8y	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2o1sS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (7) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

B: 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	119.164, 144.247, 142.911
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁
Space group name Hall	C2c2
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x,-y,-z #3: -x,y,-z+1/2 #4: -x,-y,z+1/2 #5: x+1/2,y+1/2,z #6: x+1/2,-y+1/2,-z #7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2 #8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

#1: タンパク質	1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate synthase / DXP synthase / DXPS 分子量: 63254.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: dxs_3, dxs, dxs_1, dxs_2, BN49_1346, DRB11_07540, FXN67_12755, GPZ86_21160, NCTC11679_04435, NCTC13465_06397, NCTC3279_00555, NCTC5047_01280, NCTC5052_00313, NCTC9140_02292, NCTC9645_ ...遺伝子: dxs_3, dxs, dxs_1, dxs_2, BN49_1346, DRB11_07540, FXN67_12755, GPZ86_21160, NCTC11679_04435, NCTC13465_06397, NCTC3279_00555, NCTC5047_01280, NCTC5052_00313, NCTC9140_02292, NCTC9645_03343, NCTC9661_05006, SAMEA3512100_02923, SAMEA3649733_02709, SAMEA4364603_02966 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: A0A0S3F934, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase / 1-deoxyxylulose-5-phosphate synthase / DXP synthase / DXPS

分子量: 63254.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
遺伝子: dxs_3, dxs, dxs_1, dxs_2, BN49_1346, DRB11_07540, FXN67_12755, GPZ86_21160, NCTC11679_04435, NCTC13465_06397, NCTC3279_00555, NCTC5047_01280, NCTC5052_00313, NCTC9140_02292, NCTC9645_ ...
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0S3F934, 1-deoxy-D-xylulose-5-phosphate synthase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.89 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, Magnesium chloride, TRIS

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年4月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→91.9 Å / Num. obs: 71565 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.5 % / B_iso Wilson estimate: 35.355127569 Å² / R_merge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 2.1→2.21 Å / R_merge(I) obs: 0.72 / Num. unique obs: 10344

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2o1s

2o1s

解像度: 2.10000431701→45.934906016 Å / SU ML: 0.219294682671 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35282638344 / 位相誤差: 20.7565773698
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.201051462019	3562	4.98042505593 %
R_work	0.17914882105	67958	-
obs	0.18023954443	71520	99.4922445573 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 52.2053769734 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.10000431701→45.934906016 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7384	0	0	392	7776

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00237804848585	7526
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.527250609394	10204
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0427122065955	1171
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00256755404267	1321
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.0981131547	4507

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1000044-2.1288	0.301884447985	142	0.264533394056	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.6877168633
2.1288-2.1592	0.302141025334	147	0.259928607137	2670	X-RAY DIFFRACTION	99.6815286624
2.1592-2.1914	0.292789948279	154	0.239411317601	2687	X-RAY DIFFRACTION	99.7191997192
2.1914-2.2257	0.277190274387	158	0.234097161392	2638	X-RAY DIFFRACTION	98.5200845666
2.2257-2.2621	0.266624591521	135	0.224723829359	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.4354269584
2.2621-2.3011	0.262299705836	137	0.215975333993	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.649614576
2.3011-2.343	0.246671846094	162	0.210140758368	2685	X-RAY DIFFRACTION	99.7197898424
2.343-2.3881	0.236763795338	151	0.212934046736	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.5783555868
2.3881-2.4368	0.24087176571	155	0.197456682448	2684	X-RAY DIFFRACTION	99.5790950544
2.4368-2.4898	0.199382044274	131	0.196555988319	2698	X-RAY DIFFRACTION	99.6828752643
2.4898-2.5477	0.244954634254	144	0.194704236982	2716	X-RAY DIFFRACTION	99.6515679443
2.5477-2.6114	0.250310314621	129	0.197474870425	2715	X-RAY DIFFRACTION	99.5101469559
2.6114-2.682	0.218365133506	157	0.191540620558	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.5094604064
2.682-2.7609	0.233265470216	138	0.19072529895	2735	X-RAY DIFFRACTION	99.4806094183
2.7609-2.85	0.210546588862	142	0.183911113876	2691	X-RAY DIFFRACTION	99.9294532628
2.85-2.9519	0.20944950157	144	0.180462225702	2723	X-RAY DIFFRACTION	99.8954703833
2.9519-3.07	0.227362579162	147	0.177246955219	2706	X-RAY DIFFRACTION	99.5116846878
3.07-3.2097	0.193825811704	127	0.173949304981	2753	X-RAY DIFFRACTION	99.6884735202
3.2097-3.3789	0.174971270669	125	0.162763260263	2711	X-RAY DIFFRACTION	98.780912574
3.3789-3.5905	0.156459026393	134	0.158032792478	2757	X-RAY DIFFRACTION	99.8963372495
3.5905-3.8676	0.198332560976	144	0.15296515775	2748	X-RAY DIFFRACTION	99.8274076631
3.8676-4.2566	0.166430752284	137	0.14782183215	2759	X-RAY DIFFRACTION	99.6558843772
4.2566-4.8719	0.151527539465	137	0.138137427925	2753	X-RAY DIFFRACTION	99.4152046784
4.8719-6.1358	0.155199719283	137	0.171831911154	2786	X-RAY DIFFRACTION	99.2866847826
6.1358-45.933	0.208120028051	148	0.205539276647	2856	X-RAY DIFFRACTION	98.1699346405

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.37059340361	-0.460015460944	0.406609125516	3.31752706775	0.434229136644	2.64576063668	-0.195499093522	0.184572049458	0.765455017265	-0.109735172839	-0.026068905961	-0.291453248917	-1.01972985552	0.344772124433	0.225030800295	0.72107132867	-0.174176613167	-0.0872477682418	0.515527629002	0.0464537760284	0.588879201994	-4.50997369119	-11.8999695493	17.2252325317
2	2.1279016269	0.919158915482	0.51173904237	3.4480377322	0.687584943627	2.33751292097	-0.128123896714	-0.336074992727	0.299578074517	0.333196516504	-0.127104171602	0.0817537008859	-0.382950811035	-0.0218990341317	0.260493651284	0.475767341692	-0.00632631857031	-0.0368319139313	0.401173831942	-0.0382575143831	0.373106791354	-14.5089711296	-22.2755118612	25.5411203662
3	1.64153727709	-0.590882666036	2.11278827361	0.587628409266	-0.52481161799	3.74342187214	-0.0742820885002	0.0279762123967	0.280780116527	0.0197306841769	-0.0964143839474	-0.00666417409024	-0.342094587767	0.00523182663574	0.207651503151	0.326073195602	0.000239939289373	0.0163056069127	0.357223462049	0.00654735398556	0.391757633078	-30.7391327265	-21.3372784522	2.20302380366
4	1.69589287297	-0.324897787069	-0.734307738636	0.507308312763	0.102891123452	2.12293874762	0.0550757447156	0.164565662618	0.0266290858479	-0.0931300617241	-0.0169579400796	0.0281150689477	0.0422243066738	-0.0599003303627	-0.0306912798385	0.267323978299	-0.0141519507619	-0.0331407586447	0.289956097361	0.00879845424432	0.280660373507	-25.0295577481	-33.9049469117	-12.3437066025
5	2.21043854452	0.907314596568	0.278948023947	2.8579497036	-0.666448240054	1.25751596799	0.0537217250652	0.229514056208	0.261468507081	-0.122863809242	-0.0699418220518	0.036213470389	-0.0613714879753	0.182952010077	0.00382028722311	0.294702115278	-0.0091649162008	0.00719244690442	0.418420096283	0.0503704923513	0.302127753717	-8.71416833845	-34.4603505235	-19.2924130925
6	3.81827465862	0.168929016435	0.706883994394	3.15498611875	0.767030229613	3.07342696336	-0.0333371762871	-0.182642394761	-0.995511056652	0.26498023801	0.0418642231423	0.306655674486	0.989147254005	-0.540303108084	-0.0523364010989	0.734318193847	-0.199779111983	0.0605349973483	0.560170086782	0.0966746993546	0.793135703601	-45.6533841382	-61.3995878743	23.4688828027
7	3.1516254997	-0.482998205808	0.0326725174569	4.16235393216	-1.15474518361	2.48304906081	-0.0310210797667	0.220394535506	-0.462282700417	-0.214456581627	0.150674846814	-0.0566014236507	0.588808506425	-0.106835226787	-0.122178120934	0.46942565411	-0.0612944980584	-0.00816301817327	0.485551995898	-0.0517689312789	0.395016645795	-40.4864391913	-46.9092819356	12.9855576472
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9	2.9621872851	-1.15819530102	-0.962923050778	1.00259038165	0.325778849311	0.678680872008	-0.112178170133	-0.132209055258	-0.295163901471	0.104310308941	0.0232648975924	0.0440883605395	0.0356641930521	0.0634127421472	0.113869144367	0.363688345365	-0.00875806144358	-0.0200821041763	0.347897280325	0.0491423779774	0.295102494472	-11.7563475243	-49.7690947006	20.6457732704
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 140 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 141 through 237 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 238 through 324 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 325 through 530 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 531 through 586 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 4 through 66 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 67 through 140 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 141 through 237 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 238 through 324 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 325 through 400 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 401 through 586 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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