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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a82 | ||||||
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タイトル | Fe(II)/aKG-dependent halogenase OocPQ | ||||||
要素 |
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キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Halogenase / Polyketide Synthase / Biosynthesis / Metal Catalysis | ||||||
機能・相同性 | Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / : / Cupin-like domain-containing protein / Uncharacterized protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Serratia plymuthica 4Rx13 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Fraley, A.E. / Meoded, R.A. / Schmalhofer, M. / Bergande, C. / Groll, M. / Piel, J. | ||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2023 タイトル: Heterocomplex structure of a polyketide synthase component involved in modular backbone halogenation. 著者: Fraley, A.E. / Dell, M. / Schmalhofer, M. / Meoded, R.A. / Bergande, C. / Groll, M. / Piel, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8a82.cif.gz | 211.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8a82.ent.gz | 168.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8a82.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8a82_validation.pdf.gz | 1003.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8a82_full_validation.pdf.gz | 1007 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8a82_validation.xml.gz | 19.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8a82_validation.cif.gz | 26.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/8a82 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a8/8a82 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 45233.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Serratia plymuthica 4Rx13 (バクテリア) 遺伝子: oocP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K7WEY7 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 14031.038 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Serratia plymuthica 4Rx13 (バクテリア) 遺伝子: oocQ, ALQ63_00827, CT690_01890 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K7XCU4 |
#3: 化合物 | ChemComp-FE / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.96 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 0.1 M Bicine, 20% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 38390 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 15 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.15 Å / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 5062 / % possible all: 96.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.05→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 10.788 / SU ML: 0.124 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.284 / ESU R Free: 0.159 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 124.21 Å2 / Biso mean: 50.502 Å2 / Biso min: 32.41 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.05→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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