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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8a6z | ||||||
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タイトル | PcIDS1 in complex with Mn2+ and IPP | ||||||
![]() | Isoprenyl diphosphate synthase | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Insects / Biosynthesis / Terpenes / Metal regulation / Catalysis | ||||||
機能・相同性 | ![]() pheromone biosynthetic process / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ecker, F. / Boland, W. / Groll, M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Metal-dependent enzyme symmetry guides the biosynthetic flux of terpene precursors. 著者: Ecker, F. / Vattekkatte, A. / Boland, W. / Groll, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 852.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 708.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 8.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 9.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 73.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 100.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8a6uSC ![]() 8a6vC ![]() 8a70C ![]() 8a73C ![]() 8a74C ![]() 8a78C ![]() 8a7aC ![]() 8a7bC ![]() 8a7cC ![]() 8a7jC ![]() 8a7kC ![]() 8a7lC ![]() 8a7rC ![]() 8a7uC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF
#1: タンパク質 | 分子量: 39978.965 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 473分子 ![](data/chem/img/MN.gif)
![](data/chem/img/IPE.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/IPE.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | ChemComp-IPE / #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-PGE / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.86 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M BIS-TRIS, 0.2 M MgCl2, 26% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 90473 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / Rmerge(I) obs: 0.596 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 10308 / % possible all: 99 |
-
解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 8A6U 解像度: 2.4→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.909 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.877 / SU B: 23.902 / SU ML: 0.247 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.297 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 101.44 Å2 / Biso mean: 33.777 Å2 / Biso min: 12.48 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.4→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.461 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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