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- PDB-8a7h: Crystal structure of a chimeric LOV-Histidine kinase SB2F1-I66R m... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8a7h
タイトルCrystal structure of a chimeric LOV-Histidine kinase SB2F1-I66R mutant (light state; asymmetrical variant, trigonal form with long c axis)
要素Putative Sensory box protein,Sensor protein FixL
キーワードSIGNALING PROTEIN / LOV domain / PAS domain / Photocycle / Dimerization / Signaling blue light photoreceptor / sensory histidine kinase / chimeric / De Novo Protein
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine phosphotransfer kinase activity / nitrogen fixation / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / phosphorelay signal transduction system / nucleotide binding / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal ...: / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Flavin mononucleotide (semi-quinone intermediate) / Sensor protein FixL / Sensory box protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア)
Bradyrhizobium diazoefficiens (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.145 Å
データ登録者Arinkin, V. / Granzin, J. / Batra-Safferling, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Federal Ministry for Education and ResearchFKZ 031A16 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a chimeric LOV-Histidine kinase SB2F1-I66R mutant (light state; asymmetrical variant, trigonal form with long c axis)
著者: Arinkin, V. / Granzin, J. / Batra-Safferling, R. / Krauss, U.
履歴
登録2022年6月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative Sensory box protein,Sensor protein FixL
B: Putative Sensory box protein,Sensor protein FixL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,8196
ポリマ－85,8882
非ポリマー1,9314
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11090 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area35410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)139.420, 139.420, 89.881
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Space group name HallP312"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
#4: x-y,-y,-z+2/3
#5: -x,-x+y,-z+1/3
#6: y,x,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1METLEUA1 - 362
d_12ens_1ATPATPB
d_13ens_1GEDGEDC
d_21ens_1METLEUD1 - 362
d_22ens_1ATPATPE
d_23ens_1GEDGEDF

NCS oper: (Code: givenMatrix: (-0.494528640582, -0.868140585722, -0.0421111275879), (-0.868185915362, 0.49109878248, 0.0712404534909), (-0.0411660055334, 0.0717907324711, -0.996569842369)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.494528640582, -0.868140585722, -0.0421111275879), (-0.868185915362, 0.49109878248, 0.0712404534909), (-0.0411660055334, 0.0717907324711, -0.996569842369)
ベクター: 5.10332466873, 5.16682508366, -11.6740494863)

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要素

#1: タンパク質 Putative Sensory box protein,Sensor protein FixL


分子量: 42944.027 Da / 分子数: 2 / 変異: I66R / 由来タイプ: 組換発現
詳細: HIS-TAG: 1-MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH-20; BELONGS TO Q88JB0: 21 (OR 1 PDB-FILE)-MINA...YYIGIQRDVT-140 (OR 120); BELONGS TO P23222:141 (OR 121 PDB-FILE)-EHQQTQ...AADEN-388 (OR 368); UNP:Q88JB0 (UNP- ...詳細: HIS-TAG: 1-MGSSHHHHHHSSGLVPRGSH-20; BELONGS TO Q88JB0: 21 (OR 1 PDB-FILE)-MINA...YYIGIQRDVT-140 (OR 120); BELONGS TO P23222:141 (OR 121 PDB-FILE)-EHQQTQ...AADEN-388 (OR 368); UNP:Q88JB0 (UNP-NUMBERING) 4-MINA...QRDVT-123; UNP:P23222 (UNP-NUMBERING) 258 TO C-TERM; ENGINEERED MUTATION: ILE 66 ARG.
由来: (組換発現) Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア), (組換発現) Bradyrhizobium diazoefficiens (strain JCM 10833 / BCRC 13528 / IAM 13628 / NBRC 14792 / USDA 110) (根粒菌)
株: ATCC 47054 / DSM 6125 / CFBP 8728 / NCIMB 11950 / KT2440, JCM 10833 / BCRC 13528 / IAM 13628 / NBRC 14792 / USDA 110
遺伝子: PP_2739, fixL, bll2760
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q88JB0, UniProt: P23222, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-JGC / Flavin mononucleotide (semi-quinone intermediate) / [(2R,3S,4S)-5-[(4aR)-7,8-dimethyl-2,4-bis(oxidanylidene)-4a,5-dihydrobenzo[g]pteridin-10-yl]-2,3,4-tris(oxidanyl)pentyl] dihydrogen phosphate


分子量: 458.360 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H23N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.25 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.3
詳細: 18% PEG3300, 0.1M Bicine, 0.2M LiSO4, 1mM ATP, 2mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月21日
放射モノクロメーター: Silicon (1 1 1) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.145→45.64 Å / Num. obs: 12416 / % possible obs: 69.6 % / 冗長度: 19.7 % / Biso Wilson estimate: 109.89 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.163 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.168 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 3.145→3.336 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 621 / CC1/2: 0.483 / Rpim(I) all: 0.61 / % possible all: 21.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
PHENIX1.19rc6_4061精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1292121855

解像度: 3.145→45.64 Å / SU ML: 0.4374 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 37.5547
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: Attention, these are very strong anisotropic data, so that the spherical completeness is relatively low. In the revision, I would like to compare the spherical resolution with the ellipsoidal resolution.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3056 977 7.87 %
Rwork0.2533 11435 -
obs0.2574 12416 69.54 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 104 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.145→45.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5632 0 124 0 5756
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00535842
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86077918
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0537886
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00561050
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.45842218
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 3.82166923039 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.145-3.460.4648930.36691116X-RAY DIFFRACTION27.43
3.46-3.960.35231970.3312453X-RAY DIFFRACTION60.04
3.96-4.990.33343520.27133621X-RAY DIFFRACTION89.56
4.99-45.640.27083350.22234245X-RAY DIFFRACTION99.91
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81758024263-1.53953489994-0.3708328739193.40880321781-0.346088318425-0.015260752290.1039158991940.220512856448-0.22448271806-0.617354848112-0.1683964065340.4679156224360.0727066820185-0.1098066518180.1236995495310.805752910745-0.0996860087066-0.2691628161420.452982583208-0.04551822701540.46154247705321.1467930739-43.326760992-12.4781840193
22.40542335476-1.896764265360.2370299435899.94207368362-2.009042135870.4116318169310.0265998853840.08108338011050.221020294053-1.48323990129-0.00249596602947-0.601280604740.163872049734-0.0143410713596-0.0940007816820.988437267546-0.06728990594490.05766277297910.675700309977-0.1202233346390.53370526463753.6813111018-58.5941802404-14.4539730325
39.798606703548.226326587358.904748851992.000715296855.364986795671.999716767620.76632330331-2.265096987970.434516728462.16286848436-1.652318504320.7880398628480.538648903173-0.7832133601190.8376940341521.14378486107-0.2385093207150.138464893280.880494829915-0.04163929525060.70606381839355.1011191267-56.5815246246-5.71063735992
42.001078047451.99985698318-2.889258855792.0000601996-3.892095523534.98911752923-0.2000838808030.347434965945-0.201602957094-0.4677169982120.174500280749-0.2491475338460.1019650262410.02454390800260.08699190034380.655478796748-0.0657032222799-0.5778914712460.8740010591470.3624647724630.7971261031347.06657545252-37.0749273065-11.3549603024
53.65389467242-0.584327637887-0.6834833862962.723619700090.8449392692571.837482158790.343580071035-0.5497888632841.063037021830.147792407480.134404814555-0.312074405622-0.05177784852250.38839967614-0.3914423137570.62534734722-0.123174402708-0.08330281417960.605442501561-0.1690068410880.8110402900926.168313647-19.7397523401-2.27257748557
61.52223196889-2.892525231630.9441319588587.90466475678-0.908086449281.57879545708-0.485220502002-0.885499048724-0.6311576618530.1992385704820.089662017705-0.120445351642-0.426593606741-0.5054424532790.2139512701240.470443219084-0.01242838347680.2027503727790.5099741910690.3606116122131.1775121674843.2664572495-72.3676720506-4.7024675909
74.31159090817-2.684869871920.6458281288724.163554218780.2980378388260.999862983467-0.684015208595-1.45813707611-0.5746241248630.4458864227020.9568141862730.08806244635830.192472690887-0.162914243952-0.2346116177060.9207888520560.1422432853060.0568009847350.9009281119020.3659520927010.76502298007940.7343763289-72.3815940289-0.842392441367
82.69258578915-0.9097334385571.302673534041.13028289742-0.2501888824680.694483467174-0.150145813365-0.81946002125-0.7182945613590.2809791383120.02192976345130.6269314951030.279037728478-0.357517548084-0.0980273884110.61155998029-0.00542938435891-0.4557119578671.368307249791.068979422781.050810971721.9667197724-63.8174726477-3.94856716812
91.74446004859-0.3455602886750.3724814264170.5458899972190.1677671010710.1633782662130.424269644408-0.586408144048-1.00071736735-0.1139108643910.1218920181610.2426139030880.99179693642-0.0333598146852-0.5090988078771.04210755129-0.0832084186423-0.6186746798081.099374304020.7661727249312.6643420713425.5864107841-73.3757128767-8.0838761001
101.999854682521.3654243965-8.159347386670.0926172202805-0.5597497165923.3481978653-0.05812937994560.181617549316-0.712268874719-0.09268379784550.1729945749420.8534987580280.898165270819-0.184619116195-0.09385018402471.281280625860.0209154692988-0.6042585339680.7641437504690.219912824341.9244746120128.2746294582-69.7279100355-13.6384214488
113.166398795513.49359628706-0.6256302116473.85972815632-0.6360162618310.5648112948070.005513471408320.121957462719-0.0398075474096-0.0179999658375-0.00358066392404-0.289090058763-0.1339152424150.2374941944970.0001453587574421.15478579091-0.05481013370890.3204857504941.15623545864-0.2212442448990.96355779752932.6245820272-19.3909866885-2.82984603696
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 175 )AA1 - 1751 - 175
22chain 'A' and (resid 176 through 362 )AA176 - 362176 - 362
33chain 'A' and (resid 401 through 401 )AB401
44chain 'A' and (resid 402 through 402 )AC402
55chain 'B' and (resid 1 through 119 )BD1 - 1191 - 119
66chain 'B' and (resid 120 through 174 )BD120 - 174120 - 174
77chain 'B' and (resid 175 through 258 )BD175 - 258175 - 258
88chain 'B' and (resid 259 through 303 )BD259 - 303259 - 303
99chain 'B' and (resid 304 through 362 )BD304 - 362304 - 362
1010chain 'B' and (resid 401 through 401 )BE401
1111chain 'B' and (resid 402 through 402 )BF402

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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