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- PDB-8a8q: Crystal structure of Protein Scalloped in complex with YAP peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a8q
タイトルCrystal structure of Protein Scalloped in complex with YAP peptide
要素
  • Isoform 7 of Transcriptional coactivator YAP1
  • Protein scalloped
キーワードTRANSCRIPTION / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Transcriptional activation by YKI / imaginal disc-derived leg morphogenesis / somatic muscle development / compound eye morphogenesis / regulation of heart morphogenesis / wing disc development / enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / imaginal disc-derived wing morphogenesis / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation ...Transcriptional activation by YKI / imaginal disc-derived leg morphogenesis / somatic muscle development / compound eye morphogenesis / regulation of heart morphogenesis / wing disc development / enterocyte differentiation / regulation of keratinocyte proliferation / imaginal disc-derived wing morphogenesis / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / cardiac muscle tissue regeneration / glandular epithelial cell differentiation / TEAD-YAP complex / lateral mesoderm development / polarized epithelial cell differentiation / bud elongation involved in lung branching / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / notochord development / sensory organ development / negative regulation of cilium assembly / lung epithelial cell differentiation / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / heart process / trophectodermal cell differentiation / paraxial mesoderm development / hippo signaling / regulation of stem cell proliferation / EGR2 and SOX10-mediated initiation of Schwann cell myelination / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / intestinal epithelial cell development / tissue homeostasis / Formation of axial mesoderm / negative regulation of stem cell differentiation / embryonic heart tube morphogenesis / female germ cell nucleus / proline-rich region binding / Signaling by Hippo / Differentiation of Keratinocytes in Interfollicular Epidermis in Mammalian Skin / cardiac muscle cell development / organ growth / negative regulation of neuroblast proliferation / negative regulation of epithelial cell differentiation / interleukin-6-mediated signaling pathway / positive regulation of Notch signaling pathway / negative regulation of fat cell differentiation / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / positive regulation of stem cell population maintenance / Zygotic genome activation (ZGA) / regulation of neurogenesis / somatic stem cell population maintenance / bicellular tight junction / canonical Wnt signaling pathway / embryonic organ development / positive regulation of osteoblast differentiation / vasculogenesis / Nuclear signaling by ERBB4 / keratinocyte differentiation / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cellular response to retinoic acid / extrinsic apoptotic signaling pathway / response to progesterone / positive regulation of epithelial cell proliferation / epithelial cell proliferation / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / transcription corepressor binding / stem cell proliferation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / transcription coregulator activity / wound healing / transcription coactivator binding / cellular response to gamma radiation / cell morphogenesis / positive regulation of protein localization to nucleus / RNA polymerase II transcription regulator complex / transcription corepressor activity / cell junction / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell-cell junction / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / positive regulation of cell growth / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / transcription coactivator activity / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / protein domain specific binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Omega loop, TEAD interating region 3 / : / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain ...: / Omega loop, TEAD interating region 3 / : / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Protein scalloped / Transcriptional coactivator YAP1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.465 Å
データ登録者Scheufler, C. / Villard, F.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: N-terminal beta-strand in YAP is critical for stronger binding to scalloped relative to TEAD transcription factor.
著者: Fedir, B. / Yannick, M. / Marco, M. / Patrizia, F. / Catherine, Z. / Frederic, V. / Dirk, E. / Joerg, K. / Clemens, S. / Camilo, V.V. / Patrick, C.
履歴
登録2022年6月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein scalloped
B: Protein scalloped
C: Isoform 7 of Transcriptional coactivator YAP1
D: Isoform 7 of Transcriptional coactivator YAP1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6266
ポリマ－62,5084
非ポリマー1182
水4,234235
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8200 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area22990 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)42.772, 85.7, 76.227
Angle α, β, γ (deg.)90, 92.62, 90
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein scalloped


分子量: 25757.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: sd, CG8544
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P30052
#2: タンパク質 Isoform 7 of Transcriptional coactivator YAP1 / Yes-associated protein 1 / Protein yorkie homolog / Yes-associated protein YAP65 homolog


分子量: 5496.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46937
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 235 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES pH 6 20 % PEG8000 0.2 M sodium acetate trihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.472→76.147 Å / Num. obs: 52439 / % possible obs: 56.5 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.094 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 1.472→1.673 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.691 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 2623 / CC1/2: 0.63 / Rpim(I) all: 0.397 / Rrim(I) all: 0.8 / % possible all: 8.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.8 (3-FEB-2022)精密化
autoPROCデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Previous in-house structure.

解像度: 1.465→29.09 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU R Cruickshank DPI: 0.129 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 0.128 / SU Rfree Blow DPI: 0.116 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.118
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2337 2624 -RANDOM
Rwork0.2108 ---
obs0.2119 52431 55.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.35 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2285 Å20 Å21.7681 Å2
2--1.8161 Å20 Å2
3----1.5876 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.24 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.465→29.09 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3956 0 8 235 4199
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0084057HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.995482HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1391SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes683HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4057HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion529SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3312SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.92
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.94
LS精密化 シェル解像度: 1.47→1.6 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2888 57 -
Rwork0.2775 --
obs0.2781 1049 4.74 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17850.1289-0.15460.29220.10951.22210.03030.0135-0.02370.0135-0.0006-0.0636-0.0237-0.0636-0.0297-0.0488-0.01180.01640.03710.0004-0.0331-4.7459-12.3442-28.9873
20.40840.1194-0.35190.3488-0.0271.9368-0.0368-0.06640.2254-0.0664-0.01070.10420.22540.10420.04750.00780.03410.024-0.00940.0179-0.06488.8368-23.87951.4305
30.41270.0871-0.33970.7471-0.26752.5801-0.0214-0.0406-0.0145-0.0406-0.04010.192-0.01450.1920.0615-0.0750.01140.0158-0.0024-0.0041-0.07454.2752-16.671-38.5153
40.53010.24830.09570.6152-0.24472.16280.01680.0619-0.09550.0619-0.08490.0208-0.09550.02080.0682-0.03930.02650.03040.0073-0.0045-0.08211.9136-17.074811.368
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A223 - 440
2X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A501
3X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B224 - 440
4X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B501
5X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C51 - 99
6X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }D51 - 99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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