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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a7u | ||||||
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タイトル | PcIDS1_F315D in complex with Mg2+ and GPP | ||||||
![]() | Isoprenyl diphosphate synthase | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Insects / Biosynthesis / Terpenes / Metal regulation / Catalysis | ||||||
機能・相同性 | ![]() pheromone biosynthetic process / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ecker, F. / Boland, F. / Groll, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Metal-dependent enzyme symmetry guides the biosynthetic flux of terpene precursors. 著者: Ecker, F. / Vattekkatte, A. / Boland, W. / Groll, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 294.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 238.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8a6uSC ![]() 8a6vC ![]() 8a6zC ![]() 8a70C ![]() 8a73C ![]() 8a74C ![]() 8a78C ![]() 8a7aC ![]() 8a7bC ![]() 8a7cC ![]() 8a7jC ![]() 8a7kC ![]() 8a7lC ![]() 8a7rC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39946.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-GOL / | #4: 化合物 | ChemComp-GPP / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.61 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 0.1 M TRIS, 0.5 M LiCl, 28% PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.55→30 Å / Num. obs: 107827 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 13.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.55→1.65 Å / Rmerge(I) obs: 0.509 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 18942 / % possible all: 98.2 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 8A6U 解像度: 1.55→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / SU B: 3.25 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.079 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 83.64 Å2 / Biso mean: 26.745 Å2 / Biso min: 15.36 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.55→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.55→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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